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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

老和山猥琐派九段

优秀版主

[求助] 根据MSD图求扩散系数

终于出来了一个结果。
根据爱因斯坦扩散公示,结合网上的帖子,我理解为:扩散系数为时间足够长时位移均方差对时间的一阶倒数的六分之一。如下图,时间看起来是足够长了,但平衡部分不是一条直线,看起来是一条斜率增加中的曲线。请问怎么确定扩散系数呢?苯在分子筛内部的扩散不适用爱因斯坦扩散公示?或者计算方面要做什么修改?

这个算例是DL_POLY_CLASSIC中的TEST6,一个苯环分子在分子筛中的扩散。
根据MSD图求扩散系数
CONFIG.jpg
根据MSD图求扩散系数-1
MSD_from_DL_POLY_CLASSIC.jpg
根据MSD图求扩散系数-2
MSD求导.jpg

[ Last edited by cenwanglai on 2013-11-3 at 14:30 ]
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
cenwanglai: 金币+5, 非常感谢~ 2013-11-03 15:38:37
MD计算扩散系数的时候,一般只取中间段的数据,图中2~4ps的数据线性就很好,拟合直线,得直线斜率,再乘以6。
MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助!时间精力有限,恕不接受无偿私信求助。
2楼2013-11-03 15:29:44
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

老和山猥琐派九段

优秀版主

还有两个问题请教:

(1)算气体自扩散系数,结构模型为包含N个文字的立方盒子。统计模型是不是算这N个分子的平均位移均方差随时间的导数?
(2)算包含两种气体分子混合体系中分子A相对分子B的扩算系数,统计模型是什么呢?

@月只蓝

[ Last edited by cenwanglai on 2013-11-3 at 15:49 ]
3楼2013-11-03 15:47:51
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

引用回帖:
3楼: Originally posted by cenwanglai at 2013-11-03 15:47:51
还有两个问题请教:

(1)算气体自扩散系数,结构模型为包含N个文字的立方盒子。统计模型是不是算这N个分子的平均位移均方差随时间的导数?
(2)算包含两种气体分子混合体系中分子A相对分子B的扩算系数,统计模 ...

对于问题1,我认为是的,就是算这N个分子的平均位移均方差随时间的导数。
对于问题2,我没有研究过,我想是不是可以分别算两种气体分子在分子筛中的扩算系数,然后两个结果相除。
MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助!时间精力有限,恕不接受无偿私信求助。
4楼2013-11-03 17:28:29
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Awcse

新虫 (小有名气)

你好,请问,你是怎么处理数据得道MSD计算曲线的?
5楼2015-11-30 20:26:18
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

老和山猥琐派九段

优秀版主

引用回帖:
5楼: Originally posted by Awcse at 2015-11-30 20:26:18
你好,请问,你是怎么处理数据得道MSD计算曲线的?

用DL_POLY的GUI.jar图形工具
6楼2015-11-30 23:15:58
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Awcse

新虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by cenwanglai at 2015-11-30 23:15:58
用DL_POLY的GUI.jar图形工具...

感谢回复,我有点没太懂,我用的是VASP的MD计算,想统计规定弛豫时间内某种粒子的MSD,请问你和我做的类似么?如果是请问你用的是什么软件?

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7楼2015-12-01 12:07:49
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ynwtg

银虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 月只蓝 at 2013-11-03 15:29:44
MD计算扩散系数的时候,一般只取中间段的数据,图中2~4ps的数据线性就很好,拟合直线,得直线斜率,再乘以6。

您好,请问要给MSD关于T的图时,是取2~4ps的数据还是就全部时间段的,如果是2~4ps的数据,那么要拟合直线时横纵坐标轴需要都从0开始吗,怎么做比较规范?
8楼2016-03-07 14:15:08
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RicKillMercy

木虫 (正式写手)

都画出来,拟合的直线也在原始图中表示
9楼2017-08-08 03:31:27
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staventchoke

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 月只蓝 at 2013-11-03 15:29:44
MD计算扩散系数的时候,一般只取中间段的数据,图中2~4ps的数据线性就很好,拟合直线,得直线斜率,再乘以6。

还有粒子的数目呢?
大叔、博士、单身
10楼2017-08-22 14:36:29
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