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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】用charmm软件做分子动力学模拟是出现问题请指教
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clwg

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】用charmm软件做分子动力学模拟是出现问题请指教 已有1人参与

我利用从pdb数据库中下载的pdb文件做分子动力学模拟时，在准备阶段会出现
**** ERROR in GENIC ***** Residue 'HIS   ' was not found.
请指教

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 13:26 ]
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1楼 2009-10-28 08:43:07
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flypig1103

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 鼓励新人 10-29 11:31
charmm不识别HiS 要改为HSD或者HSE，看一下manual吧
赞一下(11人) 回复此楼
2楼2009-10-29 09:56:53
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flypig1103

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 10-30 11:22
仔细看一下 一个是加氢的，下载的是原始的pdb，你需要做相应的修改 被charmm识别，然后初始的set up 加氢就可以了
赞一下(11人) 回复此楼
4楼2009-10-30 11:19:54
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