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nancy-jj

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】气体小分子在聚合物中的扩散问题 已有17人参与

最近在模拟气体小分子在聚合物中的扩散,有几个问题一直深深困扰着我,请求大家的帮助!O(∩_∩)O谢谢
1.文献中的全原子模型和united-atom 模型有什么区别?仅仅是根据力场划分的吗?
2.在计算非键作用力时,什么时候用atom-based和group-based求和法?文献上这两种方法都用过,group-based除了加快运算速度外还有什么作用?
3.气体分子在聚合物中的位移时间图和三维的运动轨迹图如何得到?(见附件




[ Last edited by nancy-jj on 2010-7-30 at 21:50 ]
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nancy-jj

金虫 (正式写手)


aylayl08(金币+1):本版置顶帖有关于discover的在线答疑,即qasd版主楼上的答疑,你可以多问问他 2010-07-31 16:22:42
引用回帖:
Originally posted by qasd at 2010-07-31 12:57:01:
1、依研究具体问题,选择力场
2、建议atombased+ewald,计算条件有限的话,atombased+groupbased也可以,groupbased仅是能加快计算速度。
3、计算过程中选择储存全轨迹,下面那个图是分析得出的了

麻烦再问一下,保存全轨迹怎么得出下面的图,能详细说一下吗?你说的是第一个图吗?那第二个图呢?还有看到文献上说"为了减小直接采用原子截断距离而引起的人为地单级-单级相互作用和偶极分裂,采用group based 截断距离是一种很好的解决方法"应该怎么理解?你说的建议atombased+ewald,怎么用这两种方法?如果只用atombased呢?不好意思,疑问比较多,请多多指教!

[ Last edited by nancy-jj on 2010-7-31 at 14:24 ]
3楼2010-07-31 14:21:46
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nancy-jj

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by qasd at 2010-08-01 08:27:10:
ms直接就能看见第一个图,第二个图是数据处理后得到的,文献那句话貌似是学化学而不是做计算的人写的,其实模拟对于偶极-偶极作用还没有准确的定义描述。那个就是vdw力和静电力的处理方式,如果两个都用atmobased ...

谢谢你的指导,对我帮助很大,非常感谢!只是第一个图在哪里能看到呢?你知道第二个图是根据什么处理的数据吗?
7楼2010-08-01 11:17:18
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nancy-jj

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by liufengbao100 at 2010-08-04 08:49:46:
你是用什么软件做的,是MS么

( ⊙ o ⊙ )是的
16楼2010-08-04 19:25:28
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nancy-jj

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2010-08-15 20:28:26:

怎么存储全轨迹????

就是dynamic时,save一项选Full~~
21楼2010-08-22 16:54:37
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nancy-jj

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2010-08-22 20:55:38:

谢谢。。。

客气啦~~
23楼2010-08-22 21:11:48
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nancy-jj

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by xdr at 2010-09-30 19:46:15:
楼主的问题解决了吗?我也想知道怎么得到第一个图。

还没有,只知道一种最笨的方法,把每一帧的轨迹导出来,取坐标,然后用origin画!你知道第二个图怎么画的吗?
25楼2010-09-30 20:16:17
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nancy-jj

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by xdr at 2010-09-30 20:40:14:
还没有,只知道一种最笨的方法,把每一帧的轨迹导出来,取坐标,然后用origin画!你知道第二个图怎么画的吗?

其实我还没来得及考虑第二个图,不过觉得好像和MSD那个做法很像,分析一下,取数据 ... [/quote]
应该怎么分析取数据呢?由MSD的值可以推出displacement的值吗?等你研究好了告诉我一声啊,看到好多文献上有这两个图,不知道他们怎么做的!
27楼2010-09-30 20:46:06
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