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nancy-jj

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】气体小分子在聚合物中的扩散问题 已有17人参与

最近在模拟气体小分子在聚合物中的扩散,有几个问题一直深深困扰着我,请求大家的帮助!O(∩_∩)O谢谢
1.文献中的全原子模型和united-atom 模型有什么区别?仅仅是根据力场划分的吗?
2.在计算非键作用力时,什么时候用atom-based和group-based求和法?文献上这两种方法都用过,group-based除了加快运算速度外还有什么作用?
3.气体分子在聚合物中的位移时间图和三维的运动轨迹图如何得到?(见附件




[ Last edited by nancy-jj on 2010-7-30 at 21:50 ]
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qasd

木虫 (著名写手)

★ ★ ★
zzy870720z(金币+3):谢谢指点 2010-07-31 13:11:20
nancy-jj(金币+10):O(∩_∩)O谢谢! 2010-07-31 14:14:57
1、依研究具体问题,选择力场
2、建议atombased+ewald,计算条件有限的话,atombased+groupbased也可以,groupbased仅是能加快计算速度。
3、计算过程中选择储存全轨迹,下面那个图是分析得出的了
2楼2010-07-31 12:57:01
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nancy-jj

金虫 (正式写手)


aylayl08(金币+1):本版置顶帖有关于discover的在线答疑,即qasd版主楼上的答疑,你可以多问问他 2010-07-31 16:22:42
引用回帖:
Originally posted by qasd at 2010-07-31 12:57:01:
1、依研究具体问题,选择力场
2、建议atombased+ewald,计算条件有限的话,atombased+groupbased也可以,groupbased仅是能加快计算速度。
3、计算过程中选择储存全轨迹,下面那个图是分析得出的了

麻烦再问一下,保存全轨迹怎么得出下面的图,能详细说一下吗?你说的是第一个图吗?那第二个图呢?还有看到文献上说"为了减小直接采用原子截断距离而引起的人为地单级-单级相互作用和偶极分裂,采用group based 截断距离是一种很好的解决方法"应该怎么理解?你说的建议atombased+ewald,怎么用这两种方法?如果只用atombased呢?不好意思,疑问比较多,请多多指教!

[ Last edited by nancy-jj on 2010-7-31 at 14:24 ]
3楼2010-07-31 14:21:46
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ustc

金虫 (著名写手)

nancy-jj(金币+1):谢谢支持~ 2010-08-01 11:12:34
关注一下!
4楼2010-07-31 15:02:22
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qasd

木虫 (著名写手)

nancy-jj(金币+10):谢谢指导,O(∩_∩)O~还请继续指教~~ 2010-08-01 11:11:21
ms直接就能看见第一个图,第二个图是数据处理后得到的,文献那句话貌似是学化学而不是做计算的人写的,其实模拟对于偶极-偶极作用还没有准确的定义描述。那个就是vdw力和静电力的处理方式,如果两个都用atmobased建议先测试一下纯气体分子的扩散系数,可能有问题
5楼2010-08-01 08:27:10
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fu19871111

金虫 (正式写手)

nancy-jj(金币+1):同行~~O(∩_∩)O~ 2010-08-01 11:13:00
nancy-jj(金币+5): 2010-08-22 16:52:10
引用回帖:
Originally posted by qasd at 2010-08-01 08:27:10:
ms直接就能看见第一个图,第二个图是数据处理后得到的,文献那句话貌似是学化学而不是做计算的人写的,其实模拟对于偶极-偶极作用还没有准确的定义描述。那个就是vdw力和静电力的处理方式,如果两个都用atmobased ...

直接可以显示 ?   每个文件我都看过了,没有的。运行的时候选的是full。
6楼2010-08-01 09:12:01
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nancy-jj

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by qasd at 2010-08-01 08:27:10:
ms直接就能看见第一个图,第二个图是数据处理后得到的,文献那句话貌似是学化学而不是做计算的人写的,其实模拟对于偶极-偶极作用还没有准确的定义描述。那个就是vdw力和静电力的处理方式,如果两个都用atmobased ...

谢谢你的指导,对我帮助很大,非常感谢!只是第一个图在哪里能看到呢?你知道第二个图是根据什么处理的数据吗?
7楼2010-08-01 11:17:18
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sweetwind88

金虫 (著名写手)

nancy-jj(金币+1): 2010-08-06 11:11:12
学习一下。
change
8楼2010-08-01 12:14:52
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qasd

木虫 (著名写手)


aylayl08(金币+1):谢谢提示 2010-08-01 18:17:36
nancy-jj(金币+3):thanks 2010-08-03 21:07:27
把最后一帧轨迹稍微处理一下,写个O2就行了。第二个类似msd
9楼2010-08-01 12:28:27
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jingnuan

铁虫 (初入文坛)


nancy-jj(金币+6):O(∩_∩)O~ 2010-09-01 16:48:39
引用回帖:
Originally posted by qasd at 2010-08-01 12:28:27:
把最后一帧轨迹稍微处理一下,写个O2就行了。第二个类似msd

我怎么不明白呢?最后一帧轨迹稍微处理?看来我太笨了,谁给讲讲?
10楼2010-08-01 15:01:26
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