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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】气体小分子在聚合物中的扩散问题
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nancy-jj

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】气体小分子在聚合物中的扩散问题 已有17人参与

最近在模拟气体小分子在聚合物中的扩散，有几个问题一直深深困扰着我，请求大家的帮助！O(∩_∩)O谢谢
1.文献中的全原子模型和united-atom 模型有什么区别？仅仅是根据力场划分的吗？
2.在计算非键作用力时，什么时候用atom-based和group-based求和法？文献上这两种方法都用过，group-based除了加快运算速度外还有什么作用？
3.气体分子在聚合物中的位移时间图和三维的运动轨迹图如何得到？（见附件）



[ Last edited by nancy-jj on 2010-7-30 at 21:50 ]
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1楼 2010-07-30 21:44:35
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jingnuan

铁虫 (初入文坛)
nancy-jj(金币+6):O(∩_∩)O~ 2010-09-01 16:48:39
引用回帖:
Originally posted by qasd at 2010-08-01 12:28:27:
把最后一帧轨迹稍微处理一下，写个O2就行了。第二个类似msd

我怎么不明白呢？最后一帧轨迹稍微处理？看来我太笨了，谁给讲讲？
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10楼2010-08-01 15:01:26
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qasd

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
zzy870720z(金币+3):谢谢指点 2010-07-31 13:11:20
nancy-jj(金币+10):O(∩_∩)O谢谢！ 2010-07-31 14:14:57
1、依研究具体问题，选择力场
2、建议atombased+ewald，计算条件有限的话，atombased+groupbased也可以，groupbased仅是能加快计算速度。
3、计算过程中选择储存全轨迹，下面那个图是分析得出的了
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2楼2010-07-31 12:57:01
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nancy-jj

金虫 (正式写手)
★
aylayl08(金币+1):本版置顶帖有关于discover的在线答疑，即qasd版主楼上的答疑，你可以多问问他 2010-07-31 16:22:42
引用回帖:
Originally posted by qasd at 2010-07-31 12:57:01:
1、依研究具体问题，选择力场
2、建议atombased+ewald，计算条件有限的话，atombased+groupbased也可以，groupbased仅是能加快计算速度。
3、计算过程中选择储存全轨迹，下面那个图是分析得出的了

麻烦再问一下，保存全轨迹怎么得出下面的图，能详细说一下吗？你说的是第一个图吗？那第二个图呢？还有看到文献上说"为了减小直接采用原子截断距离而引起的人为地单级-单级相互作用和偶极分裂，采用group based 截断距离是一种很好的解决方法"应该怎么理解？你说的建议atombased+ewald，怎么用这两种方法？如果只用atombased呢？不好意思，疑问比较多，请多多指教！

[ Last edited by nancy-jj on 2010-7-31 at 14:24 ]
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3楼2010-07-31 14:21:46
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qasd

木虫 (著名写手)
nancy-jj(金币+10):谢谢指导，O(∩_∩)O~还请继续指教~~ 2010-08-01 11:11:21
ms直接就能看见第一个图，第二个图是数据处理后得到的，文献那句话貌似是学化学而不是做计算的人写的，其实模拟对于偶极-偶极作用还没有准确的定义描述。那个就是vdw力和静电力的处理方式，如果两个都用atmobased建议先测试一下纯气体分子的扩散系数，可能有问题
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5楼2010-08-01 08:27:10
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