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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 扩散系数模拟的结果比资料上的小一个数量级
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yaneehan2010

银虫 (正式写手)

[交流] 扩散系数模拟的结果比资料上的小一个数量级

如题：我用MS进行分子扩散系数模拟时，结果比在手册上查的小一个数量级，这是为啥呀？请各位给予解答呀、、
另外，想请教一下，最终出来MSD曲线，那个直线段的斜率数值单位是埃^2/ps，除以6之后，是不是要进行单位换算呀，手册上是cm^2/s。
先行谢过呀、、
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1楼 2012-07-10 22:42:13
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水晶蚂蚁

金虫 (小有名气)
★ ★
yaneehan2010(金币+1): 谢谢参与
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-07-11 08:47:11
你的扩散系数模拟MSD 曲线是取得哪一段做为斜率？不同位置，数据不一样，单位换算肯定是要换算的，过程不麻烦。而且你的扩散系数与手册有差别也是正常的，你的计算设置也影响结果的，你做的是什么系综？
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2楼2012-07-11 08:33:58
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chaizhm

木虫 (著名写手)
★
yaneehan2010(金币+1): 谢谢参与
保证单位统一以后再计算
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3楼2012-07-11 08:47:36
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yaneehan2010

银虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 水晶蚂蚁 at 2012-07-11 08:33:58
你的扩散系数模拟MSD 曲线是取得哪一段做为斜率？不同位置，数据不一样，单位换算肯定是要换算的，过程不麻烦。而且你的扩散系数与手册有差别也是正常的，你的计算设置也影响结果的，你做的是什么系综？

感谢回复呢，我先用了NPT，后来是NVE各跑了100000，MSD曲线我是取了拖尾前的那段近似直线的部分计算斜率。另外还用matlab将数据拟合了一条，这个单位换算是10^(-4)对吧。
我模拟的是298K，1atm时的情况，我建晶胞以及以后的系综时，温度都写得是298K。密度我写的是其中一种分子在298K时的密度，这样设置有什么问题么？该怎么改呢？谢谢啦
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4楼2012-07-11 10:27:55
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yaneehan2010

银虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by chaizhm at 2012-07-11 08:47:36
保证单位统一以后再计算

谢谢您的回复，我单位换算了呀，10^(-4)对吧？
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5楼2012-07-11 10:28:37
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水晶蚂蚁

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by yaneehan2010 at 2012-07-11 10:27:55
感谢回复呢，我先用了NPT，后来是NVE各跑了100000，MSD曲线我是取了拖尾前的那段近似直线的部分计算斜率。另外还用matlab将数据拟合了一条，这个单位换算是10^(-4)对吧。
我模拟的是298K，1atm时的情况，我建晶胞 ...

单位换算关系是对的，你的set up 设置中T和B 是如何设置的，运算了100000步么？那么你步长是多少，运算时间除以步长再乘以1000是步数，而且你跑完动力学，你选取的近似直线部分是多长时间内，建议中间段不同时间多取几次，然后对得到的斜率取平均值。希望对楼主有所帮助。
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6楼2012-07-11 15:59:09
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yaneehan2010

银虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 水晶蚂蚁 at 2012-07-11 15:59:09
单位换算关系是对的，你的set up 设置中T和B 是如何设置的，运算了100000步么？那么你步长是多少，运算时间除以步长再乘以1000是步数，而且你跑完动力学，你选取的近似直线部分是多长时间内，建议中间段不同时间多 ...

哪里的set up？
我的time step:1.0fs,Dynamics time:100ps,number of steps:100000.
我是直接把那段时间的都算了、、
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7楼2012-07-11 17:22:48
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gxx2012

新虫 (初入文坛)
★
yaneehan2010(金币+1): 谢谢参与
引用回帖:
7楼: Originally posted by yaneehan2010 at 2012-07-11 17:22:48
哪里的set up？
我的time step:1.0fs,Dynamics time:100ps,number of steps:100000.
我是直接把那段时间的都算了、、...

麻烦问一下楼主，你说的扩散系数的手册名字是什么啊？我一直在寻找。。。还请指点。。。万分感谢！
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8楼2012-10-19 15:42:21
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zx2456

木虫 (正式写手)
★
yaneehan2010(金币+1): 谢谢参与
不知道楼主做的是什么体系的扩散系数？我做过高温熔盐的最后一段的MSD都平了，意味着不流动了，但是实际上那时应该是流动的状态，不知道是怎么回事，请教高手回答。
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9楼2012-12-12 20:10:54
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ytudou

银虫 (小有名气)
★
yaneehan2010(金币+1): 谢谢参与
送红花一朵
请问查得是什么手册啊？
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10楼2015-02-07 21:00:46
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茶味果冻

新虫 (小有名气)
★
yaneehan2010(金币+1): 谢谢参与
你查的手册单位cm^2/s，是说的MS计算出来的MSD图 用Tools中plot graph 出来的斜率值的单位么，
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11楼2015-03-17 15:51:58
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yaneehan2010

银虫 (正式写手)
不好意思，我这块工作只做了一点儿，就换了课题，很长时间不做了
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12楼2015-03-18 15:29:49
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说好de

新虫 (小有名气)
★
yaneehan2010(金币+1): 谢谢参与
引用回帖:
10楼: Originally posted by ytudou at 2015-02-07 21:00:46
请问查得是什么手册啊？

请问手册查到了吗？我也在查手册，一直没找到。
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13楼2015-09-08 13:07:14
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说好de

新虫 (小有名气)
引用回帖:
12楼: Originally posted by yaneehan2010 at 2015-03-18 15:29:49
不好意思，我这块工作只做了一点儿，就换了课题，很长时间不做了

那请问你当时查的手册还有吗？我一直在找，没有找到。有的话能不能分享一下，谢谢你。
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14楼2015-09-08 13:08:12
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wxfysdx2009

金虫 (小有名气)
★
yaneehan2010(金币+1): 谢谢参与
引用回帖:
14楼: Originally posted by 说好de at 2015-09-08 13:08:12
那请问你当时查的手册还有吗？我一直在找，没有找到。有的话能不能分享一下，谢谢你。...

你找到手册了么?我为查一个数据找了好几天了。
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15楼2015-11-15 11:05:43
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说好de

新虫 (小有名气)
引用回帖:
15楼: Originally posted by wxfysdx2009 at 2015-11-15 11:05:43
你找到手册了么?我为查一个数据找了好几天了。...

没有找到……

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16楼2015-11-16 08:22:58
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mailuoshan

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
4楼: Originally posted by yaneehan2010 at 2012-07-11 10:27:55
感谢回复呢，我先用了NPT，后来是NVE各跑了100000，MSD曲线我是取了拖尾前的那段近似直线的部分计算斜率。另外还用matlab将数据拟合了一条，这个单位换算是10^(-4)对吧。
我模拟的是298K，1atm时的情况，我建晶胞 ...

我想问一下用DL_POLY软件仿真得到的MSD数据是单个原子不同时刻的MSD,怎么把构成阳离子的不同原子的MSD等效成阳离子的MSD
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17楼2016-09-23 20:25:39
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