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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】用DS做3D -qsar parmacophore的完整流程
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mazhayazi

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】用DS做3D -qsar parmacophore的完整流程 已有5人参与

初学ds，重复了一篇用catalyst做药效团的文章，训练集参数很接近，可是测试集有很大差别，想问下各位大侠，你们用ds做parmacophore一般流程是什么
我是这样做的1.用chemdrow画出结构，mm2优化
            2用ds的tool添加charm立场
            3能量最小化
            4用3d qsar parmacophore generation产生药效团
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1楼 2010-10-18 16:25:12
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titanheart

铜虫 (小有名气)
俺也不懂~同求教~
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2楼2010-10-19 22:08:39
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ts2009

木虫 (著名写手)

无业游民
★
zh1987hs(金币+1):哈哈~先奖励一个金币~期待TS的好帖啊 2010-10-21 12:52:53
给个模拟EPI，即发权威3D-QSAR教程
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√：寂寞无边蔓延,触到无边伤感!
3楼2010-10-21 09:16:23
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mazhayazi

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by ts2009 at 2010-10-21 09:16:23:
给个模拟EPI，即发权威3D-QSAR教程

我做的不是3d-qsar吧，是药效团，hypergen。初学，EPI怎么给啊，我的也是0啊
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4楼2010-10-21 10:41:23
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ts2009

木虫 (著名写手)

无业游民
★ ★
zh1987hs(金币+2):谢谢 2010-10-21 18:36:34
mazhayazi(金币+1): 2010-10-21 21:40:27
DS操作流程：
步骤一：输入分子结构
步骤二：添加属性
步骤三：产生多构象
步骤四：产生药效团模型
步骤五：药效团模型的评估
根据自己的实际情况进行操作，细节问题不再重复~~~~
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√：寂寞无边蔓延,触到无边伤感!
5楼2010-10-21 17:04:08
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mazhayazi

银虫 (小有名气)
★
zh1987hs(金币+1):鼓励交流 2010-10-22 08:34:40
引用回帖:
Originally posted by ts2009 at 2010-10-21 17:04:08:
DS操作流程：
步骤一：输入分子结构
步骤二：添加属性
步骤三：产生多构象
步骤四：产生药效团模型
步骤五：药效团模型的评估
根据自己的实际情况进行操作，细节问题不再重复~~~~

分子我是用chemdraw3d画的，画好应该做哪些优化啊，还有添加力场之类的，我可以做出结果，可是结果和文献中的不一样，尤其是测试集，结果差别大，应该怎么使结果变好啊？
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6楼2010-10-21 21:44:28
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tingjun

木虫 (小有名气)
★ ★
zh1987hs(金币+2):谢谢 2010-10-23 09:06:15
mazhayazi(金币+1):谢谢，请多多指教O(∩_∩)O~ 2010-10-25 18:48:49
mazhayazi(金币+3):大侠，发个3d-qsar的权威教程噻。。。 2010-11-15 12:56:05
这个初始画的结构虽然影响不大，但也要画好，可以在sybyl里面画，另外加力场小分子加一个MMFF力场就行。
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7楼2010-10-23 09:00:14
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tingjun

木虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-11-16 13:58:31
做这个要自己慢慢摸索，调整分子，好像没有具体的教程吧，是有的书有部分介绍的
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8楼2010-11-16 08:56:54
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feiliu108

新虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+3):谢谢 2010-12-04 23:12:38
样本的数量不能低于10个；尽量具有代表性，尽可能包括吸电子，推电子等取代基变化比较丰富的化合物
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9楼2010-12-04 17:41:53
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chemozhang

木虫 (正式写手)
帖子真精彩!
已经收录到淘贴专辑《Discovery Studio 常见问题及使用教程》
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故地如重游月圆更寂寞
10楼2011-09-05 20:02:57
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