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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】分子动力学模拟求扩散系数，最后一步不明白，请求给位大侠。
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linda6

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】分子动力学模拟求扩散系数，最后一步不明白，请求给位大侠。

各位虫友，我在模拟计算甲基萘在聚合物中的扩散系数，在最后一步discover里analysis之前，怎么把它同聚合物区分开来？谢谢哦！
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1楼 2010-12-09 13:19:04
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

xjw040

金虫 (正式写手)
★ ★
ellsaking(金币+2):感谢详细回答~ 2010-12-21 19:09:00
linda6(金币+3): 2010-12-21 19:10:18
引用回帖:
Originally posted by linda6 at 2010-12-21 11:56:03:

就是因为甲基萘分子全选不了，所以后面的MSD也就做不出来了，支支招吧，谢谢了！呵呵

楼主，我刚选了一下，MATERIAL STUDIO可以的
方法如下：
1、选择甲基萘分子上的一个碳原子，右击选择Label，按ForcefieldType显示，力场为COMPASS，因而显示为c3a，
2、edit》atomSelection,出现对话框，SelectByProperty:forcefield,SelectionMode为创建新的选择，点击select，分子上的苯环上碳被选中，然后将SelectMode改为ADDING TO existing selection。点击select，甲基碳也被选中，最后再select就可以选择H了
3、edit》find edit》new，命名set。
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11楼2010-12-21 18:58:35
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普通回帖

龙牙山

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by linda6 at 2010-12-09 13:19:04:
各位虫友，我在模拟计算甲基萘在聚合物中的扩散系数，在最后一步discover里analysis之前，怎么把它同聚合物区分开来？谢谢哦！

路过看看，私下交流。。
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2楼2010-12-18 00:13:06
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xisogr

木虫 (正式写手)
★
sunyang1988(金币+1):谢谢交流 2010-12-18 15:18:54
linda6(金币+2): 2010-12-19 00:04:18
选中所有的甲基萘，在edit，edit sets里面把它们设为一组，分析均方位移。
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3楼2010-12-18 13:49:02
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linda6

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by xisogr at 2010-12-18 13:49:02:
选中所有的甲基萘，在edit，edit sets里面把它们设为一组，分析均方位移。

请问怎么才能选中所有的甲基萘呢？他们离得挺远的，又不在一起啊，谢谢了！
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4楼2010-12-19 22:03:09
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xisogr

木虫 (正式写手)
★ ★
zzy870720z(金币+2):鼓励交流讨论 2010-12-20 10:19:22
linda6(金币+2): 2010-12-20 18:30:36
引用回帖:
Originally posted by linda6 at 2010-12-19 22:03:09:

请问怎么才能选中所有的甲基萘呢？他们离得挺远的，又不在一起啊，谢谢了！

厄，说个笨办法，甲基萘上C的电荷与聚合物的肯定不一样。在edit-atom selection里面按电荷选取甲基萘上不同电荷类型的C应该就行了。
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5楼2010-12-20 10:16:08
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xjw040

金虫 (正式写手)
★
ym23(金币+1):谢谢提示 2010-12-28 09:30:48
引用回帖:
Originally posted by xisogr at 2010-12-20 10:16:08:

厄，说个笨办法，甲基萘上C的电荷与聚合物的肯定不一样。在edit-atom selection里面按电荷选取甲基萘上不同电荷类型的C应该就行了。

有没有选用Label来选择分子的？
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6楼2010-12-20 15:16:33
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xisogr

木虫 (正式写手)
我是个新手，不是很了解，只用上述方法选过。
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7楼2010-12-20 15:36:26
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linda6

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by xjw040 at 2010-12-20 15:16:33:



有没有选用Label来选择分子的？

之前我模拟像氧气 氮气这样的分子时，我是用的label来选择的分子，现在是甲基萘有C H 两种原子，就不好选了 哎 我也是刚学，不懂啊
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8楼2010-12-20 18:33:31
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limaojlu

金虫 (正式写手)
★
zzy870720z(金币+1):鼓励交流 2010-12-21 09:30:29
linda6(金币+1): 2010-12-21 11:56:09
如果你可以将MSD做出来，拟合就行了。
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9楼2010-12-21 09:06:29
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linda6

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by limaojlu at 2010-12-21 09:06:29:
如果你可以将MSD做出来，拟合就行了。

就是因为甲基萘分子全选不了，所以后面的MSD也就做不出来了，支支招吧，谢谢了！呵呵
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10楼2010-12-21 11:56:03
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linda6

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by xjw040 at 2010-12-21 18:58:35:



楼主，我刚选了一下，MATERIAL STUDIO可以的
方法如下：
1、选择甲基萘分子上的一个碳原子，右击选择Label，按ForcefieldType显示，力场为COMPASS，因而显示为c3a，
2、edit》atomSelection,出现对话框， ...

谢谢你啊，我试一下，以后有问题还请多多帮忙，
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12楼2010-12-21 19:12:37
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fu19871111

金虫 (正式写手)
★
ellsaking(金币+1):谢谢回帖交流 2010-12-22 09:42:42
linda6(金币+1): 2010-12-22 17:27:04
引用回帖:
Originally posted by linda6 at 2010-12-21 11:56:03:

就是因为甲基萘分子全选不了，所以后面的MSD也就做不出来了，支支招吧，谢谢了！呵呵

只能用鼠标手动的选了，全部甲基萘选上直接分析MSD，不用set
我以前分析CO2的时候试了很多set都不行，最后就只能这样做了

[ Last edited by fu19871111 on 2010-12-22 at 08:29 ]
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13楼2010-12-22 08:27:54
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alphawei

金虫 (小有名气)
★
ellsaking(金币+1):谢谢回帖交流~欢迎常来本版~ 2010-12-22 09:43:02
整個分子的運動是否能用特定位置的C或H表示？
例如整團分子可能受限於運動路?剑瑹o法整體移動，但是可能繞中心點轉動或振動，此一行為是否會影響MSD計算？
此外DISVOVER可以做成動畫，FORCITE是否作MD時也能如此呈現？或者追蹤分子軌跡？
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14楼2010-12-22 09:37:52
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fu19871111

金虫 (正式写手)
★
gzqdyouxia(金币+1):谢谢交流 2010-12-24 11:01:33
引用回帖:
Originally posted by xjw040 at 2010-12-21 18:58:35:



楼主，我刚选了一下，MATERIAL STUDIO可以的
方法如下：
1、选择甲基萘分子上的一个碳原子，右击选择Label，按ForcefieldType显示，力场为COMPASS，因而显示为c3a，
2、edit》atomSelection,出现对话框， ...

这样选的话跟选取整个原子来分析MSD是有区别的 ，我试过
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15楼2010-12-24 09:21:17
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xjw040

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by fu19871111 at 2010-12-24 09:21:17:

这样选的话跟选取整个原子来分析MSD是有区别的 ，我试过

"整个原子"是指哪些？
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16楼2010-12-24 12:43:59
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fu19871111

金虫 (正式写手)
★
sunyang1988(金币+1):谢谢交流 2010-12-25 09:31:20
引用回帖:
Originally posted by xjw040 at 2010-12-24 12:43:59:


"整个原子"是指哪些？

就是像CO2这样的原则就是两个氧和一个碳
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17楼2010-12-24 13:12:47
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xjw040

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by fu19871111 at 2010-12-24 13:12:47:

就是像CO2这样的原则就是两个氧和一个碳

”全部甲基萘选上直接分析MSD“不知如何直接分析啊？
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18楼2010-12-25 08:26:33
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fu19871111

金虫 (正式写手)
★
sunyang1988(金币+1):谢谢交流 2010-12-25 18:10:24
引用回帖:
Originally posted by xjw040 at 2010-12-25 08:26:33:


”全部甲基萘选上直接分析MSD“不知如何直接分析啊？

就是用鼠标选啊  选上了不就是黄色的嘛   然后就分析MSD就可以
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19楼2010-12-25 17:55:05
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xjw040

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by fu19871111 at 2010-12-25 17:55:05:

就是用鼠标选啊  选上了不就是黄色的嘛   然后就分析MSD就可以

哦，这个还没试过。
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20楼2010-12-27 15:39:06
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)
扩散系数怎么算呢？分子模拟中怎么提供这个信息？
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21楼2010-12-27 18:24:03
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linda6

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by cenwanglai at 2010-12-27 18:24:03:
扩散系数怎么算呢？分子模拟中怎么提供这个信息？

扩散系数在discover里面的analysis中 ，构建好分子，优化完了用Amorphous Cell 构建晶胞，在discover里进行能量最小化和分子动力学来进行结构优化，再在analysis里分析一下
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22楼2010-12-27 21:58:07
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