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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】请教用DS做3D-QSAR问题
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木子米米

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】请教用DS做3D-QSAR问题 已有4人参与

本人刚开始学习用DS这个软件，主要做QSAR。还是菜鸟，想请教一下：
  
  配体数据导入：看到说明书的例子，是47个分子数据全部在一个叫dbh-mols-w-act.sd文件里，还有它们的IC50值。想问一下，怎么样把这么多分子的数据全部放入这个文件中，并且输入它们的IC50值，这个文件又是怎样生成的呢？
   因为我用chemoffice 3D生成pdb格式的文件能够在DS里打开，但是它的IC50值怎么输入呢？
  我是先把分子进行优化后再导入DS呢，还是画好结构直接导入，再在DS里优化好呢？如果是用DS优化，具体操作又是怎样呢？
  
   开始学这个软件，而且教程里看了好像也没这方面的内容，所以向大家请教一下，请各位赐教！谢谢！
       不甚感激！
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1楼 2010-05-15 21:06:25
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CADD

银虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
木子米米(金币+10): 2010-05-16 14:15:06
lei0736(金币+4):谢谢 2010-05-16 16:58:49
将小分子优化，然后将优化后的小分子用cat命令压缩到一个文件里，这样在DS里打开时就是表格的形式了。

我的建议是在DS里优化小分子。具体操作如下：将小分子画好后，保存为mol格式，要一个小分子保存为一个文件，在DS的窗口中打开含有一个小分子的文件。在tool--simulate structure--forcefield，先给小分子赋立场，然后protocol--simulation--minimization，将小分子能量最小化。能量最小化时参数默认就行。这样就将小分子优化好了。按照同样的方法将你的所有小分子优化好后。用cat命令将这些小分子压缩到一个文件里。

在DS中打开含有多个小分子的文件，这时这个文件将以表格形式出现，点击表头，右键，选择Add Attribute ，弹出一个设置化合物新性质的对话框，将name设置为LogIC50，点击OK，即可。
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2楼2010-05-16 14:04:51
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木子米米

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by CADD at 2010-05-16 14:04:51:
将小分子优化，然后将优化后的小分子用cat命令压缩到一个文件里，这样在DS里打开时就是表格的形式了。

我的建议是在DS里优化小分子。具体操作如下：将小分子画好后，保存为mol格式，要一个小分子保存为一个文件 ...

真是太谢谢你了！！
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3楼2010-05-16 14:14:51
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木子米米

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 木子米米 at 2010-05-16 14:14:51:



真是太谢谢你了！！

请问一下，那个cat命令是不是得在linux系统下才有啊？我用的是windows系统，难道还要装一个虚拟机吗？
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4楼2010-05-16 14:37:58
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
lei0736(金币+2):谢谢 2010-05-16 16:59:00
引用回帖:
Originally posted by 木子米米 at 2010-05-16 14:37:58:



请问一下，那个cat命令是不是得在linux系统下才有啊？我用的是windows系统，难道还要装一个虚拟机吗？

对，cat是在Linux下面的合并命令，你在win下面，可以将所有2维分子在chemfinder中合在一起，然后一起转三维。
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除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
5楼2010-05-16 15:21:43
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
★ ★ ★ ★ ★
lei0736(金币+5):谢谢 2010-05-17 09:54:31
用记事本就能完成的工作而已。

SDF文件的基础是MOL块。这个就不说了。
要添加数据，如增加CAS号码
CODE:
>
73-24-5
（留一个空行）

注意，要有一个空行

两个分子之间，用
CODE:
$$$$

隔开
CODE:
Adenine
         ChemDraw04140610392D

10 11  0  0  0  0  0  0  0  0999 V2000
   -1.3492    0.0000    0.0000 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   …
    0.8643    0.2549    0.0000 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  1  2  1  0  0  0
…
10  5  1  0  0  0
M  END

>
C1=NC2=C(N1)C(=NC=N2)N

>
73-24-5

>
135.127

>
7H-purin-6-amine

$$$$
Entecavir
        ChemDraw04140610392D

10 11  0  0  0  0  0  0  0  0999 V2000
   -1.3492    0.0000    0.0000 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   …
    0.8643    0.2549    0.0000 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  1  2  1  0  0  0
  …
10  5  1  0  0  0
M  END

>
Nc1nc(=O)c2ncn([C@H]3C[C@H](O)[C@@H](CO)C3=C)c2[nH]1

>
142217-69-4

>
277.279

>
2-amino-9-[4-hydroxy-3-(hydroxymethyl)-2-methylidene-cyclopentyl]-3H-purin-6-one

$$$$
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6楼2010-05-16 18:01:39
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木子米米

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by tjegg at 2010-05-16 15:21:43:

对，cat是在Linux下面的合并命令，你在win下面，可以将所有2维分子在chemfinder中合在一起，然后一起转三维。

请问能不能具体讲一下，在chemfinder中怎么将它们合在一起吗？我刚刚试了一下，没弄清楚..谢谢啊！
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7楼2010-05-17 15:04:18
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-05-20 07:48:52
一个个读入，整体输出
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除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
8楼2010-05-20 00:24:10
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木子米米

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by tjegg at 2010-05-20 00:24:10:
一个个读入，整体输出

能不能讲的详细点啊？对chemfinder太不熟悉了！
谢谢啊
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9楼2010-05-26 21:31:24
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chemozhang

木虫 (正式写手)
帖子真精彩!
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故地如重游月圆更寂寞
10楼2011-09-05 20:23:32
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