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shiyiwenren至尊木虫 (著名写手)
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[求助]
求助用MS模拟气体在分子筛中扩散系数时碰到的问题
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之前做过用MS做GCMC，现在想做气体在分子筛中的扩散系数的MD模拟，用的是MS里的forcite模块中的NVT系综。具体就是用GCMC模拟吸附时得到的平衡态构象作为MD模拟的起始，选择forcite模块中的dynamic计算，在more里选择的是NVT系综，initial velocities为random，温度为298K，总的模拟时间为1000ps，输出的构象为100个。Thermostat选择的是Nose。在力场选择上与之前的GCMC一致，静电作用用Ewald描述，van der waals作用用atom based描述。按照上述设置好之后进行计算，计算完成后分析气体分子的MSD，取的是100-1000ps的数据，拟合出一条直线，扩散系数就是该直线斜率的1/6。在模拟中发现一些问题： （1）模拟时对于周期性边界条件的设置是在哪儿的，我在forcite的设置对话框中没有找到这个，是不是周期性边界条件在MD模拟中是默认的？ （2）我模拟时用的起始构象如下图所示：  MD模拟后输出的构象为：  从图中可以看出很多气体分子跑到了盒子外边了，我问过我们组里用做MD模拟的（不是用MS做的），他说好像我这个是因为模拟时没有加周期性边界条件的原因。那么与第一个问题相同，在MS中是在哪儿设置的呢？ （3）在模拟过程中温度的变化曲线为：  从图中看在我模拟的1000ps的过程中温度波动一直都很大，这是因为我的Thermostat选择的问题，还是模拟的时间不够，还是因为模拟中没有加周期性边界条件的原因呢？ 第一次尝试做MD，碰到了很多问题，希望有这方面经验的予以指导，不胜感激 [ Last edited by shiyiwenren on 2012-3-19 at 20:41 ] |
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shiyiwenren
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shiyiwenren: 金币+45, ★有帮助, 5 2012-03-21 16:55:29
| 我对楼主研究的这一块挺感兴趣，不过我没用过这个，简单的看了一下，感觉楼主说的问题问题不是很大，周期性边界条件应该是属于默认的了，至于筛选的分子跑在外面是可能初始的构型建造有一点问题，中间那个图应该是跑完之后的了吧？可以出现这种情况，这个图间接的提示了这个含有周期性边界条件，你也可以把他显示在胞内。 |
5楼2012-03-21 14:27:33
shiyiwenren
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