| 查看: 1184 | 回复: 4 | ||||
[求助]
discover模拟扩散行为 已有1人参与
|
|
在用discover模拟物质的扩散行为时，有没有人知道扩散位移是怎样得到的？ 我说的不是均方位移（MSD），而是指随着时间的变化，分子相对于原点的扩散位移。希望懂的人指点一二。  扩散位移图.gif |
回复此楼» 猜你喜欢
伙伴们，祝我生日快乐吧
已经有25人回复
-
311求调剂
已经有5人回复
-
0703一志愿211 285分求调剂
已经有5人回复
-
070300化学学硕求调剂
已经有6人回复
-
283求调剂
已经有14人回复
-
中科院材料273求调剂
已经有4人回复
-
085600调剂
已经有6人回复
-
0703化学调剂，求各位老师收留
已经有8人回复
-
070303一志愿西北大学学硕310找调剂
已经有8人回复
-
085600材料与化工 求调剂
已经有14人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- MS模拟气体扩散时的参数设置问题
已经有4人回复
- 扩散系数的计算及体系平衡的判断
已经有4人回复
- 研究扩散用comsol哪个模块好？
已经有4人回复
- MS中diScover模块analysis 显示over flow
已经有5人回复
- MS模拟中怎么选取多个分子
已经有6人回复
- 新人求助，discover 和 forcite的异同
已经有7人回复
- 扩散系数模拟的结果比资料上的小一个数量级
已经有16人回复
- 用均方位移求扩散系数的疑问？
已经有9人回复
- 关于Discover动力学计算的一个问题
已经有26人回复
- 求助用MS模拟气体在分子筛中扩散系数时碰到的问题
已经有20人回复
- material studio DPD模块 模拟结果的RDF分析
已经有18人回复
- 表面扩散动力学
已经有7人回复
- 【求助】MUSIC的MD模块计算甲烷在IRMOF-1上的扩散系数
已经有11人回复
- 【求助】分子动力学模拟求扩散系数，最后一步不明白，请求给位大侠。
已经有21人回复
- 【求助】用MS算扩散
已经有17人回复
- 【讨论】如何利用原子的运动轨迹计算扩散系数？
已经有15人回复
- 【求助】discover模拟复合材料表面相互作用需要分析哪些
已经有6人回复
2楼2014-07-02 08:15:59
lsloneil
专家顾问 (正式写手)
-
专家经验: +49 - 模拟EPI: 2
- 应助: 148 (高中生)
- 金币: 8640.9
- 散金: 507
- 红花: 30
- 帖子: 505
- 在线: 598.4小时
- 虫号: 556471
- 注册: 2008-05-11
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 分子模拟
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+5, 感谢指导！ 2014-07-08 16:11:41
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+5, 感谢指导！ 2014-07-08 16:11:41
|
对于各向同性系统，并且处于平衡态，粒子相对于t=0起始点的平均位移为0.因为这时粒子的运动就是个随机游走，随机游走的平均位移为0,但MSD随时间成正比。 如果你的系统不处于平衡态，或者各向不同性，则情况很复杂。 说白了，这个问题就是求解系统的Fokker-Planck Equation，得到粒子在时间t处于x的概率P(x,t)，然后算平均值就可以。对于各向同性下的自由扩散，P(x,t)是个中心在原点的高斯分布，所以平均位移为0,但MSD（方差）随时间成正比。 |
3楼2014-07-02 10:26:35
4楼2014-07-02 21:17:56
lsloneil
专家顾问 (正式写手)
-
专家经验: +49 - 模拟EPI: 2
- 应助: 148 (高中生)
- 金币: 8640.9
- 散金: 507
- 红花: 30
- 帖子: 505
- 在线: 598.4小时
- 虫号: 556471
- 注册: 2008-05-11
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 分子模拟
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
懒羊羊Q: 金币+10, ★★★★★最佳答案, 谢谢您，讲得非常清楚！ 2014-07-03 08:32:06
月只蓝: 金币+5, 感谢指导！ 2014-07-08 16:11:49
懒羊羊Q: 金币+10, ★★★★★最佳答案, 谢谢您，讲得非常清楚！ 2014-07-03 08:32:06
月只蓝: 金币+5, 感谢指导！ 2014-07-08 16:11:49
|
我前面讲的可能有点问题，我的大致意思是在各向同性的平衡态中的自由扩散，如果粒子在t＝0时坐标为x0,t＝t1时坐标为x1,那么x1的平均值是等于x0的，但是(x1-x0)^2（也就是MSD）的平均值是与时间成正比的。 如果你的体系在某个方向上是非isotropic的，那么x1的平均值可能不等于x0的，但是(x1-x0)^2还是会随时间增加的，直到粒子碰到了confinement（比如盒子的墙壁）为止。 所以你把MSD开方对时间作图发现随时间增加是正常的。而你贴的图片里的锯齿形图形，大致的趋势也是随时间逐步增加的。至于你得到的MSD开方后的曲线不是锯齿形的，是因为MSD是多条轨迹的平均，而你图片中只给出了一条轨迹，对多条轨迹求平均后锯齿形的噪音就会消除不少。 |
5楼2014-07-03 07:31:02
