应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » 【求助】请教分子动力学模拟软件选择
121/1返回列表
查看: 3916  |  回复: 11
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

Wendydudu

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】请教分子动力学模拟软件选择

新手，从零开始学习分子动力学模拟。
打算做离子导体电导率的计算，也就是要算方均位移。除此之外，材料的应力性能，尤其是热应力性能是否能够计算出？
正在学习了解lammps，据称其计算能力强大，前后处理稍弱，如果用lammps大量的数据是如何处理的？
另外MS的discover有什么特点？
其他的分子动力学模拟软件有哪些？各有什么特点？
最后，是否能够通过分子动力学计算反应的活化能垒？
新人问题问题比较多，还望大家不吝赐教。感激不尽。

问题太多，能帮忙回答一条也是行。

[ Last edited by Wendydudu on 2010-11-10 at 15:33 ]
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

分子动力学

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2010-11-10 11:15:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xianggui7895

银虫 (小有名气)
★ ★
mingdong(金币+2):感谢交流！ 2010-11-13 13:29:43
Wendydudu(金币+5):谢谢你的帮助。不打算进入到量子力学领域，所以不打算通过密度泛函计算势函数，至少目前是这样的。能否再问下dlpoly大概是什么样的，有些什么特点？ 2010-11-15 09:15:03
我也做过一段是的md计算，用的是cpmd，可以从密度泛函计算作用势，如果你的体系没有合适的势函数，可以考虑这个。经典md的话，lammps和dlpoly是用的比较多的，discover功能肯定没有多强大，只是前后处理比较方便
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2010-11-12 22:11:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xianggui7895

银虫 (小有名气)
★ ★
mingdong(金币+2):感谢交流！ 2010-11-15 21:27:11
Wendydudu(金币+2):恩，谢谢你。 2010-11-16 20:09:53
DLPOLY: http://www.cse.scitech.ac.uk/ccg/software/DL_POLY/
看网站介绍吧 我也说不清有什么特点 和lammps都是通用的主流的经典md软件
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2010-11-15 15:23:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cdxy

至尊木虫 (著名写手)
★ ★
mingdong(金币+2):感谢交流！ 2010-11-15 21:27:33
Wendydudu(金币+2):感谢交流！ 2010-11-16 20:08:51
http://lammps.sandia.gov/doc/Manual.html
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2010-11-15 15:37:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhaoyanfei

木虫 (小有名气)
★
dongdong3881(金币+1):多谢指导 2010-11-16 19:51:25
Wendydudu(金币+2):谢谢。能再详细点吗？ 2010-11-16 20:09:34
NAMD是一款功能强大的分子动力学软件，源代码开源，不过一般建议在Linux下用，你可以试试……
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2010-11-16 10:38:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yongma2008

木虫 (著名写手)
Wendydudu(金币+5): 感谢交流！ 2011-03-15 19:02:44
gromacs也行。
http://www.gromacs.org/
赞一下 回复此楼
6楼2010-12-25 21:03:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Wendydudu

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by cdxy at 2010-11-15 15:37:00:
http://lammps.sandia.gov/doc/Manual.html

NAMD适用于生物大分子。
赞一下 回复此楼
7楼2011-03-15 21:18:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Wendydudu

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by zhaoyanfei at 2010-11-16 10:38:02:
NAMD是一款功能强大的分子动力学软件，源代码开源，不过一般建议在Linux下用，你可以试试……

NAMD适用于生物大分子。
赞一下 回复此楼
8楼2011-03-15 21:19:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Wendydudu

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by yongma2008 at 2010-12-25 21:03:12:
gromacs也行。
http://www.gromacs.org/

gromacs也是适用于生物大分子。
赞一下 回复此楼
9楼2011-03-15 21:20:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hangqing68

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
zhangguangping: , 建议重新开贴求助！ 2012-03-28 14:20:02
我想做Al-Si合金分子动力学模拟，适合用哪个软件？哪位高人能否指点一下，不慎感激
赞一下 回复此楼
10楼2012-03-28 09:10:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

WJ-MS

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
10楼: Originally posted by hangqing68 at 2012-03-28 09:10:58
我想做Al-Si合金分子动力学模拟，适合用哪个软件？哪位高人能否指点一下，不慎感激

LAMMPS EAM势函数
赞一下 回复此楼
11楼2013-05-27 09:16:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yuyi2009

铜虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
师兄这是你好几年的帖子，我也要走您的路了。新手，要计算催化剂和基团结合的活化能垒，请问你知道在怎么实现么？
赞一下(1人) 回复此楼
12楼2014-08-28 14:21:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 Wendydudu 的主题更新
121/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭