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clwg

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[交流] 【求助】用charmm软件做分子动力学模拟是出现问题请指教已有1人参与

我利用从pdb数据库中下载的pdb文件做分子动力学模拟时，在准备阶段会出现
**** ERROR in GENIC ***** Residue 'HIS ' was not found.
请指教

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 13:26 ]

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1楼 2009-10-28 08:43:07

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flypig1103

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★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢鼓励新人 10-29 11:31

charmm不识别HiS 要改为HSD或者HSE，看一下manual吧

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2楼2009-10-29 09:56:53

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clwg

金虫 (小有名气)

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引用回帖:

Originally posted by flypig1103 at 2009-10-29 09:56:
charmm不识别HiS 要改为HSD或者HSE，看一下manual吧

但是在我改过之后也不能使用啊
为什么我锁下载的与他们提供的不一样啊pdb文件见下：
下载的
REMARK 800 SITE_IDENTIFIER: RGD
REMARK 800 EVIDENCE_CODE: UNKNOWN
REMARK 800 SITE_DESCRIPTION: NULL
REMARK 800 SITE_IDENTIFIER: AC1
REMARK 800 EVIDENCE_CODE: SOFTWARE
REMARK 800 SITE_DESCRIPTION: BINDING SITE FOR RESIDUE NH2 A 50
ATOM    1  N GLU A 1 13.647  10.348 7.196  1.00  0.00          N
ATOM    2  CA  GLU A 1 13.574  10.057 5.749  1.00  0.00          C
ATOM    3  C GLU A 1    12.239  10.526 5.145  1.00  0.00          C
ATOM    4  OT1 GLU A 1 11.212  10.543 5.825  1.00  0.00       O
ATOM    5  CB  GLU A 1    13.822 8.558 5.487  1.00  0.00          C
ATOM    6  CG  GLU A 1    13.929 8.214 3.991  1.00  0.00          C
ATOM    7  CD  GLU A 1    14.332 6.755 3.772  1.00  0.00          C
ATOM    8  OE1 GLU A 1    13.410 5.913 3.684  1.00  0.00       O
ATOM    9  OE2 GLU A 1    15.555 6.504 3.700  1.00  0.00          O
ATOM    10  H1  GLU A 1    12.908 9.853 7.675  1.00  0.00       H
ATOM    11  H2  GLU A 1    13.541  11.341 7.349  1.00  0.00       H
ATOM    12  H3  GLU A 1    14.541  10.046 7.556  1.00  0.00       H
ATOM    13  HA  GLU A 1    14.388  10.622 5.290  1.00  0.00       H
提供的
REMARK  ECHESTATIN  STRUCTURE WITH HYDROGENS
REMARK DATE:    6/22/99    21:49:21    CREATED BY USER: stote
ATOM    1  N GLU    1    16.527  14.927 0.908  0.00  1.00    PROT
ATOM    2  HT1 GLU    1    17.161  14.307 1.390  0.00  1.00    PROT
ATOM    3  HT2 GLU    1    16.101  15.556 1.574  0.00  1.00    PROT
ATOM    4  HT3 GLU    1    17.039  15.461 0.220  0.00  1.00    PROT
ATOM    5  CA  GLU    1    15.482  14.125 0.235  0.00  1.00    PROT
ATOM    6  HA  GLU    1    14.836  14.842  -0.275  0.00  1.00    PROT
ATOM    7  CB  GLU    1    16.126  13.215  -0.831  0.00  1.00    PROT
ATOM    8  HB1 GLU    1    16.774  13.836  -1.455  0.00  1.00    PROT
这里最重要的是数据就不一样，我是按照他所提供code下的。

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3楼2009-10-30 07:19:15

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