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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】用charmm软件做分子动力学模拟是出现问题请指教
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clwg

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】用charmm软件做分子动力学模拟是出现问题请指教 已有1人参与

我利用从pdb数据库中下载的pdb文件做分子动力学模拟时，在准备阶段会出现
**** ERROR in GENIC ***** Residue 'HIS   ' was not found.
请指教

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 13:26 ]
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1楼 2009-10-28 08:43:07
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flypig1103

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 鼓励新人 10-29 11:31
charmm不识别HiS 要改为HSD或者HSE，看一下manual吧
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2楼2009-10-29 09:56:53
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clwg

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by flypig1103 at 2009-10-29 09:56:
charmm不识别HiS 要改为HSD或者HSE，看一下manual吧

但是在我改过之后也不能使用啊
为什么我锁下载的与他们提供的不一样啊pdb文件见下：
下载的
REMARK 800 SITE_IDENTIFIER: RGD                                                
REMARK 800 EVIDENCE_CODE: UNKNOWN                                               
REMARK 800 SITE_DESCRIPTION: NULL                                               
REMARK 800 SITE_IDENTIFIER: AC1                                                
REMARK 800 EVIDENCE_CODE: SOFTWARE                                             
REMARK 800 SITE_DESCRIPTION: BINDING SITE FOR RESIDUE NH2 A 50                                                                                                
ATOM      1  N   GLU A   1    13.647  10.348   7.196  1.00  0.00           N  
ATOM      2  CA  GLU A   1    13.574  10.057   5.749  1.00  0.00           C  
ATOM      3  C   GLU A   1     12.239  10.526   5.145  1.00  0.00           C  
ATOM      4  OT1 GLU A   1    11.212  10.543   5.825  1.00  0.00          O  
ATOM      5  CB  GLU A   1     13.822   8.558   5.487  1.00  0.00           C  
ATOM      6  CG  GLU A   1      13.929   8.214   3.991  1.00  0.00           C  
ATOM      7  CD  GLU A   1      14.332   6.755   3.772  1.00  0.00           C  
ATOM      8  OE1 GLU A   1      13.410   5.913   3.684  1.00  0.00         O  
ATOM      9  OE2 GLU A   1      15.555   6.504   3.700  1.00  0.00           O  
ATOM     10  H1  GLU A   1      12.908   9.853   7.675  1.00  0.00          H  
ATOM     11  H2  GLU A   1      13.541  11.341   7.349  1.00  0.00         H  
ATOM     12  H3  GLU A   1      14.541  10.046   7.556  1.00  0.00         H  
ATOM     13  HA  GLU A   1      14.388  10.622   5.290  1.00  0.00         H  
提供的
REMARK  ECHESTATIN  STRUCTURE WITH HYDROGENS                                          
REMARK   DATE:     6/22/99     21:49:21      CREATED BY USER: stote                  
ATOM      1  N   GLU     1      16.527  14.927   0.908  0.00  1.00      PROT
ATOM      2  HT1 GLU     1      17.161  14.307   1.390  0.00  1.00      PROT
ATOM      3  HT2 GLU     1      16.101  15.556   1.574  0.00  1.00      PROT
ATOM      4  HT3 GLU     1      17.039  15.461   0.220  0.00  1.00      PROT
ATOM      5  CA  GLU     1      15.482  14.125   0.235  0.00  1.00      PROT
ATOM      6  HA  GLU     1      14.836  14.842  -0.275  0.00  1.00      PROT
ATOM      7  CB  GLU     1      16.126  13.215  -0.831  0.00  1.00      PROT
ATOM      8  HB1 GLU     1      16.774  13.836  -1.455  0.00  1.00      PROT
这里最重要的是数据就不一样，我是按照他所提供code下的。
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3楼2009-10-30 07:19:15
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flypig1103

★ ★ ★
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lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 10-30 11:22
仔细看一下 一个是加氢的，下载的是原始的pdb，你需要做相应的修改 被charmm识别，然后初始的set up 加氢就可以了
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4楼2009-10-30 11:19:54
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niubilitier

金虫 (著名写手)

咨询CHARMM软件

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
我最近也想用这个软件，请问你是哪个地方的
多谢
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PursuewhatIEnjoy...
5楼2011-03-24 15:59:44
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