| 查看: 4093 | 回复: 11 | ||||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||||
[交流]
【求助】请教用DS做3D-QSAR问题 已有4人参与
|
||||
|
本人刚开始学习用DS这个软件，主要做QSAR。还是菜鸟，想请教一下： 配体数据导入：看到说明书的例子，是47个分子数据全部在一个叫dbh-mols-w-act.sd文件里，还有它们的IC50值。想问一下，怎么样把这么多分子的数据全部放入这个文件中，并且输入它们的IC50值，这个文件又是怎样生成的呢？ 因为我用chemoffice 3D生成pdb格式的文件能够在DS里打开，但是它的IC50值怎么输入呢？ 我是先把分子进行优化后再导入DS呢，还是画好结构直接导入，再在DS里优化好呢？如果是用DS优化，具体操作又是怎样呢？ 开始学这个软件，而且教程里看了好像也没这方面的内容，所以向大家请教一下，请各位赐教！谢谢！ 不甚感激！ |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 Discovery Studio 常见问题及使用教程 |
» 猜你喜欢
科研人应该花精力去思考如何解决问题，而不是去凝练问题
已经有11人回复
-
要骂人了，新模版改版就是要淡化问题凝练这种虚的东西，结果有个评委还在说凝练得不够
已经有17人回复
-
基金系统什么内容也没有
已经有10人回复
-
学科评审组评审是指会评吗？
已经有5人回复
-
梦想
已经有8人回复
-
面上合作单位盖章
已经有9人回复
-
面上函评意见出来了，像什么等级？
已经有17人回复
-
为什么资助数各大高校都创新高，自己申请怎么就这么难
已经有14人回复
-
小白求助 投论文要求的highlights应该如何写
已经有4人回复
-
麻烦专家们看看评委们的意见（F口面上）
已经有12人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- HEMA纯化问题，请教如何做
已经有6人回复
- 请教Origin8做双Y轴问题
已经有9人回复
- 【求助】请教广州的美国领事馆 DS160表格问题
已经有3人回复
- 【求助】请教氨基酸甲酯盐酸盐合成中的问题，做过的朋友指点下
已经有6人回复
- 【请教】做PL使用仪器问题以及其他相关问题？
已经有9人回复
- 【求助】用DS做3D -qsar parmacophore的完整流程
已经有12人回复
- 【求助】请问3D-QSAR中的最佳组分数
已经有14人回复
- 【请教】用羧酸做配体培养晶体的时候ph调节的问题
已经有23人回复
- 09年晶体牛人名家实验室链接介绍(回帖有金币)
已经有161人回复
tjegg
铁杆木虫 (著名写手)
- 应助: 26 (小学生)
- 金币: 6869.3
- 红花: 16
- 帖子: 2615
- 在线: 448小时
- 虫号: 338983
- 注册: 2007-04-05
- 性别: GG
- 专业: 抗肿瘤药物药理
5楼2010-05-16 15:21:43
★ ★ ★ ★
木子米米(金币+10): 2010-05-16 14:15:06
lei0736(金币+4):谢谢 2010-05-16 16:58:49
木子米米(金币+10): 2010-05-16 14:15:06
lei0736(金币+4):谢谢 2010-05-16 16:58:49
|
将小分子优化，然后将优化后的小分子用cat命令压缩到一个文件里，这样在DS里打开时就是表格的形式了。 我的建议是在DS里优化小分子。具体操作如下：将小分子画好后，保存为mol格式，要一个小分子保存为一个文件，在DS的窗口中打开含有一个小分子的文件。在tool--simulate structure--forcefield，先给小分子赋立场，然后protocol--simulation--minimization，将小分子能量最小化。能量最小化时参数默认就行。这样就将小分子优化好了。按照同样的方法将你的所有小分子优化好后。用cat命令将这些小分子压缩到一个文件里。 在DS中打开含有多个小分子的文件，这时这个文件将以表格形式出现，点击表头，右键，选择Add Attribute ，弹出一个设置化合物新性质的对话框，将name设置为LogIC50，点击OK，即可。 |
2楼2010-05-16 14:04:51
3楼2010-05-16 14:14:51
4楼2010-05-16 14:37:58
30