24小时热门版块排行榜

返回列表

clwg

金虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 502.7
散金: 65
帖子: 163
在线: 35小时
虫号: 743303
注册: 2009-04-08

[交流] 【求助】用charmm软件做分子动力学模拟是出现问题请指教已有1人参与

我利用从pdb数据库中下载的pdb文件做分子动力学模拟时，在准备阶段会出现
**** ERROR in GENIC ***** Residue 'HIS ' was not found.
请指教

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 13:26 ]

回复此楼

» 猜你喜欢

上海工程技术大学【激光智能制造】课题组招收硕士已经有6人回复
带资进组求博导收留已经有11人回复
自荐读博已经有5人回复
求个博导看看已经有16人回复
上海工程技术大学张培磊教授团队招收博士生已经有4人回复
求助院士们，这个如何合成呀已经有4人回复
临港实验室与上科大联培博士招生1名已经有9人回复
写了一篇“相变储能技术在冷库中应用”的论文，论文内容以实验为主，投什么期刊合适？已经有6人回复
最近几年招的学生写论文不引自己组发的文章已经有11人回复
中科院杭州医学所招收博士生一名（生物分析化学、药物递送）已经有3人回复

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

关于第一性原理和分子动力学模拟，还有ms软件已经有9人回复
【500金币本版活动】“经验力场分子模拟+第一性原理计算问题讨论互助及资源共享” 已经有82人回复
【求助】在NAMD运行中使用CHARMM格式的力场文件，但力场参数来自AMBER力场，会出问题� 已经有4人回复
【讨论】大家好，加水后跑完分子动力学，在log中发现了问题已经有15人回复
【求助】LAMMPS、NAMD和CHARMM谁最适合生物大分子模拟？已经有8人回复
【原创】分子对接，同源模建，分子动力学软件介绍帖已经有35人回复
【求助】关于用分子动力学来做光谱的问题已经有14人回复
【求助】新手请教分子模拟问题已经有27人回复

1楼 2009-10-28 08:43:07

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

flypig1103

应助: (幼儿园)
在线:
虫号: 831750

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢鼓励新人 10-29 11:31

charmm不识别HiS 要改为HSD或者HSE，看一下manual吧

赞一下(11人)

回复此楼

2楼2009-10-29 09:56:53

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

clwg

金虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 502.7
散金: 65
帖子: 163
在线: 35小时
虫号: 743303
注册: 2009-04-08

引用回帖:

Originally posted by flypig1103 at 2009-10-29 09:56:
charmm不识别HiS 要改为HSD或者HSE，看一下manual吧

但是在我改过之后也不能使用啊
为什么我锁下载的与他们提供的不一样啊pdb文件见下：
下载的
REMARK 800 SITE_IDENTIFIER: RGD
REMARK 800 EVIDENCE_CODE: UNKNOWN
REMARK 800 SITE_DESCRIPTION: NULL
REMARK 800 SITE_IDENTIFIER: AC1
REMARK 800 EVIDENCE_CODE: SOFTWARE
REMARK 800 SITE_DESCRIPTION: BINDING SITE FOR RESIDUE NH2 A 50
ATOM    1  N GLU A 1 13.647  10.348 7.196  1.00  0.00          N
ATOM    2  CA  GLU A 1 13.574  10.057 5.749  1.00  0.00          C
ATOM    3  C GLU A 1    12.239  10.526 5.145  1.00  0.00          C
ATOM    4  OT1 GLU A 1 11.212  10.543 5.825  1.00  0.00       O
ATOM    5  CB  GLU A 1    13.822 8.558 5.487  1.00  0.00          C
ATOM    6  CG  GLU A 1    13.929 8.214 3.991  1.00  0.00          C
ATOM    7  CD  GLU A 1    14.332 6.755 3.772  1.00  0.00          C
ATOM    8  OE1 GLU A 1    13.410 5.913 3.684  1.00  0.00       O
ATOM    9  OE2 GLU A 1    15.555 6.504 3.700  1.00  0.00          O
ATOM    10  H1  GLU A 1    12.908 9.853 7.675  1.00  0.00       H
ATOM    11  H2  GLU A 1    13.541  11.341 7.349  1.00  0.00       H
ATOM    12  H3  GLU A 1    14.541  10.046 7.556  1.00  0.00       H
ATOM    13  HA  GLU A 1    14.388  10.622 5.290  1.00  0.00       H
提供的
REMARK  ECHESTATIN  STRUCTURE WITH HYDROGENS
REMARK DATE:    6/22/99    21:49:21    CREATED BY USER: stote
ATOM    1  N GLU    1    16.527  14.927 0.908  0.00  1.00    PROT
ATOM    2  HT1 GLU    1    17.161  14.307 1.390  0.00  1.00    PROT
ATOM    3  HT2 GLU    1    16.101  15.556 1.574  0.00  1.00    PROT
ATOM    4  HT3 GLU    1    17.039  15.461 0.220  0.00  1.00    PROT
ATOM    5  CA  GLU    1    15.482  14.125 0.235  0.00  1.00    PROT
ATOM    6  HA  GLU    1    14.836  14.842  -0.275  0.00  1.00    PROT
ATOM    7  CB  GLU    1    16.126  13.215  -0.831  0.00  1.00    PROT
ATOM    8  HB1 GLU    1    16.774  13.836  -1.455  0.00  1.00    PROT
这里最重要的是数据就不一样，我是按照他所提供code下的。

赞一下

回复此楼

3楼2009-10-30 07:19:15

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖