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青菜001

金虫 (小有名气)
11楼2012-03-21 08:23:05
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草莓米粑

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
青菜001: 金币+15, ★有帮助 2012-03-21 10:34:19
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-03-21 12:38:20
初始构型不合理会导致体系崩溃的。最上面固定的水分子，建议你可以先去掉试试。
这个应该是三个盒子合并的吧？ 可以试试先把那个固定的水盒子优化一下，然后中间这个有氨基酸的水盒子也另外优化一下，再把三个盒子合并起来试试。主要还是先看看上面的水去掉行不行，体系复杂了需要把问题分解下的。
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12楼2012-03-21 09:34:32
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青菜001

金虫 (小有名气)
引用回帖:
12楼: Originally posted by 草莓米粑 at 2012-03-21 09:34:32:
初始构型不合理会导致体系崩溃的。最上面固定的水分子，建议你可以先去掉试试。
这个应该是三个盒子合并的吧？ 可以试试先把那个固定的水盒子优化一下，然后中间这个有氨基酸的水盒子也另外优化一下，再把三个盒 ...

你的这个中间层的密度是怎么确定的，如果密度大了，把他们挤在一个盒子里会往两个固定的盒子里面扩散，你是怎么解决这个密度问题的？
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有问题可以私下里探讨，1986319688@qq.com
13楼2012-03-21 10:33:23
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草莓米粑

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
青菜001: 金币+30 2012-03-21 18:15:58
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-03-22 23:05:18
引用回帖:
13楼: Originally posted by 青菜001 at 2012-03-21 10:33:23:
你的这个中间层的密度是怎么确定的，如果密度大了，把他们挤在一个盒子里会往两个固定的盒子里面扩散，你是怎么解决这个密度问题的？

你的意思是说，如果去掉上面的水会有密度问题对吗？就是说水会分散到整个盒子是吗？ 你试过了吗？ 我做过类似体系，水是没有扩散的，密度之类的就是你生成水盒子的时候就已经是那个密度了，上面加入真空层只是为了避免镜像关系，也就是我们说的周期性边界条件而已，对下面水层的模拟是不会有影响的。

如果你的扩散开了那就不知道为什么了，具体问题具体分析咯。
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14楼2012-03-21 15:28:42
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青菜001

金虫 (小有名气)
引用回帖:
14楼: Originally posted by 草莓米粑 at 2012-03-21 15:28:42:
你的意思是说，如果去掉上面的水会有密度问题对吗？就是说水会分散到整个盒子是吗？ 你试过了吗？ 我做过类似体系，水是没有扩散的，密度之类的就是你生成水盒子的时候就已经是那个密度了，上面加入真空层只是为 ...

不过我确实遇到了你说的水往整个盒子里面扩散的问题，我当时密度的设定是1.5，上边是固定的水层，然后水就跑到Fe介质里面去了，我还想问一下这个密度除了查文献的方法知道意外，还能不能通过其他的方法得到，这个问题一直没搞明白，谢了
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有问题可以私下里探讨，1986319688@qq.com
15楼2012-03-21 18:15:41
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guaiyaya2008

木虫 (职业作家)

灌水大王

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
青菜001: 金币+1 2012-03-21 19:25:52
不懂！太专业！只能祝福！呵呵
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木虫混日子，混出好名堂！
16楼2012-03-21 18:38:05
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青菜001

金虫 (小有名气)
引用回帖:
16楼: Originally posted by guaiyaya2008 at 2012-03-21 18:38:05:
不懂！太专业！只能祝福！呵呵

这个可以懂
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有问题可以私下里探讨，1986319688@qq.com
17楼2012-03-21 19:26:37
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guaiyaya2008

木虫 (职业作家)

灌水大王
引用回帖:
17楼: Originally posted by 青菜001 at 2012-03-21 19:26:37:
这个可以懂

这个真不懂  哈哈
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木虫混日子，混出好名堂！
18楼2012-03-21 19:56:27
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草莓米粑

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
青菜001: 金币+3 2012-03-21 22:13:45
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-03-21 22:32:03
可能你的密度设大了吧。可以参照别人文献一般做多大密度。我的话，一般就是正常水的密度就可以了。1或者0.997，你改一下水的密度，然后把上面真空层加高点试试，再者，聚合物这么大，你可以尝试把盒子稍微做宽一点，主要问题是你的，我只能说点我的想法~共同学习咯~

问个问题，你的聚合物是怎么加进去的，MS那个版本，我知道的5.0之前的版本是无法直接插入的吧？
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19楼2012-03-21 21:25:14
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草莓米粑

金虫 (小有名气)
★ ★
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-03-21 22:32:18
你试过不要那层固定的水，然后加高真空层吗？然后把水的密度调到正常实际情况的值。
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20楼2012-03-21 21:28:16
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