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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】请问3D-QSAR中的最佳组分数
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sijifengsd

银虫 (小有名气)

谢谢

引用回帖:
Originally posted by tingjun at 2010-08-18 15:21:43:
如果对接后的构象和原来的晶体结构的配体叠合的好的话，可以用此方法，否则应该考虑自己叠合

还有如果是想把蛋白质也考虑进来 的话能自己叠合么？
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似水年华
11楼2010-08-18 18:18:31
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一步一步

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
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lei0736(金币+2):谢谢 2010-08-19 09:34:17
引用回帖:
Originally posted by sijifengsd at 2010-08-18 15:18:12:

请问您是基于受体的分析么？如果是基于配体的分析，得到的构象能优化么？

恩，现在做的是基于配体的QSAR。对于基于受体的，个人认为是不能优化的，因为通过对接得到的构象并不一定就是最低能量构象，优化的话跟基于配体的对接不就没有什么区别了吗？
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12楼2010-08-19 08:10:46
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hxy6882

铁杆木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
请问：autodock对接后的小分子的构象怎么导出？
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13楼2010-08-23 10:09:46
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sijifengsd

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by hxy6882 at 2010-08-23 10:09:46:
请问：autodock对接后的小分子的构象怎么导出？

你需要把dlg文件读入ADT找到合适的构象nanlysis-conformation-play-complex就可以导出你需要的构象
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似水年华
14楼2010-08-23 12:31:26
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hxy6882

铁杆木虫 (正式写手)
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引用回帖:
Originally posted by sijifengsd at 2010-08-23 12:31:26:

你需要把dlg文件读入ADT找到合适的构象nanlysis-conformation-play-complex就可以导出你需要的构象

谢谢你，我读入dlg文件，找到了合适的构象，但最后一步complex是什么意思？你是不是说，找到合适的构象后，直接用file-save-write pdb就可以保存我所要的小分子结构了。
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15楼2010-08-23 16:08:21
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