应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【讨论】分子动力学软件的速度
132/2返回列表上一页12
查看: 2705  |  回复: 12
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-11-05 12:04:32
引用回帖:
Originally posted by yahoohoo at 2010-09-10 23:42:27:



所答非所问。

分子模拟最耗时的不是矩阵运算，而是短程非键合作用的计算。

AltiVec是有关 Single Instruction Multiple Data的，在INTEL cpu中对应SSEx，在AMD中则是AltiVec。

至于软件作者所宣传 ...

呵呵~可能因为我主要是为了应用这些模拟软件去实现对环境中一些现象的理解，对具体原理的理解不如各位专家深厚，在此受教了~对于我们这些行外人来说，一个软件的模拟稳定性和速度使我们最关心的，直观的感受就是GMX和DESMOND就是要比AMBER和NAMD快。可能是我理解的不到位吧~谢谢您的指教
赞一下(2人) 回复此楼
11楼2010-09-10 23:59:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

meixinqing

金虫 (著名写手)

梅心晴｜一只蘑菇
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-11-05 12:04:45
出去编译和算法带来的优化不谈，比较快的软件是不是以牺牲计算精度为代价的？比如同样5ps的模拟，更长的cpu time是不是意味着更高的精度？
赞一下(2人) 回复此楼
由于诡异的原因msn偶尔上不去，由于众所周知的原因qq基本不登陆，私聊的pmgmail地址加gtalk/*emuch是个很好很和谐的论坛*/
12楼2010-11-05 09:40:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

comdisc

铁虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
楼主,你好.请推荐一些能够模拟酶催化过程的软件,包括化学键的断裂和形成,谢谢.

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
赞一下 回复此楼
13楼2013-06-19 12:48:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 yahoohoo 的主题更新
132/2返回列表上一页12
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] filecode=后面第一个是大写字母 +7 wangze12014 2026-08-14 8/400 2026-08-17 12:45 by a441914426
[基金申请] 哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜？ +12 Ldrop2023 2026-08-13 13/650 2026-08-17 12:33 by gltch
[基金申请] 今天系统多次维护，明天很可能放榜！ +8 zju2000 2026-08-16 9/450 2026-08-17 12:20 by lmz0216
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 i7NFEVbjQMM5 2026-08-16 4/200 2026-08-17 12:10 by 4GBAYCdVQoK3
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 6GojgJvkDudM 2026-08-16 4/200 2026-08-17 11:46 by 4GBAYCdVQoK3
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 6GojgJvkDudM 2026-08-16 3/150 2026-08-17 09:49 by xLVPIRuSvCUe
[论文投稿] 岩土工程学报什么时候才能终审完呐 25+3 yeager111 2026-08-10 4/200 2026-08-16 20:42 by tfang
[基金申请] 时间戳又变了8-15 +13 archvillain 2026-08-15 25/1250 2026-08-16 20:13 by zhaosm1982
[基金申请] 2027广东省杰青 +3 奶牛小黑 2026-08-15 6/300 2026-08-16 20:07 by 奶牛小黑
[基金申请] 咱们一起用铁证分析2026国家社科基金中标与否 +7 启萌科技 2026-08-12 26/1300 2026-08-16 12:35 by 启萌科技
[精细化工] 招聘 金属平磨液，抛光液研发工程师 +3 小天0311 2026-08-14 3/150 2026-08-16 07:31 by H9PLUS
[基金申请] 各位道友，我要去昆明玩几天，回来见。 +7 Tide man 2026-08-14 8/400 2026-08-15 01:11 by arzu_hma
[基金申请] 是这周出结果还是下周出结果？ +4 yuleib84 2026-08-11 4/200 2026-08-14 23:05 by lfy8008
[基金申请] 重要来源：本周末出结果 +10 瞬息宇宙 2026-08-12 10/500 2026-08-13 15:46 by likettle
[基金申请] 不应该看fileCode +7 且听虎啸 2026-08-12 9/450 2026-08-13 14:27 by flydreamws
[基金申请] 分享一下我之前已中青C的计划书的filecode +4 布布和一二 2026-08-11 5/250 2026-08-13 12:56 by cratir
[基金申请] 2019年青年基金涵评意见，大家看看几个A，几个B? +11 Tide man 2026-08-11 11/550 2026-08-13 07:35 by 撸猫猫
[基金申请] 帮忙看看fileCode +7 wwncly 2026-08-10 13/650 2026-08-11 19:36 by 冰心玉壶晴
[基金申请] 什么时候出结果，有咨询渠道？？？ +3 Tide man 2026-08-11 3/150 2026-08-11 17:54 by kudofaye
[基金申请] 确定了，国自然21号放榜 +6 布布和一二 2026-08-10 7/350 2026-08-10 19:15 by 2000zf36392
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭