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【求助】用charmm软件做分子动力学模拟是出现问题请指教 已有1人参与
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我利用从pdb数据库中下载的pdb文件做分子动力学模拟时，在准备阶段会出现 **** ERROR in GENIC ***** Residue 'HIS ' was not found. 请指教 [ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 13:26 ] |
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2楼2009-10-29 09:56:53
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但是在我改过之后也不能使用啊 为什么我锁下载的与他们提供的不一样啊pdb文件见下： 下载的 REMARK 800 SITE_IDENTIFIER: RGD REMARK 800 EVIDENCE_CODE: UNKNOWN REMARK 800 SITE_DESCRIPTION: NULL REMARK 800 SITE_IDENTIFIER: AC1 REMARK 800 EVIDENCE_CODE: SOFTWARE REMARK 800 SITE_DESCRIPTION: BINDING SITE FOR RESIDUE NH2 A 50 ATOM 1 N GLU A 1 13.647 10.348 7.196 1.00 0.00 N ATOM 2 CA GLU A 1 13.574 10.057 5.749 1.00 0.00 C ATOM 3 C GLU A 1 12.239 10.526 5.145 1.00 0.00 C ATOM 4 OT1 GLU A 1 11.212 10.543 5.825 1.00 0.00 O ATOM 5 CB GLU A 1 13.822 8.558 5.487 1.00 0.00 C ATOM 6 CG GLU A 1 13.929 8.214 3.991 1.00 0.00 C ATOM 7 CD GLU A 1 14.332 6.755 3.772 1.00 0.00 C ATOM 8 OE1 GLU A 1 13.410 5.913 3.684 1.00 0.00 O ATOM 9 OE2 GLU A 1 15.555 6.504 3.700 1.00 0.00 O ATOM 10 H1 GLU A 1 12.908 9.853 7.675 1.00 0.00 H ATOM 11 H2 GLU A 1 13.541 11.341 7.349 1.00 0.00 H ATOM 12 H3 GLU A 1 14.541 10.046 7.556 1.00 0.00 H ATOM 13 HA GLU A 1 14.388 10.622 5.290 1.00 0.00 H 提供的 REMARK ECHESTATIN STRUCTURE WITH HYDROGENS REMARK DATE: 6/22/99 21:49:21 CREATED BY USER: stote ATOM 1 N GLU 1 16.527 14.927 0.908 0.00 1.00 PROT ATOM 2 HT1 GLU 1 17.161 14.307 1.390 0.00 1.00 PROT ATOM 3 HT2 GLU 1 16.101 15.556 1.574 0.00 1.00 PROT ATOM 4 HT3 GLU 1 17.039 15.461 0.220 0.00 1.00 PROT ATOM 5 CA GLU 1 15.482 14.125 0.235 0.00 1.00 PROT ATOM 6 HA GLU 1 14.836 14.842 -0.275 0.00 1.00 PROT ATOM 7 CB GLU 1 16.126 13.215 -0.831 0.00 1.00 PROT ATOM 8 HB1 GLU 1 16.774 13.836 -1.455 0.00 1.00 PROT 这里最重要的是数据就不一样，我是按照他所提供code下的。 |
3楼2009-10-30 07:19:15
4楼2009-10-30 11:19:54
niubilitier
金虫 (著名写手)
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5楼2011-03-24 15:59:44
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