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审稿意见不确定--求指点，分子动力学模拟方向
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这是我投文章的部分审稿意见，还请各位大侠帮忙看看 This paper reports a study of the insertion of a particular peptide into carbon nanotubes of varying geometry. It is found that the peptide inserts into all the geometries studied, although it appears to enter some more easily than others (this is hard to tell because only one simulation was run for each geometry). If feasible, a strong suggestion would be to run multiple simulations for one or two of the CNT geometries in order to make the results more statistically meaningful. 这里的suggestion：“would be to run multiple simulations for one or two of the CNT geometries”指的是什么意思啊，我认为是把同一个构型在不改变条件的情况下重复进行几次模拟，看每种情况几次模拟总体上有没有不同。导师说初始条件不变，模拟结果不会有不同，他在网上查multiple simulations 说是一种模拟方法，要改变初速度什么的。一方面由于没搞懂该怎么做，二是由于计算条件限制，这种含生物分子和水的模拟用时比较多，时间比较紧，希望高人们指点怎么做 如果真的是要做“multiple simulations”的话 ，我用的是NAMD软件，该怎么做，注意些什么，以前没听说过，怎么做conf文件。 分子动力学模拟为什么要设初始速度啊，这个是指的设控制温度吗，应该设了温度就不能设速度了吧？ Methods: give total length of each simulation. 这句话是什么意思，是说要写上模拟时间吗？ |
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alvarohao
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【答案】应助回帖
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574384607(金币+5, 翻译EPI+1): 2011-11-15 08:37:03
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就是让你再深入下去，不光研究insertion的问题，还要研究一下哪个cnt形状更容易被insert。改变控制变量，多做几次，进行对比。 你第一次模拟有什么控制变量改变它就好了，你提到了控制温度。可以分高中低，也可以十进位取若干个。看你的时间和精力。 按照原先的模型，改变某些控制参数，取计算结果就是了。重要的是有说服力。 total length 应该指的是总的模拟时间。 |
2楼2011-11-14 20:42:05
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我做了肽insertion五个不同管型的碳纳米管，得出结论是其中一个管型的效果比较好，他说“this is hard to tell because only one simulation was run for each geometry”我一开始以为的是就一个同一个构型在不改变条件的情况下重复进行几次模拟 但是改变条件，像温度什么的，我看有人做蛋白肽生物模拟的时候，竟然做到了400K，我在想这么高的温度做有意义吗，温度过高生物分子不变性了吗 Four simulations were performed at room temperature (300 K) changing the initial conditions by assigning random velocities according to Maxwell distribution to explore wider conformational space. 这是我查的一篇文献中说的给是根据麦克斯维尔分布改变初始条件定初始速度，想不通什么意思，这里说温度是定值300K，设定之后，namd中速度不是自动分配吗，大侠知道这是怎么回事吗？谢谢 |
3楼2011-11-15 08:52:49
alvarohao
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4楼2011-11-15 09:58:37
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