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【求助】请教用DS做3D-QSAR问题已有4人参与
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本人刚开始学习用DS这个软件，主要做QSAR。还是菜鸟，想请教一下： 配体数据导入：看到说明书的例子，是47个分子数据全部在一个叫dbh-mols-w-act.sd文件里，还有它们的IC50值。想问一下，怎么样把这么多分子的数据全部放入这个文件中，并且输入它们的IC50值，这个文件又是怎样生成的呢？ 因为我用chemoffice 3D生成pdb格式的文件能够在DS里打开，但是它的IC50值怎么输入呢？ 我是先把分子进行优化后再导入DS呢，还是画好结构直接导入，再在DS里优化好呢？如果是用DS优化，具体操作又是怎样呢？ 开始学这个软件，而且教程里看了好像也没这方面的内容，所以向大家请教一下，请各位赐教！谢谢！ 不甚感激！ |
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yalefield
金虫 (文坛精英)
老汉一枚
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6楼2010-05-16 18:01:39
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木子米米(金币+10): 2010-05-16 14:15:06
lei0736(金币+4):谢谢 2010-05-16 16:58:49
木子米米(金币+10): 2010-05-16 14:15:06
lei0736(金币+4):谢谢 2010-05-16 16:58:49
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将小分子优化，然后将优化后的小分子用cat命令压缩到一个文件里，这样在DS里打开时就是表格的形式了。 我的建议是在DS里优化小分子。具体操作如下：将小分子画好后，保存为mol格式，要一个小分子保存为一个文件，在DS的窗口中打开含有一个小分子的文件。在tool--simulate structure--forcefield，先给小分子赋立场，然后protocol--simulation--minimization，将小分子能量最小化。能量最小化时参数默认就行。这样就将小分子优化好了。按照同样的方法将你的所有小分子优化好后。用cat命令将这些小分子压缩到一个文件里。 在DS中打开含有多个小分子的文件，这时这个文件将以表格形式出现，点击表头，右键，选择Add Attribute ，弹出一个设置化合物新性质的对话框，将name设置为LogIC50，点击OK，即可。 |
2楼2010-05-16 14:04:51
3楼2010-05-16 14:14:51
4楼2010-05-16 14:37:58