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青菜001

金虫 (小有名气)

[求助] 关于Discover动力学计算的一个问题

为什么我用Discover跑计算的时候总是出现每一步的能量差超出定义的变量偏差呢,我在运行前也已经对整个体系的能量进行优化了,希望有哪位高手能帮我解决一下这个问题,感激不尽啊,也可以通过邮箱联系啊,1986319688@qq.com

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有问题可以私下里探讨,1986319688@qq.com
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973489386

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-03-19 21:25:49
青菜001: 金币+3 2012-03-20 11:06:42
体系没有优化好,重新优化一下,优化步数增加
分子模拟
4楼2012-03-19 21:23:39
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普通回帖

匿名

用户注销 (著名写手)

新鑫国际集团董事长兼总裁

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
御剑江湖: 金币+1, 谢谢回帖交流 2012-03-19 21:54:14
青菜001: 金币+3 2012-03-20 11:21:07
本帖仅楼主可见
2楼2012-03-19 16:01:47
已阅   申请模拟EPI   回复此楼   编辑   查看我的主页

xjw040

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-03-19 20:43:33
青菜001: 金币+3 2012-03-20 11:04:31
可以减小时间步长,或者增加能量差。
3楼2012-03-19 19:48:10
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Toma

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
青菜001: 金币+5 2012-03-20 11:09:02
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-03-20 14:18:03
1.重新几何优化,或者重新多建几个模型,然后选择优化后最好的一个
2.减小时间步长
3.增大能量差(通常貌似不太理想)

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

看见的不一定就是真相
5楼2012-03-20 09:58:23
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青菜001

金虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by xjw040 at 2012-03-19 19:48:10:
可以减小时间步长,或者增加能量差。

这个都试过了,没用
有问题可以私下里探讨,1986319688@qq.com
6楼2012-03-20 11:05:07
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青菜001

金虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 973489386 at 2012-03-19 21:23:39:
体系没有优化好,重新优化一下,优化步数增加

我连续优化了三次,第一次5000步,后两次10000步,跑一会就提示错误了
有问题可以私下里探讨,1986319688@qq.com
7楼2012-03-20 11:06:30
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青菜001

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by anan123 at 2012-03-19 16:01:47:
要我说这个很容易嘛,你弄个截图我看下,具体问题具体分析

上下两层都固定了,中间的这个是几个聚天冬氨酸分子,一跑动力学就会出现问题,而且都是同样的像我一开始上传的图片上的问题,望大侠救救我。


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8楼2012-03-20 11:20:15
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Toma

金虫 (小有名气)

★ ★
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-03-20 14:18:32
青菜001: 回帖置顶 2012-03-20 21:42:32
青菜001: 取消置顶 2012-03-20 21:45:17
优化的关键不是多少步啊,是优化是否达到收敛。体系大的话10000好像也不能达到收敛的
看见的不一定就是真相
9楼2012-03-20 11:50:34
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973489386

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
青菜001: 金币+2 2012-03-20 21:43:25
看看建的体系是不是正确,看看体系总电荷等一些参数对不对
分子模拟
10楼2012-03-20 14:29:05
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