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青菜001

金虫 (小有名气)

[求助] 关于Discover动力学计算的一个问题

为什么我用Discover跑计算的时候总是出现每一步的能量差超出定义的变量偏差呢,我在运行前也已经对整个体系的能量进行优化了,希望有哪位高手能帮我解决一下这个问题,感激不尽啊,也可以通过邮箱联系啊,1986319688@qq.com

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有问题可以私下里探讨,1986319688@qq.com
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草莓米粑

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

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青菜001: 金币+30 2012-03-21 18:15:58
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-03-22 23:05:18
引用回帖:
13楼: Originally posted by 青菜001 at 2012-03-21 10:33:23:
你的这个中间层的密度是怎么确定的,如果密度大了,把他们挤在一个盒子里会往两个固定的盒子里面扩散,你是怎么解决这个密度问题的?

你的意思是说,如果去掉上面的水会有密度问题对吗?就是说水会分散到整个盒子是吗? 你试过了吗? 我做过类似体系,水是没有扩散的,密度之类的就是你生成水盒子的时候就已经是那个密度了,上面加入真空层只是为了避免镜像关系,也就是我们说的周期性边界条件而已,对下面水层的模拟是不会有影响的。

如果你的扩散开了那就不知道为什么了,具体问题具体分析咯。
14楼2012-03-21 15:28:42
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查看全部 27 个回答

匿名

用户注销 (著名写手)

新鑫国际集团董事长兼总裁

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
御剑江湖: 金币+1, 谢谢回帖交流 2012-03-19 21:54:14
青菜001: 金币+3 2012-03-20 11:21:07
本帖仅楼主可见
2楼2012-03-19 16:01:47
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xjw040

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-03-19 20:43:33
青菜001: 金币+3 2012-03-20 11:04:31
可以减小时间步长,或者增加能量差。
3楼2012-03-19 19:48:10
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973489386

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-03-19 21:25:49
青菜001: 金币+3 2012-03-20 11:06:42
体系没有优化好,重新优化一下,优化步数增加
分子模拟
4楼2012-03-19 21:23:39
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