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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】关于分子动力学模拟疑惑
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crispsoft

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】关于分子动力学模拟疑惑 已有6人参与

各位同学，我最近刚接触MDS，有几个问题一直没搞清
（1）是应该先空载蛋白进行分子动力学模拟优化好蛋白后对接一个配体再进行分子动力学模拟呢，还是直接把分子对接到蛋白上直接做分子动力学？（该蛋白的pdb文件可以下载）
（2）如果对接位点是根据有关文献推测而不是通过软件搜索的，在写文章时是否需要进一步用其他方法证明位点的可靠性？

请指教，谢谢大家
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1楼 2011-03-02 12:45:18
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xiaowuxian

新虫 (初入文坛)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by crispsoft at 2011-03-02 12:45:18:
各位同学，我最近刚接触MDS，有几个问题一直没搞清
（1）是应该先空载蛋白进行分子动力学模拟优化好蛋白后对接一个配体再进行分子动力学模拟呢，还是直接把分子对接到蛋白上直接做分子动力学？（该蛋白的pdb文件 ...

你应该知道他的接点后才进行对接，这种对接叫刚性对接，如果不知道结合位点的话就需要进行柔性对接了
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2楼2011-03-05 10:20:46
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-03-07 15:51:25
引用回帖:
Originally posted by xiaowuxian at 2011-03-05 10:20:46:
你应该知道他的接点后才进行对接，这种对接叫刚性对接，如果不知道结合位点的话就需要进行柔性对接了

我对你的见解不敢苟同，刚性对接和柔性对接只是对蛋白质的处理方法不同而已，如果活性位点周围的残基设置为可移动，就是所谓的柔性对接了，不知道结合位点的叫blind docking，而不是柔性对接，如果说的不对，请指正
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3楼2011-03-05 22:58:34
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+4): 谢谢老汉的指教，我一直把配体的柔性当成理所当然的了~哈哈~ 2011-03-06 22:28:52
俺最早看到的柔性对接，是指配体小分子在对接姿态/构象上可以变化，而大分子不动。
后来，大分子也可以柔性了，例如，您可以指定2-4个残基，可以在对接过程中有构象变化。
再后来，俺就不知道咯，俺的硬盘坏了......
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4楼2011-03-06 09:08:30
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crispsoft

金虫 (小有名气)
zh1987hs:编辑内容 2011-03-06 22:31
引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2011-03-05 22:58:34:
我对你的见解不敢苟同，刚性对接和柔性对接只是对蛋白质的处理方法不同而已，如果活性位点周围的残基设置为可移动，就是所谓的柔性对接了，不知道结合位点的叫blind docking，而不是柔性对接，如果说的不对，请 ...

请问在动力学模拟中，如果不事先把配体和受体对接，是否有可能只是把两个分子放一起，看看动力学过程如何进行呢？
据说在很早的时候，分子动力学模拟本身就是作为一种对接的方法而存在的，在模拟前将小分子放到活性位点附近，再施以长时间的模拟，考察配体和受体的结合状况。但是我在实际操作中。一般都是先对接后模拟的~

[ Last edited by zh1987hs on 2011-3-6 at 22:31 ]
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5楼2011-03-06 22:19:21
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lovedi

银虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
jiaoyixiong(金币+3): 鼓励交流 2012-02-16 00:19:48
引用回帖:
1楼: Originally posted by crispsoft at 2011-03-02 12:45:18:
各位同学，我最近刚接触MDS，有几个问题一直没搞清
（1）是应该先空载蛋白进行分子动力学模拟优化好蛋白后对接一个配体再进行分子动力学模拟呢，还是直接把分子对接到蛋白上直接做分子动力学？（该蛋白的pdb文件 ...

第一个问题还没回答呢？
我觉得取决于你蛋白的稳定性了，
1）如果你的蛋白螺旋比较多很稳定，可以先动力学优化之后再对接，进而动力学模拟，
2）如果loop比较多，在对接前进行动力学模拟很容易影响对接结果，所以这种情况下建议先分子对接再动力学模拟。
欢迎批评指正
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6楼2012-02-15 21:32:24
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29050801

新虫 (小有名气)
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7楼2013-09-18 20:33:51
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