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shiyiwenren

至尊木虫 (著名写手)

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[求助] 求助用MS模拟气体在分子筛中扩散系数时碰到的问题

之前做过用MS做GCMC，现在想做气体在分子筛中的扩散系数的MD模拟，用的是MS里的forcite模块中的NVT系综。具体就是用GCMC模拟吸附时得到的平衡态构象作为MD模拟的起始，选择forcite模块中的dynamic计算，在more里选择的是NVT系综，initial velocities为random，温度为298K，总的模拟时间为1000ps，输出的构象为100个。Thermostat选择的是Nose。在力场选择上与之前的GCMC一致，静电作用用Ewald描述，van der waals作用用atom based描述。按照上述设置好之后进行计算，计算完成后分析气体分子的MSD，取的是100-1000ps的数据，拟合出一条直线，扩散系数就是该直线斜率的1/6。在模拟中发现一些问题：
（1）模拟时对于周期性边界条件的设置是在哪儿的，我在forcite的设置对话框中没有找到这个，是不是周期性边界条件在MD模拟中是默认的？
（2）我模拟时用的起始构象如下图所示：

MD模拟后输出的构象为：

从图中可以看出很多气体分子跑到了盒子外边了，我问过我们组里用做MD模拟的（不是用MS做的），他说好像我这个是因为模拟时没有加周期性边界条件的原因。那么与第一个问题相同，在MS中是在哪儿设置的呢？
（3）在模拟过程中温度的变化曲线为：

从图中看在我模拟的1000ps的过程中温度波动一直都很大，这是因为我的Thermostat选择的问题，还是模拟的时间不够，还是因为模拟中没有加周期性边界条件的原因呢？
第一次尝试做MD，碰到了很多问题，希望有这方面经验的予以指导，不胜感激

[ Last edited by shiyiwenren on 2012-3-19 at 20:41 ]

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1楼2012-03-19 09:42:56

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shiyiwenren

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引用回帖:

6楼: Originally posted by 零度不结冰 at 2012-03-21 15:04:44:
温度波动应该挺正常的，有个问题想请教您，我看文献中讲到一般做MSD都是用NVE系综的模拟进行分析，您这里用NVT不知道合适不合适，我在用NVE的时候温度一直往上升，不知道能不能再NVE的中间通过NVT来修正一下温度呢 ...

我看了MS的help文件，里面是提到了在MSD计算时先进行NVT模拟，在进行NVE模拟的。至于您提到的NVE中间通过NVT来修正温度，这个做法在MS中可以实现吗？您可以具体说下吗？