[交流] 【求助】关于用分子动力学来做光谱的问题已有2人参与

» 猜你喜欢

offer选择已经有10人回复
请问有知道博士后面上专家评审什么时候结束的么？已经有6人回复
论文被硕导卡已经有6人回复
三颈瓶加热已经有5人回复
请问三个字的中文名字，在文中到底怎么表示？已经有7人回复
高校辞职，要求赔偿，这到底合不合理已经有36人回复
博后面上今天下午会公布吗？大家有无消息？已经有14人回复
为何全世界都用JCR分区，咱们要弄个中科院分区？意义何在？已经有3人回复
我在写关于多维空间的论文，希望能与大家交流，准备在science上发表已经有11人回复
脱酯基合成步骤已经有8人回复

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

分子动力学模拟长程库仑势的处理问题已经有8人回复
分子模拟时间越长越好吗？已经有44人回复
【讨论】关于汽液两相分子动力学模拟中粒子在汽液两相盒子交换的编程问题已经有3人回复
【讨论】大家好，加水后跑完分子动力学，在log中发现了问题已经有15人回复
【求助】分子动力学模拟尺度问题？已经有11人回复
【求助】用charmm软件做分子动力学模拟是出现问题请指教已经有4人回复

1楼2010-07-01 17:20:32

老虎大王

木虫 (著名写手)

模拟EPI: 17
应助: 26 (小学生)
贵宾: 0.17
金币: 4774.1
散金: 8
红花: 42
帖子: 1361
在线: 215.2小时
虫号: 659094
注册: 2008-11-21
专业: 金属结构材料

★
lei0736(金币+1):谢谢 2010-07-01 22:39:07
baoer3808(金币+1): 2010-07-02 09:04:39

可以，但较困难。相对之下大体上拉曼更难，红外稍易。

2楼2010-07-01 21:55:02

老虎大王

木虫 (著名写手)

模拟EPI: 17
应助: 26 (小学生)
贵宾: 0.17
金币: 4774.1
散金: 8
红花: 42
帖子: 1361
在线: 215.2小时
虫号: 659094
注册: 2008-11-21
专业: 金属结构材料

★ ★
lei0736(金币+2):谢谢 2010-07-01 22:39:13
baoer3808(金币+1): 2010-07-02 09:04:45

如果只是简单地计算振动谱，那相对来说倒是更容易一些。

3楼2010-07-01 21:55:58

baoer3808

银虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 613.6
散金: 15
帖子: 172
在线: 17.4小时
虫号: 725583
注册: 2009-03-18
专业: 凝聚态物性I:结构、力学和

引用回帖:

Originally posted by 老虎大王 at 2010-07-01 21:55:58:
如果只是简单地计算振动谱，那相对来说倒是更容易一些。

老虎大王能不能再具体说一下，如果计算振动谱的方法有哪些？

4楼2010-07-02 10:24:42

baoer3808

银虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 613.6
散金: 15
帖子: 172
在线: 17.4小时
虫号: 725583
注册: 2009-03-18
专业: 凝聚态物性I:结构、力学和

引用回帖:

Originally posted by 老虎大王 at 2010-07-01 21:55:58:
如果只是简单地计算振动谱，那相对来说倒是更容易一些。

除了能用自相关函数来求，还有没有其他的方法？

5楼2010-07-02 10:25:43

老虎大王

木虫 (著名写手)

模拟EPI: 17
应助: 26 (小学生)
贵宾: 0.17
金币: 4774.1
散金: 8
红花: 42
帖子: 1361
在线: 215.2小时
虫号: 659094
注册: 2008-11-21
专业: 金属结构材料

★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+4):谢谢 2010-07-02 14:54:12

MD计算振动谱，基本上就是自相关函数方法，然后傅氏变换。这是时域到频域变换的基本方法。这里面主要就是如何构造自相关函数。比如速度自相关，键长（键角）自相关等，它们都包含一定的物理意义。

另外可以考虑分子静态构型分析，构造G矩阵。参考Wilson的名著《分子振动－红外和拉曼振动光谱理论》

6楼2010-07-02 14:49:52

baoer3808

银虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 613.6
散金: 15
帖子: 172
在线: 17.4小时
虫号: 725583
注册: 2009-03-18
专业: 凝聚态物性I:结构、力学和

引用回帖:

Originally posted by 老虎大王 at 2010-07-02 14:49:52:
MD计算振动谱，基本上就是自相关函数方法，然后傅氏变换。这是时域到频域变换的基本方法。这里面主要就是如何构造自相关函数。比如速度自相关，键长（键角）自相关等，它们都包含一定的物理意义。

另外可以考虑 ...

谢谢，我找找看，我觉得红外是由分子的偶极矩变化引起的，拉曼是由极化率引起的，看了wilson在JCP上发表的关于双原子分子的两篇文献，对他所做的从轨迹文件中得出偶极矩和极化率一直困惑，不知道他是怎么做出来的···

7楼2010-07-02 20:10:36

老虎大王

木虫 (著名写手)

模拟EPI: 17
应助: 26 (小学生)
贵宾: 0.17
金币: 4774.1
散金: 8
红花: 42
帖子: 1361
在线: 215.2小时
虫号: 659094
注册: 2008-11-21
专业: 金属结构材料

★ ★
lei0736(金币+2):谢谢 2010-07-02 22:58:17

偶极矩是容易的，因为知道点电荷。极化率相对困难不，但也不是得不出来。

8楼2010-07-02 20:18:29

guohui_Hao

银虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 69.4
散金: 356
帖子: 181
在线: 73.7小时
虫号: 1148900
注册: 2010-11-17
专业: 光谱技术

引用回帖:

Originally posted by 老虎大王 at 2010-07-02 20:18:29:
偶极矩是容易的，因为知道点电荷。极化率相对困难不，但也不是得不出来。

我也计算红外光谱利用Dmol 模块
得到分子在某状态下各个原子沿X Y Z 轴的受力和原子电荷，怎样计算此状态下分子的偶极矩在X Y Z 的分量呢？

以水为例  我计算得到 H电荷0.331 O 为-0.662

某状态下  各个原子样X Y Z forces （来于.HESSWK）
                              X                      Y                            Z
   H             0.002092607       0.000000000       -0.001295841
O             -0.001924426       0.000000000       0.000963982
   H             -0.000168181       0.000000000       0.000331859
偶极矩    0.000803486       0.000000000       -0.823618356

不知道第四行的偶极矩是怎么算呢

9楼2010-12-28 08:46:22

老虎大王

木虫 (著名写手)

模拟EPI: 17
应助: 26 (小学生)
贵宾: 0.17
金币: 4774.1
散金: 8
红花: 42
帖子: 1361
在线: 215.2小时
虫号: 659094
注册: 2008-11-21
专业: 金属结构材料

★
zh1987hs(金币+1):谢谢 2010-12-28 22:48:17

引用回帖:

Originally posted by guohui_Hao at 2010-12-28 08:46:22:

我也计算红外光谱利用Dmol 模块
得到分子在某状态下各个原子沿X Y Z 轴的受力和原子电荷，怎样计算此状态下分子的偶极矩在X Y Z 的分量呢？

以水为例我计算得到 H电荷0.331 O 为-0.662

某状态 ...

Dmol我没有研究过，不知道它的具体实现方法。但是偶极矩，你查查它的定义就知道了，这个没有什么难算的。

10楼2010-12-28 09:25:04