应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】请教用DS做3D-QSAR问题
121/2返回列表12下一页
查看: 4014  |  回复: 11
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

木子米米

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】请教用DS做3D-QSAR问题 已有4人参与

本人刚开始学习用DS这个软件，主要做QSAR。还是菜鸟，想请教一下：
  
  配体数据导入：看到说明书的例子，是47个分子数据全部在一个叫dbh-mols-w-act.sd文件里，还有它们的IC50值。想问一下，怎么样把这么多分子的数据全部放入这个文件中，并且输入它们的IC50值，这个文件又是怎样生成的呢？
   因为我用chemoffice 3D生成pdb格式的文件能够在DS里打开，但是它的IC50值怎么输入呢？
  我是先把分子进行优化后再导入DS呢，还是画好结构直接导入，再在DS里优化好呢？如果是用DS优化，具体操作又是怎样呢？
  
   开始学这个软件，而且教程里看了好像也没这方面的内容，所以向大家请教一下，请各位赐教！谢谢！
       不甚感激！
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

Discovery Studio 常见问题及使用教程

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2010-05-15 21:06:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

CADD

银虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
木子米米(金币+10): 2010-05-16 14:15:06
lei0736(金币+4):谢谢 2010-05-16 16:58:49
将小分子优化，然后将优化后的小分子用cat命令压缩到一个文件里，这样在DS里打开时就是表格的形式了。

我的建议是在DS里优化小分子。具体操作如下：将小分子画好后，保存为mol格式，要一个小分子保存为一个文件，在DS的窗口中打开含有一个小分子的文件。在tool--simulate structure--forcefield，先给小分子赋立场，然后protocol--simulation--minimization，将小分子能量最小化。能量最小化时参数默认就行。这样就将小分子优化好了。按照同样的方法将你的所有小分子优化好后。用cat命令将这些小分子压缩到一个文件里。

在DS中打开含有多个小分子的文件，这时这个文件将以表格形式出现，点击表头，右键，选择Add Attribute ，弹出一个设置化合物新性质的对话框，将name设置为LogIC50，点击OK，即可。
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2010-05-16 14:04:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

木子米米

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by CADD at 2010-05-16 14:04:51:
将小分子优化，然后将优化后的小分子用cat命令压缩到一个文件里，这样在DS里打开时就是表格的形式了。

我的建议是在DS里优化小分子。具体操作如下：将小分子画好后，保存为mol格式，要一个小分子保存为一个文件 ...

真是太谢谢你了！！
回复此楼
3楼2010-05-16 14:14:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

木子米米

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 木子米米 at 2010-05-16 14:14:51:



真是太谢谢你了！！

请问一下，那个cat命令是不是得在linux系统下才有啊？我用的是windows系统，难道还要装一个虚拟机吗？
赞一下 回复此楼
4楼2010-05-16 14:37:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
lei0736(金币+2):谢谢 2010-05-16 16:59:00
引用回帖:
Originally posted by 木子米米 at 2010-05-16 14:37:58:



请问一下，那个cat命令是不是得在linux系统下才有啊？我用的是windows系统，难道还要装一个虚拟机吗？

对，cat是在Linux下面的合并命令，你在win下面，可以将所有2维分子在chemfinder中合在一起，然后一起转三维。
赞一下(1人) 回复此楼
除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
5楼2010-05-16 15:21:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
★ ★ ★ ★ ★
lei0736(金币+5):谢谢 2010-05-17 09:54:31
用记事本就能完成的工作而已。

SDF文件的基础是MOL块。这个就不说了。
要添加数据，如增加CAS号码
CODE:
>
73-24-5
（留一个空行）

注意，要有一个空行

两个分子之间，用
CODE:
$$$$

隔开
CODE:
Adenine
         ChemDraw04140610392D

10 11  0  0  0  0  0  0  0  0999 V2000
   -1.3492    0.0000    0.0000 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   …
    0.8643    0.2549    0.0000 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  1  2  1  0  0  0
…
10  5  1  0  0  0
M  END

>
C1=NC2=C(N1)C(=NC=N2)N

>
73-24-5

>
135.127

>
7H-purin-6-amine

$$$$
Entecavir
        ChemDraw04140610392D

10 11  0  0  0  0  0  0  0  0999 V2000
   -1.3492    0.0000    0.0000 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   …
    0.8643    0.2549    0.0000 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  1  2  1  0  0  0
  …
10  5  1  0  0  0
M  END

>
Nc1nc(=O)c2ncn([C@H]3C[C@H](O)[C@@H](CO)C3=C)c2[nH]1

>
142217-69-4

>
277.279

>
2-amino-9-[4-hydroxy-3-(hydroxymethyl)-2-methylidene-cyclopentyl]-3H-purin-6-one

$$$$
赞一下(2人) 回复此楼
6楼2010-05-16 18:01:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

木子米米

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by tjegg at 2010-05-16 15:21:43:

对，cat是在Linux下面的合并命令，你在win下面，可以将所有2维分子在chemfinder中合在一起，然后一起转三维。

请问能不能具体讲一下，在chemfinder中怎么将它们合在一起吗？我刚刚试了一下，没弄清楚..谢谢啊！
赞一下 回复此楼
7楼2010-05-17 15:04:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-05-20 07:48:52
一个个读入，整体输出
赞一下(1人) 回复此楼
除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
8楼2010-05-20 00:24:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

木子米米

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by tjegg at 2010-05-20 00:24:10:
一个个读入，整体输出

能不能讲的详细点啊？对chemfinder太不熟悉了！
谢谢啊
赞一下 回复此楼
9楼2010-05-26 21:31:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chemozhang

木虫 (正式写手)
帖子真精彩!
已经收录到淘贴专辑《Discovery Studio 常见问题及使用教程》
赞一下 回复此楼
故地如重游月圆更寂寞
10楼2011-09-05 20:23:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 木子米米 的主题更新
121/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 能否退出参与的面上项目解除限项 +11 koalala 2026-08-24 13/650 2026-08-24 10:49 by anjeeshine
[基金申请] 放榜前的不淡定 20+4 snowwithsea 2026-08-19 17/850 2026-08-24 10:20 by echo8914667
[基金申请] 科研孤儿太难了 +18 我4大白菜 2026-08-20 19/950 2026-08-24 09:47 by 凯恩广盛催化分�
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +5 炎黄贵胄 2026-08-22 6/300 2026-08-24 06:34 by sincosx
[基金申请] 建议基金发布提前给出明确的时间点 +11 kulium 2026-08-21 14/700 2026-08-24 02:12 by 流流伤
[基金申请] 2026国自然函评费到账 +16 羊腰板 2026-08-21 17/850 2026-08-23 23:02 by tianxiaochun
[教师之家] 跳槽后在研项目怎么办？ +5 简单化xn 2026-08-22 10/500 2026-08-23 12:38 by 简单化xn
[基金申请] 今天放榜吗？ +15 布布和一二 2026-08-19 16/800 2026-08-23 09:55 by 张春生
[基金申请] 93BebMhtakh前后11位开头都是大写 +7 且听虎啸 2026-08-17 8/400 2026-08-22 21:55 by 医学老男孩
[基金申请] filecode，4个jtjc了 +13 ziyangfang 2026-08-19 16/800 2026-08-22 17:08 by WH3796
[基金申请] 人气不行了 +8 fansofjerry 2026-08-21 8/400 2026-08-22 16:30 by zyqchem
[基金申请] 今天基金会出结果吗？20260819 +16 kkkl_v 2026-08-19 17/850 2026-08-22 16:12 by 阿布Abu
[基金申请] 今日不放榜？网传国自然预计 8 月 27 日可查结果 +16 医学老男孩 2026-08-20 20/1000 2026-08-21 21:13 by Ldrop2023
[基金申请] 时间戳又变了 +13 wuchongjun 2026-08-20 19/950 2026-08-21 17:21 by 紫杉醇
[基金申请] 应该是下周三26日公布了吧？ +4 哈哈蛤？ 2026-08-21 4/200 2026-08-21 10:58 by Vivilian
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +9 yuleib84 2026-08-19 11/550 2026-08-21 10:06 by gltch
[基金申请] 基金啊基金 +4 longfie172 2026-08-20 4/200 2026-08-21 08:58 by mark mao
[基金申请] 重要消息，中午系统在维护 +11 yuleib84 2026-08-18 12/600 2026-08-20 11:09 by xskun
[基金申请] 明天放榜？ +5 Shxjjxjkx 2026-08-18 5/250 2026-08-18 18:14 by -大大大大大-
[基金申请] 今天维护系统维护 祝所有人 高中 +8 gjjjzhong 2026-08-18 9/450 2026-08-18 13:01 by 家与远方
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭