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sijifengsd

银虫 (小有名气)

谢谢

引用回帖:
Originally posted by tingjun at 2010-08-18 15:21:43:
如果对接后的构象和原来的晶体结构的配体叠合的好的话,可以用此方法,否则应该考虑自己叠合

还有如果是想把蛋白质也考虑进来 的话能自己叠合么?
似水年华
11楼2010-08-18 18:18:31
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一步一步

木虫 (著名写手)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
lei0736(金币+2):谢谢 2010-08-19 09:34:17
引用回帖:
Originally posted by sijifengsd at 2010-08-18 15:18:12:

请问您是基于受体的分析么?如果是基于配体的分析,得到的构象能优化么?

恩,现在做的是基于配体的QSAR。对于基于受体的,个人认为是不能优化的,因为通过对接得到的构象并不一定就是最低能量构象,优化的话跟基于配体的对接不就没有什么区别了吗?
12楼2010-08-19 08:10:46
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hxy6882

铁杆木虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
请问:autodock对接后的小分子的构象怎么导出?
13楼2010-08-23 10:09:46
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sijifengsd

银虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by hxy6882 at 2010-08-23 10:09:46:
请问:autodock对接后的小分子的构象怎么导出?

你需要把dlg文件读入ADT找到合适的构象nanlysis-conformation-play-complex就可以导出你需要的构象
似水年华
14楼2010-08-23 12:31:26
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hxy6882

铁杆木虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by sijifengsd at 2010-08-23 12:31:26:

你需要把dlg文件读入ADT找到合适的构象nanlysis-conformation-play-complex就可以导出你需要的构象

谢谢你,我读入dlg文件,找到了合适的构象,但最后一步complex是什么意思?你是不是说,找到合适的构象后,直接用file-save-write pdb就可以保存我所要的小分子结构了。
15楼2010-08-23 16:08:21
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