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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » 求助用MS模拟气体在分子筛中扩散系数时碰到的问题
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青菜001

金虫 (小有名气)
★ ★
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-03-21 22:34:52
引用回帖:
10楼: Originally posted by shiyiwenren at 2012-03-21 19:59:06:
是否就是相当于先将一定数目的气体分子放到吸附剂中，根据一定的规则放在能量最低的位置，然后以此进行MD的模拟？

不用放在刻意的放在能量最低的位置，因为你跑动力学前还要用minimizer优化一下，简单的放在里面就行了。
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有问题可以私下里探讨，1986319688@qq.com
11楼2012-03-21 22:09:21
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shiyiwenren

至尊木虫 (著名写手)
引用回帖:
11楼: Originally posted by 青菜001 at 2012-03-21 22:09:21:
不用放在刻意的放在能量最低的位置，因为你跑动力学前还要用minimizer优化一下，简单的放在里面就行了。

气体分子的放置方法是自己手动地一个个加入，还是用MS里sorption模块的fixed loading的方法放进去吗？我用GCMC模拟的那种方法为什么不可以呢，它也是把气体分子放到盒子里了，而且也没有说刻意将其放置在能量最低的位置
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12楼2012-03-22 09:02:03
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零度不结冰

新虫 (小有名气)
★ ★
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-03-22 22:45:00
引用回帖:
12楼: Originally posted by shiyiwenren at 2012-03-22 09:02:03:
气体分子的放置方法是自己手动地一个个加入，还是用MS里sorption模块的fixed loading的方法放进去吗？我用GCMC模拟的那种方法为什么不可以呢，它也是把气体分子放到盒子里了，而且也没有说刻意将其放置在能量最低 ...

应该是随便放进去的吧，初始构型应该不需要那么准确，一般要进行200ps左右的equilibrium，使分子跑到平衡的位置，然后再进行NVE进行采集过程。至于中间如何通过nvt调节温度这个我也不明白怎么做，好像有人提到过NVT过程是不连续的，不符合原理。。
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我的态度决定我的高度。
13楼2012-03-22 09:10:37
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shiyiwenren

至尊木虫 (著名写手)
随便放进去是用什么模块做的？200ps的equilibrium又是怎么做的，我看很多文献里都提到这一步，但是一直不明白。以前一直是做MC的，对MD不懂，请指导一下，谢谢
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14楼2012-03-22 10:10:13
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shiyiwenren

至尊木虫 (著名写手)
引用回帖:
13楼: Originally posted by 零度不结冰 at 2012-03-22 09:10:37:
应该是随便放进去的吧，初始构型应该不需要那么准确，一般要进行200ps左右的equilibrium，使分子跑到平衡的位置，然后再进行NVE进行采集过程。至于中间如何通过nvt调节温度这个我也不明白怎么做，好像有人提到过 ...

随便放进去是用什么模块做的？200ps的equilibrium又是怎么做的，我看很多文献里都提到这一步，但是一直不明白。以前一直是做MC的，对MD不懂，请指导一下，谢谢
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15楼2012-03-22 10:10:37
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零度不结冰

新虫 (小有名气)
★ ★ ★
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-03-22 22:45:42
引用回帖:
15楼: Originally posted by shiyiwenren at 2012-03-22 10:10:37:
随便放进去是用什么模块做的？200ps的equilibrium又是怎么做的，我看很多文献里都提到这一步，但是一直不明白。以前一直是做MC的，对MD不懂，请指导一下，谢谢

谈不上指导，我是在学习做气体在分子筛的MD和GCMC模拟，一直没有什么进展，在小木虫和文献中看到过很多人讲过，其中ghcacj版主说过把水分子放进去可以用sorption的locate，低版本的没有，就要手动添加。。
前200ps左右的equilibrium用的是NVT系综，只需最后的构型，然后再接着进行NVE，保存full trajectory，最后分析也是用后面NVE的trajectory。
顺便问一下，做MC模拟，想学习算法、程序的话用什么软件学习比较好啊，感觉用Material studio做，什么都搞不明白……
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我的态度决定我的高度。
16楼2012-03-22 20:42:48
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shiyiwenren

至尊木虫 (著名写手)
引用回帖:
16楼: Originally posted by 零度不结冰 at 2012-03-22 20:42:48:
谈不上指导，我是在学习做气体在分子筛的MD和GCMC模拟，一直没有什么进展，在小木虫和文献中看到过很多人讲过，其中ghcacj版主说过把水分子放进去可以用sorption的locate，低版本的没有，就要手动添加。。
前20 ...

谢谢！
我现在就是在用MS做的，和你的感觉一样，用MS做毕竟相当于是黑箱操作的，对于原理什么的基本上都不知道。如果MC模拟用开源的软件做的话好像music用的最多吧，是用fortran语言的，不过我们组里并没有用过这个软件，所以也不好说到底怎么样。好像分子模拟这个版块里有关于music的，你可以搜索一下。
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17楼2012-03-22 22:12:53
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1316780822

新虫 (初入文坛)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-05-16 18:29:16
周期性边界条件是在建晶胞的时候设置的
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18楼2014-05-03 12:27:24
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红叶天雨星

金虫 (著名写手)
楼主，请问您现在这个问题解决了没有？如果方便的话，我想请您帮忙模拟一下类似分子的扩散系数，麻烦您了，如果能够模拟出来将对我的博士论文增色不少，到时候一定书面表示感谢，祝好！
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19楼2014-06-05 22:09:49
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shq2113046

新虫 (正式写手)
引用回帖:
10楼: Originally posted by shiyiwenren at 2012-03-21 19:59:06
是否就是相当于先将一定数目的气体分子放到吸附剂中，根据一定的规则放在能量最低的位置，然后以此进行MD的模拟？...

求推荐一本自学ms的书籍，谢谢啦
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20楼2014-06-06 13:21:01
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