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winterz

木虫 (小有名气)

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【答案】应助回帖

★ ★ ★
ghcacj(金币+3, 模拟EPI+1): 谢谢 2011-05-20 17:55:29

MD得到的扩散系数与实验值相差1-2个数量级都是正常的。
首先，MD所得的扩散系数叫self-diffusion coefficient，它与Fick diffusion coefficient有所不同。测量扩散系数的实验方法也有很多种，宏观实验方法如TEOM等得到的都是Fick diffusion coefficient，不能直接与MD结果比较。宏观扩散与微观扩散的比较我记得David Sholl在06年写过一篇account，很不错的，LZ可以找找。要想把MD的结果与实验直接比较，像QENS、PFG-NMR这样的方法得到的数据还是“可”比较的。
另外，由于扩散的模拟对体系初始构型很敏感，通常要进行ns级的长时间的模拟，对同一个体系往往要使用不同的初始构型独立模拟10遍以上，求取平均值及error bar。

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3楼2011-05-20 16:19:09

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