应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】关于分子动力学模拟疑惑
71/1返回列表
查看: 2447  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

crispsoft

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】关于分子动力学模拟疑惑 已有6人参与

各位同学，我最近刚接触MDS，有几个问题一直没搞清
（1）是应该先空载蛋白进行分子动力学模拟优化好蛋白后对接一个配体再进行分子动力学模拟呢，还是直接把分子对接到蛋白上直接做分子动力学？（该蛋白的pdb文件可以下载）
（2）如果对接位点是根据有关文献推测而不是通过软件搜索的，在写文章时是否需要进一步用其他方法证明位点的可靠性？

请指教，谢谢大家
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

分子模拟

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2011-03-02 12:45:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiaowuxian

新虫 (初入文坛)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by crispsoft at 2011-03-02 12:45:18:
各位同学，我最近刚接触MDS，有几个问题一直没搞清
（1）是应该先空载蛋白进行分子动力学模拟优化好蛋白后对接一个配体再进行分子动力学模拟呢，还是直接把分子对接到蛋白上直接做分子动力学？（该蛋白的pdb文件 ...

你应该知道他的接点后才进行对接，这种对接叫刚性对接，如果不知道结合位点的话就需要进行柔性对接了
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2011-03-05 10:20:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-03-07 15:51:25
引用回帖:
Originally posted by xiaowuxian at 2011-03-05 10:20:46:
你应该知道他的接点后才进行对接，这种对接叫刚性对接，如果不知道结合位点的话就需要进行柔性对接了

我对你的见解不敢苟同，刚性对接和柔性对接只是对蛋白质的处理方法不同而已，如果活性位点周围的残基设置为可移动，就是所谓的柔性对接了，不知道结合位点的叫blind docking，而不是柔性对接，如果说的不对，请指正
赞一下(2人) 回复此楼
3楼2011-03-05 22:58:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+4): 谢谢老汉的指教，我一直把配体的柔性当成理所当然的了~哈哈~ 2011-03-06 22:28:52
俺最早看到的柔性对接，是指配体小分子在对接姿态/构象上可以变化，而大分子不动。
后来，大分子也可以柔性了，例如，您可以指定2-4个残基，可以在对接过程中有构象变化。
再后来，俺就不知道咯，俺的硬盘坏了......
赞一下(2人) 回复此楼
4楼2011-03-06 09:08:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

crispsoft

金虫 (小有名气)
zh1987hs:编辑内容 2011-03-06 22:31
引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2011-03-05 22:58:34:
我对你的见解不敢苟同，刚性对接和柔性对接只是对蛋白质的处理方法不同而已，如果活性位点周围的残基设置为可移动，就是所谓的柔性对接了，不知道结合位点的叫blind docking，而不是柔性对接，如果说的不对，请 ...

请问在动力学模拟中，如果不事先把配体和受体对接，是否有可能只是把两个分子放一起，看看动力学过程如何进行呢？
据说在很早的时候，分子动力学模拟本身就是作为一种对接的方法而存在的，在模拟前将小分子放到活性位点附近，再施以长时间的模拟，考察配体和受体的结合状况。但是我在实际操作中。一般都是先对接后模拟的~

[ Last edited by zh1987hs on 2011-3-6 at 22:31 ]
赞一下 回复此楼
5楼2011-03-06 22:19:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lovedi

银虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
jiaoyixiong(金币+3): 鼓励交流 2012-02-16 00:19:48
引用回帖:
1楼: Originally posted by crispsoft at 2011-03-02 12:45:18:
各位同学，我最近刚接触MDS，有几个问题一直没搞清
（1）是应该先空载蛋白进行分子动力学模拟优化好蛋白后对接一个配体再进行分子动力学模拟呢，还是直接把分子对接到蛋白上直接做分子动力学？（该蛋白的pdb文件 ...

第一个问题还没回答呢？
我觉得取决于你蛋白的稳定性了，
1）如果你的蛋白螺旋比较多很稳定，可以先动力学优化之后再对接，进而动力学模拟，
2）如果loop比较多，在对接前进行动力学模拟很容易影响对接结果，所以这种情况下建议先分子对接再动力学模拟。
欢迎批评指正
赞一下 回复此楼
6楼2012-02-15 21:32:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

29050801

新虫 (小有名气)
围观
回复此楼
个人主页http://cnrdn.com/pXg5
7楼2013-09-18 20:33:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 crispsoft 的主题更新
71/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[教师之家] 又一批高校组建人工智能学院 师资行吗 不是骗人吗 +6 yexuqing 2026-04-19 7/350 2026-04-23 12:32 by yexuqing
[基金申请] 国自然面上和省基金B类撒花 +18 花田半亩～白 2026-04-21 18/900 2026-04-23 11:31 by 12021227
[考研] 有没有学校收留 +3 蒋昌鹏qtj 2026-04-20 3/150 2026-04-22 20:25 by 学员JpLReM
[考研] 312求调剂 +3 山河似你温柔 2026-04-22 3/150 2026-04-22 20:17 by 学员JpLReM
[论文投稿] 急需审稿人！！！ +3 陆小果画大饼 2026-04-21 3/150 2026-04-21 23:54 by jzy_123456
[考博] 申博/考博 +4 啃面包的小书虫 2026-04-17 8/400 2026-04-21 16:26 by 啃面包的小书虫
[考研] 295分求调剂 +6 ?要上岸? 2026-04-17 6/300 2026-04-21 08:18 by Equinoxhua
[考研] 085600材料与化工调剂 5+3 孜孜不倦2002 2026-04-19 6/300 2026-04-20 21:25 by babero
[论文投稿] 有没有接收比较快的sci期刊呀，最好在一个月之内的，研三孩子求毕业 20+4 之护着 2026-04-16 7/350 2026-04-20 15:45 by 豆豆7758
[考研] 337求调剂 +3 jyz04 2026-04-18 3/150 2026-04-20 12:24 by 研可安
[考博] 申博 +3 Xyyx. 2026-04-18 3/150 2026-04-20 10:44 by YuY66
[考博] 湖南大学刘巧玲课题组2026年第二批次博士研究生招生信息 +3 南风观火 2026-04-18 5/250 2026-04-20 10:13 by 南风观火
[考研] 求计算机方向调剂 +3 Toffee2 2026-04-16 6/300 2026-04-19 22:37 by ll叶
[考研] 294求调剂 +8 淡然654321 2026-04-17 9/450 2026-04-19 19:51 by Equinoxhua
[考研] 304求调剂 +8 castLight 2026-04-16 8/400 2026-04-19 17:14 by 中豫男
[考研] 求调剂 +6 苦命人。。。 2026-04-18 7/350 2026-04-19 16:27 by 中豫男
[考研] 接受任何调剂 +6 也就是栗子 2026-04-17 7/350 2026-04-18 17:20 by 涵竹刘
[考研] 260求调剂 +4 Zyt1314520.. 2026-04-17 5/250 2026-04-18 08:28 by babysonlkd
[有机交流] 二苯甲酮酸类衍生物 50+3 小白爱主人 2026-04-17 6/300 2026-04-17 18:47 by kf2781974
[考研] 322求调剂 +6 tekuzu 2026-04-17 6/300 2026-04-17 13:48 by Espannnnnol
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭