| 查看: 5245 | 回复: 20 | ||||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||||
shiyiwenren至尊木虫 (著名写手)
|
[求助]
求助用MS模拟气体在分子筛中扩散系数时碰到的问题
|
|||
|
之前做过用MS做GCMC，现在想做气体在分子筛中的扩散系数的MD模拟，用的是MS里的forcite模块中的NVT系综。具体就是用GCMC模拟吸附时得到的平衡态构象作为MD模拟的起始，选择forcite模块中的dynamic计算，在more里选择的是NVT系综，initial velocities为random，温度为298K，总的模拟时间为1000ps，输出的构象为100个。Thermostat选择的是Nose。在力场选择上与之前的GCMC一致，静电作用用Ewald描述，van der waals作用用atom based描述。按照上述设置好之后进行计算，计算完成后分析气体分子的MSD，取的是100-1000ps的数据，拟合出一条直线，扩散系数就是该直线斜率的1/6。在模拟中发现一些问题： （1）模拟时对于周期性边界条件的设置是在哪儿的，我在forcite的设置对话框中没有找到这个，是不是周期性边界条件在MD模拟中是默认的？ （2）我模拟时用的起始构象如下图所示：  MD模拟后输出的构象为：  从图中可以看出很多气体分子跑到了盒子外边了，我问过我们组里用做MD模拟的（不是用MS做的），他说好像我这个是因为模拟时没有加周期性边界条件的原因。那么与第一个问题相同，在MS中是在哪儿设置的呢？ （3）在模拟过程中温度的变化曲线为：  从图中看在我模拟的1000ps的过程中温度波动一直都很大，这是因为我的Thermostat选择的问题，还是模拟的时间不够，还是因为模拟中没有加周期性边界条件的原因呢？ 第一次尝试做MD，碰到了很多问题，希望有这方面经验的予以指导，不胜感激 [ Last edited by shiyiwenren on 2012-3-19 at 20:41 ] |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 MS计算模拟 | 收藏 |
» 猜你喜欢
0703化学调剂
已经有12人回复
-
0703化学 305求调剂
已经有4人回复
-
0703化学调剂，求各位老师收留
已经有10人回复
-
271材料工程求调剂
已经有5人回复
-
281求调剂（0805）
已经有16人回复
-
304求调剂
已经有6人回复
-
材料工程专硕调剂
已经有6人回复
-
一志愿天大材料与化工（085600）总分338
已经有4人回复
-
085700资源与环境308求调剂
已经有3人回复
-
求材料调剂
已经有8人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 【求助】关于分子筛中B酸和L酸的来源问题
已经有21人回复
- 【求助】MUSIC的MD模块计算甲烷在IRMOF-1上的扩散系数
已经有11人回复
- 【求助】分子动力学模拟求扩散系数，最后一步不明白，请求给位大侠。
已经有21人回复
- 【求助】测扩散系数的实验方法
已经有11人回复
- 【求助】MS模拟5A介孔微孔吸附CO2时吸附热的问题
已经有14人回复
- 【求助】GCMC研究的分子筛的吸附选择性问题
已经有11人回复
- 【求助】关于锂离子扩散系数的问题
已经有24人回复
- 【求助】时间和空间上都变化的扩散系数在comsol4.0里如何设置
已经有12人回复
- 【求助】气体小分子在聚合物中的扩散问题
已经有35人回复
- 【求助】求使用MS中sorption模块用于分子筛吸附小分子的问题
已经有5人回复
- 【求助成功】MS模拟沸石的吸附性能时的一些问题
已经有9人回复
- 【求助】求Monte Carlo 关于扩散系数计算的源代码
已经有5人回复
- 【求助】如何查找气体在空气中的分子扩散系数
已经有11人回复
- 【求助成功】MS模拟MCM-41过程中forcite filed计算的问题
已经有12人回复
smx07131301
银虫 (小有名气)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 1083.2
- 帖子: 112
- 在线: 101.4小时
- 虫号: 1133744
- 注册: 2010-10-28
- 性别: MM
- 专业: 碳素材料与超硬材料
3楼2012-03-21 08:29:44
shiyiwenren
至尊木虫 (著名写手)
- 模拟EPI: 2
- 应助: 4 (幼儿园)
- 金币: 11811.9
- 散金: 29
- 红花: 17
- 帖子: 2450
- 在线: 1187.2小时
- 虫号: 886290
- 注册: 2009-10-28
- 专业: 分离过程
2楼2012-03-20 14:03:31
shiyiwenren
至尊木虫 (著名写手)
- 模拟EPI: 2
- 应助: 4 (幼儿园)
- 金币: 11811.9
- 散金: 29
- 红花: 17
- 帖子: 2450
- 在线: 1187.2小时
- 虫号: 886290
- 注册: 2009-10-28
- 专业: 分离过程
4楼2012-03-21 09:35:26
青菜001
金虫 (小有名气)
- 应助: 8 (幼儿园)
- 金币: 675.8
- 散金: 16
- 帖子: 136
- 在线: 96.2小时
- 虫号: 1127237
- 注册: 2010-10-20
- 专业: 金属材料表面科学与工程
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-03-21 15:02:30
shiyiwenren: 金币+45, ★有帮助, 5 2012-03-21 16:55:29
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-03-21 15:02:30
shiyiwenren: 金币+45, ★有帮助, 5 2012-03-21 16:55:29
| 我对楼主研究的这一块挺感兴趣，不过我没用过这个，简单的看了一下，感觉楼主说的问题问题不是很大，周期性边界条件应该是属于默认的了，至于筛选的分子跑在外面是可能初始的构型建造有一点问题，中间那个图应该是跑完之后的了吧？可以出现这种情况，这个图间接的提示了这个含有周期性边界条件，你也可以把他显示在胞内。 |
5楼2012-03-21 14:27:33
