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木子米米

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】请教用DS做3D-QSAR问题 已有4人参与

本人刚开始学习用DS这个软件,主要做QSAR。还是菜鸟,想请教一下:
  
  配体数据导入:看到说明书的例子,是47个分子数据全部在一个叫dbh-mols-w-act.sd文件里,还有它们的IC50值。想问一下,怎么样把这么多分子的数据全部放入这个文件中,并且输入它们的IC50值,这个文件又是怎样生成的呢?
   因为我用chemoffice 3D生成pdb格式的文件能够在DS里打开,但是它的IC50值怎么输入呢?
  我是先把分子进行优化后再导入DS呢,还是画好结构直接导入,再在DS里优化好呢?如果是用DS优化,具体操作又是怎样呢?
  
   开始学这个软件,而且教程里看了好像也没这方面的内容,所以向大家请教一下,请各位赐教!谢谢!
       不甚感激!
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚

★ ★ ★ ★ ★
lei0736(金币+5):谢谢 2010-05-17 09:54:31
用记事本就能完成的工作而已。

SDF文件的基础是MOL块。这个就不说了。
要添加数据,如增加CAS号码
CODE:
>
73-24-5
(留一个空行)

注意,要有一个空行

两个分子之间,用
CODE:
$$$$

隔开
CODE:
Adenine
         ChemDraw04140610392D

10 11  0  0  0  0  0  0  0  0999 V2000
   -1.3492    0.0000    0.0000 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   …
    0.8643    0.2549    0.0000 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  1  2  1  0  0  0

10  5  1  0  0  0
M  END

>
C1=NC2=C(N1)C(=NC=N2)N

>
73-24-5

>
135.127

>
7H-purin-6-amine

$$$$
Entecavir
        ChemDraw04140610392D

10 11  0  0  0  0  0  0  0  0999 V2000
   -1.3492    0.0000    0.0000 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   …
    0.8643    0.2549    0.0000 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  1  2  1  0  0  0
  …
10  5  1  0  0  0
M  END

>
Nc1nc(=O)c2ncn([C@H]3C[C@H](O)[C@@H](CO)C3=C)c2[nH]1

>
142217-69-4

>
277.279

>
2-amino-9-[4-hydroxy-3-(hydroxymethyl)-2-methylidene-cyclopentyl]-3H-purin-6-one

$$$$

6楼2010-05-16 18:01:39
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