24小时热门版块排行榜    

查看: 3896  |  回复: 6
本帖产生 1 个 模拟EPI ,点击这里进行查看

skfire

金虫 (初入文坛)

[求助] DL-Poly计算的扩散系数

想请教
以 DL-Poly 计算出来的扩散系数 diffusion coefficient
与实验结果比较相差很多的情况
各位都是以什么方法修正
让模拟结果可以与实验值符合
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ghcacj

荣誉版主 (著名写手)

阿超

优秀版主

【答案】应助回帖

skfire(金币+2): 2011-05-20 16:53:47
那是你用的力场不合适吧。选择合适的力场或者对力场参数进行优化。
2楼2011-05-20 15:44:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

winterz

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
ghcacj(金币+3, 模拟EPI+1): 谢谢 2011-05-20 17:55:29
MD得到的扩散系数与实验值相差1-2个数量级都是正常的。
首先,MD所得的扩散系数叫self-diffusion coefficient,它与Fick diffusion coefficient有所不同。测量扩散系数的实验方法也有很多种,宏观实验方法如TEOM等得到的都是Fick diffusion coefficient,不能直接与MD结果比较。宏观扩散与微观扩散的比较我记得David Sholl在06年写过一篇account,很不错的,LZ可以找找。要想把MD的结果与实验直接比较,像QENS、PFG-NMR这样的方法得到的数据还是“可”比较的。
另外,由于扩散的模拟对体系初始构型很敏感,通常要进行ns级的长时间的模拟,对同一个体系往往要使用不同的初始构型独立模拟10遍以上,求取平均值及error bar。
3楼2011-05-20 16:19:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

skfire

金虫 (初入文坛)

感谢以上2位专家的指导
4楼2011-05-20 16:56:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xk6891

至尊木虫 (著名写手)

学习了
人生自古多险阻,勤者自得天酬助。试问否泰何所依,枯藤老枝待新抽。临渊踌躇终迈步,振翅鹏起云霄冲。似是前程甚堪忧,他日振臂揽苍穹。
5楼2011-10-24 20:34:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

longwei1221

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
83170楼: Originally posted by winterz at 2011-05-20 16:19:09
MD得到的扩散系数与实验值相差1-2个数量级都是正常的。
首先,MD所得的扩散系数叫self-diffusion coefficient,它与Fick diffusion coefficient有所不同。测量扩散系数的实验方法也有很多种,宏观实验方法如TEOM等 ...

请问DLPOLY计算扩散系数在输入文件里面需要用到哪里命令呀?是需要MSDTMP文件吧?可是这个文件是选择性输出的啊?我在那个output文件中仅仅找到了一个扩散系数和均方位移,可扩散系数为0,均方位移只有一个数据,无法进行扩散系数计算,请问你们是怎么做的呀?
愿得一人心,白首不相离
6楼2012-11-20 20:57:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

老和山猥琐派九段

优秀版主

★ ★ ★
月只蓝: 金币+3, 鼓励交流! 2014-04-08 18:52:09
引用回帖:
3楼: Originally posted by winterz at 2011-05-20 16:19:09
MD得到的扩散系数与实验值相差1-2个数量级都是正常的。
首先,MD所得的扩散系数叫self-diffusion coefficient,它与Fick diffusion coefficient有所不同。测量扩散系数的实验方法也有很多种,宏观实验方法如TEOM等 ...

David Sholl的account看过了,他写的是单一和双组份在规则孔道内的扩散系数计算模拟。

对于单一和混合气体组分(没有吸附剂存在的体相扩散),不同扩散系数物理意义是什么?计算方法有什么差异?请看我最近发的几个求助帖:

http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=7232351&pid=1#pid1
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=7230279&pid=1#pid1
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=7224468&pid=1#pid1
7楼2014-04-08 08:29:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 skfire 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 投票:  有多少人是今天查系统知道结果的? +15 爱看书的可乐 2026-08-26 17/850 2026-08-28 01:23 by xxniao123
[基金申请] 哪位高人中了,把查询到的截图贴出来让我看看,让我长长见识 +5 yuleib84 2026-08-26 6/300 2026-08-28 00:02 by yudaoqian88
[教师之家] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 XLGfUIdOmEAO 2026-08-27 4/200 2026-08-27 22:26 by 3RAFyYXYSwGS
[基金申请] 申请删除本帖 +6 lyz123lyz 2026-08-27 7/350 2026-08-27 17:31 by 宁静致远sy
[基金申请] 基金未中,这种答复是模板吗? +5 zhaosm1982 2026-08-27 6/300 2026-08-27 16:00 by lfy8008
[基金申请] 怎么看青基中了没有啊 +5 叶九微 2026-08-26 5/250 2026-08-27 10:35 by l_zh2008
[基金申请] 为什么 国际(地区)合作与交流项目 没有放榜? 10+3 majunge000 2026-08-26 11/550 2026-08-27 08:42 by 北京莱茵编辑
[教师之家] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 LIbGuocjEEYw 2026-08-26 4/200 2026-08-27 04:33 by Ie9AyIAvGbvs
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 LIbGuocjEEYw 2026-08-26 4/200 2026-08-27 02:01 by Ie9AyIAvGbvs
[基金申请] 系统查不到 +10 董八千 2026-08-26 10/500 2026-08-26 16:30 by Equinoxhua
[基金申请] 怎么查啊 +5 huang1991js 2026-08-26 5/250 2026-08-26 16:09 by Equinoxhua
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +9 炎黄贵胄 2026-08-22 10/500 2026-08-26 15:40 by semaglutide
[基金申请] 2026年8月25日国自然放榜前突然收到列入评审专家邮件,有关系吗? +25 木水思豆 2026-08-25 28/1400 2026-08-26 14:53 by draco1987
[基金申请] 出来了 +9 trojank 2026-08-26 9/450 2026-08-26 14:25 by 宝贝虫子
[基金申请] 国合里面能看到了 +7 一怀馨秋 2026-08-26 7/350 2026-08-26 11:23 by zhaosm1982
[基金申请] 某些机构,以效率低为荣,以效率低作为存在感 +9 yuleib84 2026-08-25 10/500 2026-08-25 17:14 by alexon
[基金申请] 没有任何消息-是不是就凉了 +9 图啦图啦 2026-08-24 10/500 2026-08-25 11:59 by 南海小哥
[基金申请] 建议基金发布提前给出明确的时间点 +13 kulium 2026-08-21 16/800 2026-08-24 16:27 by superceng
[教师之家] 跳槽后在研项目怎么办? +5 简单化xn 2026-08-22 10/500 2026-08-23 12:38 by 简单化xn
[基金申请] 应该是下周三26日公布了吧? +4 哈哈蛤? 2026-08-21 4/200 2026-08-21 10:58 by Vivilian
信息提示
请填处理意见