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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】请问3D-QSAR中的最佳组分数
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sijifengsd

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】请问3D-QSAR中的最佳组分数 已有5人参与

请问：
   请问3D-QSAR中的最佳组分数有什么要求么？一般是几可以？我在做CoMFA时利用交叉验证得到的最佳组分数为1可以用么？我也没看到用1惑着2的，我看到的文献好像也都在5左右。自己也不知道1可以用么，可信么。

请高手指点.
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似水年华
1楼 2010-08-16 20:26:32
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tingjun

木虫 (小有名气)
★
sijifengsd(金币+2): 2010-08-17 08:34:12
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-08-17 16:12:25
那要看你1做的结果好不好，我觉得只要是结果好就行
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2楼2010-08-16 20:33:02
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piscesee

铁杆木虫 (正式写手)
★
sijifengsd(金币+2): 2010-08-17 08:34:23
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-08-17 16:12:56
用1说明回归后的模型太简单了，相关程度不高，robust不够好，建议再调整调整...
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3楼2010-08-16 20:53:45
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sijifengsd

银虫 (小有名气)

呵呵

引用回帖:
Originally posted by piscesee at 2010-08-16 20:53:45:
用1说明回归后的模型太简单了，相关程度不高，robust不够好，建议再调整调整...

您说的调整是什么意思？我尝试了对化合物进行分组但是不管怎样对training set和test set划分，最佳组分数都是1.而且q2=0.604也不高算是比较好的了。最奇诡的是静电场的贡献为零，立体场的贡献为1。这在以前我还没遇到呢
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似水年华
4楼2010-08-17 08:50:45
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一步一步

木虫 (著名写手)
★ ★
sijifengsd(金币+1): 2010-08-17 16:59:18
sijifengsd(金币+1): 2010-08-17 17:01:35
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-08-18 08:57:24
引用回帖:
Originally posted by sijifengsd at 2010-08-17 08:50:45:

您说的调整是什么意思？我尝试了对化合物进行分组但是不管怎样对training set和test set划分，最佳组分数都是1.而且q2=0.604也不高算是比较好的了。最奇诡的是静电场的贡献为零，立体场的贡献为1。这在以前我还 ...

建议还是再从新做做，我这几天做也出现了同样的问题，就是静电场的贡献为零。目前还不知道是什么原因，但是我用通过其他方法得到的构象做就不是这样的结果。
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5楼2010-08-17 09:00:57
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sijifengsd

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 一步一步 at 2010-08-17 09:00:57:


建议还是再从新做做，我这几天做也出现了同样的问题，就是静电场的贡献为零。目前还不知道是什么原因，但是我用通过其他方法得到的构象做就不是这样的结果。

您的构象是怎么调整的？我是通过Autodock对接得到的构象，我看了一下有些重叠 的不好。但是对接了几次也没调整到理想的构象。很苦恼
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似水年华
6楼2010-08-17 17:09:53
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一步一步

木虫 (著名写手)
★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-08-18 08:57:33
sijifengsd(金币+4):谢谢啦，有问题再向您请教 2010-08-18 14:42:48
引用回帖:
Originally posted by sijifengsd at 2010-08-17 17:09:53:

您的构象是怎么调整的？我是通过Autodock对接得到的构象，我看了一下有些重叠 的不好。但是对接了几次也没调整到理想的构象。很苦恼

Autodock对接的还长在继续，现在还不清楚怎么样。。。我现在用的构象是基于某一化合物的晶体构象得到的其他化合物，经过分子力学优化得到的构象。
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7楼2010-08-18 08:44:22
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sijifengsd

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 一步一步 at 2010-08-18 08:44:22:


Autodock对接的还长在继续，现在还不清楚怎么样。。。我现在用的构象是基于某一化合物的晶体构象得到的其他化合物，经过分子力学优化得到的构象。

请问您是基于受体的分析么？如果是基于配体的分析，得到的构象能优化么？
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似水年华
8楼2010-08-18 15:18:12
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tingjun

木虫 (小有名气)
★ ★
sijifengsd(金币+2):谢谢，请问，您说的自己叠合是不是基于ligand的QSAR分析吧？ 2010-08-18 18:13:46
lei0736(金币+2):谢谢 2010-08-19 09:33:48
如果对接后的构象和原来的晶体结构的配体叠合的好的话，可以用此方法，否则应该考虑自己叠合
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9楼2010-08-18 15:21:43
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克罗米虎

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
sijifengsd(金币+2):谢谢！您的建议和审稿人说的一致。他们也是建议我用不同的组分数检查一下！ 2010-08-18 18:15:22
lei0736(金币+2):谢谢 2010-08-19 09:33:56
软件报的最佳不一定是最佳，关于这点在sybyl的tutorial里有说明~
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专业的计算模拟服务：http://www.wecomput.com
10楼2010-08-18 16:04:32
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