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mazhayazi

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】用DS做3D -qsar parmacophore的完整流程 已有5人参与

初学ds,重复了一篇用catalyst做药效团的文章,训练集参数很接近,可是测试集有很大差别,想问下各位大侠,你们用ds做parmacophore一般流程是什么
我是这样做的1.用chemdrow画出结构,mm2优化
            2用ds的tool添加charm立场
            3能量最小化
            4用3d qsar parmacophore generation产生药效团
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titanheart

铜虫 (小有名气)

俺也不懂~同求教~
2楼2010-10-19 22:08:39
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ts2009

木虫 (著名写手)

无业游民


zh1987hs(金币+1):哈哈~先奖励一个金币~期待TS的好帖啊 2010-10-21 12:52:53
给个模拟EPI,即发权威3D-QSAR教程
√:寂寞无边蔓延,触到无边伤感!
3楼2010-10-21 09:16:23
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mazhayazi

银虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by ts2009 at 2010-10-21 09:16:23:
给个模拟EPI,即发权威3D-QSAR教程

我做的不是3d-qsar吧,是药效团,hypergen。初学,EPI怎么给啊,我的也是0啊
4楼2010-10-21 10:41:23
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ts2009

木虫 (著名写手)

无业游民

★ ★
zh1987hs(金币+2):谢谢 2010-10-21 18:36:34
mazhayazi(金币+1): 2010-10-21 21:40:27
DS操作流程:
步骤一:输入分子结构
步骤二:添加属性
步骤三:产生多构象
步骤四:产生药效团模型
步骤五:药效团模型的评估
根据自己的实际情况进行操作,细节问题不再重复~~~~
√:寂寞无边蔓延,触到无边伤感!
5楼2010-10-21 17:04:08
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mazhayazi

银虫 (小有名气)


zh1987hs(金币+1):鼓励交流 2010-10-22 08:34:40
引用回帖:
Originally posted by ts2009 at 2010-10-21 17:04:08:
DS操作流程:
步骤一:输入分子结构
步骤二:添加属性
步骤三:产生多构象
步骤四:产生药效团模型
步骤五:药效团模型的评估
根据自己的实际情况进行操作,细节问题不再重复~~~~

分子我是用chemdraw3d画的,画好应该做哪些优化啊,还有添加力场之类的,我可以做出结果,可是结果和文献中的不一样,尤其是测试集,结果差别大,应该怎么使结果变好啊?
6楼2010-10-21 21:44:28
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tingjun

木虫 (小有名气)

★ ★
zh1987hs(金币+2):谢谢 2010-10-23 09:06:15
mazhayazi(金币+1):谢谢,请多多指教O(∩_∩)O~ 2010-10-25 18:48:49
mazhayazi(金币+3):大侠,发个3d-qsar的权威教程噻。。。 2010-11-15 12:56:05
这个初始画的结构虽然影响不大,但也要画好,可以在sybyl里面画,另外加力场小分子加一个MMFF力场就行。
7楼2010-10-23 09:00:14
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tingjun

木虫 (小有名气)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-11-16 13:58:31
做这个要自己慢慢摸索,调整分子,好像没有具体的教程吧,是有的书有部分介绍的
8楼2010-11-16 08:56:54
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feiliu108

新虫 (著名写手)

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+3):谢谢 2010-12-04 23:12:38
样本的数量不能低于10个;尽量具有代表性,尽可能包括吸电子,推电子等取代基变化比较丰富的化合物
9楼2010-12-04 17:41:53
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chemozhang

木虫 (正式写手)

帖子真精彩!
已经收录到淘贴专辑《Discovery Studio 常见问题及使用教程
故地如重游月圆更寂寞
10楼2011-09-05 20:02:57
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