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baoer3808

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】关于用分子动力学来做光谱的问题 已有2人参与

用分子动力学可以做晶体氧化物的红外和拉曼光谱吗?请大家给与指点,谢谢
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老虎大王

木虫 (著名写手)


lei0736(金币+1):谢谢 2010-07-01 22:39:07
baoer3808(金币+1): 2010-07-02 09:04:39
可以,但较困难。相对之下大体上拉曼更难,红外稍易。
2楼2010-07-01 21:55:02
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老虎大王

木虫 (著名写手)

★ ★
lei0736(金币+2):谢谢 2010-07-01 22:39:13
baoer3808(金币+1): 2010-07-02 09:04:45
如果只是简单地计算振动谱,那相对来说倒是更容易一些。
3楼2010-07-01 21:55:58
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baoer3808

银虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2010-07-01 21:55:58:
如果只是简单地计算振动谱,那相对来说倒是更容易一些。

老虎大王能不能再具体说一下,如果计算振动谱的方法有哪些?
4楼2010-07-02 10:24:42
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baoer3808

银虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2010-07-01 21:55:58:
如果只是简单地计算振动谱,那相对来说倒是更容易一些。

除了能用自相关函数来求,还有没有其他的方法?
5楼2010-07-02 10:25:43
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老虎大王

木虫 (著名写手)

★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+4):谢谢 2010-07-02 14:54:12
MD计算振动谱,基本上就是自相关函数方法,然后傅氏变换。这是时域到频域变换的基本方法。这里面主要就是如何构造自相关函数。比如速度自相关,键长(键角)自相关等,它们都包含一定的物理意义。

另外可以考虑分子静态构型分析,构造G矩阵。参考Wilson的名著《分子振动-红外和拉曼振动光谱理论》
6楼2010-07-02 14:49:52
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baoer3808

银虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2010-07-02 14:49:52:
MD计算振动谱,基本上就是自相关函数方法,然后傅氏变换。这是时域到频域变换的基本方法。这里面主要就是如何构造自相关函数。比如速度自相关,键长(键角)自相关等,它们都包含一定的物理意义。

另外可以考虑 ...

谢谢,我找找看,我觉得红外是由分子的偶极矩变化引起的,拉曼是由极化率引起的,看了wilson在JCP上发表的关于双原子分子的两篇文献,对他所做的从轨迹文件中得出偶极矩和极化率一直困惑,不知道他是怎么做出来的···
7楼2010-07-02 20:10:36
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老虎大王

木虫 (著名写手)

★ ★
lei0736(金币+2):谢谢 2010-07-02 22:58:17
偶极矩是容易的,因为知道点电荷。极化率相对困难不,但也不是得不出来。
8楼2010-07-02 20:18:29
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guohui_Hao

银虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2010-07-02 20:18:29:
偶极矩是容易的,因为知道点电荷。极化率相对困难不,但也不是得不出来。

我也计算红外光谱 利用Dmol 模块
得到分子在某状态下 各个原子沿X Y Z 轴的受力和 原子电荷,怎样计算此状态下分子的偶极矩 在X Y Z 的分量呢?

以水为例  我计算得到 H电荷0.331   O 为-0.662

某状态下  各个原子样X Y Z forces (来于.HESSWK)
                                 X                        Y                             Z
     H              0.002092607         0.000000000        -0.001295841
    O               -0.001924426         0.000000000        0.000963982
     H               -0.000168181         0.000000000        0.000331859
    偶极矩       0.000803486         0.000000000        -0.823618356

不知道第四行的偶极矩是怎么算呢
9楼2010-12-28 08:46:22
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老虎大王

木虫 (著名写手)


zh1987hs(金币+1):谢谢 2010-12-28 22:48:17
引用回帖:
Originally posted by guohui_Hao at 2010-12-28 08:46:22:


我也计算红外光谱 利用Dmol 模块
得到分子在某状态下 各个原子沿X Y Z 轴的受力和 原子电荷,怎样计算此状态下分子的偶极矩 在X Y Z 的分量呢?

以水为例  我计算得到 H电荷0.331   O 为-0.662

某状态 ...

Dmol我没有研究过,不知道它的具体实现方法。但是偶极矩,你查查它的定义就知道了,这个没有什么难算的。
10楼2010-12-28 09:25:04
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