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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » 求助用MS模拟气体在分子筛中扩散系数时碰到的问题
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shiyiwenren

至尊木虫 (著名写手)

[求助] 求助用MS模拟气体在分子筛中扩散系数时碰到的问题

之前做过用MS做GCMC，现在想做气体在分子筛中的扩散系数的MD模拟，用的是MS里的forcite模块中的NVT系综。具体就是用GCMC模拟吸附时得到的平衡态构象作为MD模拟的起始，选择forcite模块中的dynamic计算，在more里选择的是NVT系综，initial velocities为random，温度为298K，总的模拟时间为1000ps，输出的构象为100个。Thermostat选择的是Nose。在力场选择上与之前的GCMC一致，静电作用用Ewald描述，van der waals作用用atom based描述。按照上述设置好之后进行计算，计算完成后分析气体分子的MSD，取的是100-1000ps的数据，拟合出一条直线，扩散系数就是该直线斜率的1/6。在模拟中发现一些问题：
（1）模拟时对于周期性边界条件的设置是在哪儿的，我在forcite的设置对话框中没有找到这个，是不是周期性边界条件在MD模拟中是默认的？
（2）我模拟时用的起始构象如下图所示：

MD模拟后输出的构象为：

从图中可以看出很多气体分子跑到了盒子外边了，我问过我们组里用做MD模拟的（不是用MS做的），他说好像我这个是因为模拟时没有加周期性边界条件的原因。那么与第一个问题相同，在MS中是在哪儿设置的呢？
（3）在模拟过程中温度的变化曲线为：

从图中看在我模拟的1000ps的过程中温度波动一直都很大，这是因为我的Thermostat选择的问题，还是模拟的时间不够，还是因为模拟中没有加周期性边界条件的原因呢？
第一次尝试做MD，碰到了很多问题，希望有这方面经验的予以指导，不胜感激

[ Last edited by shiyiwenren on 2012-3-19 at 20:41 ]
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1楼 2012-03-19 09:42:56
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

shiyiwenren

至尊木虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by smx07131301 at 2012-03-21 08:29:44:
我也不懂为什么气体分子在外面，不过调个显示就都在盒子里了，但不确定这么操作是否准确

是在display style选项中的lattice中将style设置成in-cell吗？
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4楼2012-03-21 09:35:26
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青菜001

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-03-21 15:02:30
shiyiwenren: 金币+45, ★有帮助, 5 2012-03-21 16:55:29
我对楼主研究的这一块挺感兴趣，不过我没用过这个，简单的看了一下，感觉楼主说的问题问题不是很大，周期性边界条件应该是属于默认的了，至于筛选的分子跑在外面是可能初始的构型建造有一点问题，中间那个图应该是跑完之后的了吧？可以出现这种情况，这个图间接的提示了这个含有周期性边界条件，你也可以把他显示在胞内。
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有问题可以私下里探讨，1986319688@qq.com
5楼2012-03-21 14:27:33
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shiyiwenren

至尊木虫 (著名写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 青菜001 at 2012-03-21 17:42:48:
这个东西在建完盒子之后，你可以把要筛选的分子根据都移动 到盒子里，然后在跑动力学之前进行一下优化就可以了 。

是否就是相当于先将一定数目的气体分子放到吸附剂中，根据一定的规则放在能量最低的位置，然后以此进行MD的模拟？
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10楼2012-03-21 19:59:06
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普通回帖

shiyiwenren

至尊木虫 (著名写手)
顶一下，期待大家的帮助
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2楼2012-03-20 14:03:31
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smx07131301

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
shiyiwenren: 金币+5, ★有帮助 2012-03-21 09:33:51
我也不懂为什么气体分子在外面，不过调个显示就都在盒子里了，但不确定这么操作是否准确
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坚持就是胜利！
3楼2012-03-21 08:29:44
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零度不结冰

新虫 (小有名气)
★ ★
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-03-22 20:44:35
温度波动应该挺正常的，有个问题想请教您，我看文献中讲到一般做MSD都是用NVE系综的模拟进行分析，您这里用NVT不知道合适不合适，我在用NVE的时候温度一直往上升，不知道能不能再NVE的中间通过NVT来修正一下温度呢。。
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我的态度决定我的高度。
6楼2012-03-21 15:04:44
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shiyiwenren

至尊木虫 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 青菜001 at 2012-03-21 14:27:33:
我对楼主研究的这一块挺感兴趣，不过我没用过这个，简单的看了一下，感觉楼主说的问题问题不是很大，周期性边界条件应该是属于默认的了，至于筛选的分子跑在外面是可能初始的构型建造有一点问题，中间那个图应该是 ...

你指的初始构型有点问题是不是说我应该在MD模拟之前对GCMC模拟得到的吸附了吸附质分子的平衡构象先进行一下结构优化？
对于周期性边界条件，如果是有这个的话，那么在MD模拟结果中应该是有一个气体分子跑出盒子的一侧时，另一侧有另一个分子跑到盒子里面，我现在的情况是在模拟结果中很多的气体分子都是跑到盒子外面了。
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7楼2012-03-21 17:02:08
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shiyiwenren

至尊木虫 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 零度不结冰 at 2012-03-21 15:04:44:
温度波动应该挺正常的，有个问题想请教您，我看文献中讲到一般做MSD都是用NVE系综的模拟进行分析，您这里用NVT不知道合适不合适，我在用NVE的时候温度一直往上升，不知道能不能再NVE的中间通过NVT来修正一下温度呢 ...

我看了MS的help文件，里面是提到了在MSD计算时先进行NVT模拟，在进行NVE模拟的。至于您提到的NVE中间通过NVT来修正温度，这个做法在MS中可以实现吗？您可以具体说下吗？
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8楼2012-03-21 17:04:22
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青菜001

金虫 (小有名气)
★ ★
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-03-21 22:35:55
引用回帖:
7楼: Originally posted by shiyiwenren at 2012-03-21 17:02:08:
你指的初始构型有点问题是不是说我应该在MD模拟之前对GCMC模拟得到的吸附了吸附质分子的平衡构象先进行一下结构优化？
对于周期性边界条件，如果是有这个的话，那么在MD模拟结果中应该是有一个气体分子跑出盒子 ...

这个东西在建完盒子之后，你可以把要筛选的分子根据都移动 到盒子里，然后在跑动力学之前进行一下优化就可以了 。
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有问题可以私下里探讨，1986319688@qq.com
9楼2012-03-21 17:42:48
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