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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【讨论】分子动力学软件的速度
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-11-05 12:04:32
引用回帖:
Originally posted by yahoohoo at 2010-09-10 23:42:27:



所答非所问。

分子模拟最耗时的不是矩阵运算，而是短程非键合作用的计算。

AltiVec是有关 Single Instruction Multiple Data的，在INTEL cpu中对应SSEx，在AMD中则是AltiVec。

至于软件作者所宣传 ...

呵呵~可能因为我主要是为了应用这些模拟软件去实现对环境中一些现象的理解，对具体原理的理解不如各位专家深厚，在此受教了~对于我们这些行外人来说，一个软件的模拟稳定性和速度使我们最关心的，直观的感受就是GMX和DESMOND就是要比AMBER和NAMD快。可能是我理解的不到位吧~谢谢您的指教
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11楼2010-09-10 23:59:18
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meixinqing

金虫 (著名写手)

梅心晴｜一只蘑菇
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-11-05 12:04:45
出去编译和算法带来的优化不谈，比较快的软件是不是以牺牲计算精度为代价的？比如同样5ps的模拟，更长的cpu time是不是意味着更高的精度？
赞一下(2人) 回复此楼
由于诡异的原因msn偶尔上不去，由于众所周知的原因qq基本不登陆，私聊的pmgmail地址加gtalk/*emuch是个很好很和谐的论坛*/
12楼2010-11-05 09:40:43
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comdisc

铁虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
楼主,你好.请推荐一些能够模拟酶催化过程的软件,包括化学键的断裂和形成,谢谢.

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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13楼2013-06-19 12:48:05
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