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yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)

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[交流] 【讨论】分子动力学软件的速度已有8人参与

用过Gromacs, NAMD, LAMMPS的同行能否谈谈这些分子动力学软件的速度比较

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1楼 2010-09-09 21:40:06

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

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★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-11-05 12:04:32

引用回帖:

Originally posted by yahoohoo at 2010-09-10 23:42:27:

所答非所问。

分子模拟最耗时的不是矩阵运算，而是短程非键合作用的计算。

AltiVec是有关 Single Instruction Multiple Data的，在INTEL cpu中对应SSEx，在AMD中则是AltiVec。

至于软件作者所宣传 ...

呵呵~可能因为我主要是为了应用这些模拟软件去实现对环境中一些现象的理解，对具体原理的理解不如各位专家深厚，在此受教了~对于我们这些行外人来说，一个软件的模拟稳定性和速度使我们最关心的，直观的感受就是GMX和DESMOND就是要比AMBER和NAMD快。可能是我理解的不到位吧~谢谢您的指教