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1楼 2010-07-01 17:20:32

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老虎大王

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lei0736(金币+1):谢谢 2010-07-01 22:39:07
baoer3808(金币+1): 2010-07-02 09:04:39

可以，但较困难。相对之下大体上拉曼更难，红外稍易。

2楼2010-07-01 21:55:02

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老虎大王

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lei0736(金币+2):谢谢 2010-07-01 22:39:13
baoer3808(金币+1): 2010-07-02 09:04:45

如果只是简单地计算振动谱，那相对来说倒是更容易一些。

3楼2010-07-01 21:55:58

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baoer3808

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Originally posted by 老虎大王 at 2010-07-01 21:55:58:
如果只是简单地计算振动谱，那相对来说倒是更容易一些。

老虎大王能不能再具体说一下，如果计算振动谱的方法有哪些？

4楼2010-07-02 10:24:42

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baoer3808

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Originally posted by 老虎大王 at 2010-07-01 21:55:58:
如果只是简单地计算振动谱，那相对来说倒是更容易一些。

除了能用自相关函数来求，还有没有其他的方法？

5楼2010-07-02 10:25:43

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老虎大王

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ghcacj(金币+4):谢谢 2010-07-02 14:54:12

MD计算振动谱，基本上就是自相关函数方法，然后傅氏变换。这是时域到频域变换的基本方法。这里面主要就是如何构造自相关函数。比如速度自相关，键长（键角）自相关等，它们都包含一定的物理意义。

另外可以考虑分子静态构型分析，构造G矩阵。参考Wilson的名著《分子振动－红外和拉曼振动光谱理论》

6楼2010-07-02 14:49:52

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baoer3808

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Originally posted by 老虎大王 at 2010-07-02 14:49:52:
MD计算振动谱，基本上就是自相关函数方法，然后傅氏变换。这是时域到频域变换的基本方法。这里面主要就是如何构造自相关函数。比如速度自相关，键长（键角）自相关等，它们都包含一定的物理意义。

另外可以考虑 ...

谢谢，我找找看，我觉得红外是由分子的偶极矩变化引起的，拉曼是由极化率引起的，看了wilson在JCP上发表的关于双原子分子的两篇文献，对他所做的从轨迹文件中得出偶极矩和极化率一直困惑，不知道他是怎么做出来的···

7楼2010-07-02 20:10:36

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老虎大王

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lei0736(金币+2):谢谢 2010-07-02 22:58:17

偶极矩是容易的，因为知道点电荷。极化率相对困难不，但也不是得不出来。

8楼2010-07-02 20:18:29

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guohui_Hao

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Originally posted by 老虎大王 at 2010-07-02 20:18:29:
偶极矩是容易的，因为知道点电荷。极化率相对困难不，但也不是得不出来。

我也计算红外光谱利用Dmol 模块
得到分子在某状态下各个原子沿X Y Z 轴的受力和原子电荷，怎样计算此状态下分子的偶极矩在X Y Z 的分量呢？

以水为例  我计算得到 H电荷0.331 O 为-0.662

某状态下  各个原子样X Y Z forces （来于.HESSWK）
                              X                      Y                            Z
   H             0.002092607       0.000000000       -0.001295841
O             -0.001924426       0.000000000       0.000963982
   H             -0.000168181       0.000000000       0.000331859
偶极矩    0.000803486       0.000000000       -0.823618356

不知道第四行的偶极矩是怎么算呢

9楼2010-12-28 08:46:22

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老虎大王

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zh1987hs(金币+1):谢谢 2010-12-28 22:48:17

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Originally posted by guohui_Hao at 2010-12-28 08:46:22:

我也计算红外光谱利用Dmol 模块
得到分子在某状态下各个原子沿X Y Z 轴的受力和原子电荷，怎样计算此状态下分子的偶极矩在X Y Z 的分量呢？

以水为例我计算得到 H电荷0.331 O 为-0.662

某状态 ...

Dmol我没有研究过，不知道它的具体实现方法。但是偶极矩，你查查它的定义就知道了，这个没有什么难算的。