10楼: Originally posted by shiyiwenren at 2012-03-21 19:59:06:
是否就是相当于先将一定数目的气体分子放到吸附剂中，根据一定的规则放在能量最低的位置，然后以此进行MD的模拟？

11楼: Originally posted by 青菜001 at 2012-03-21 22:09:21:
不用放在刻意的放在能量最低的位置，因为你跑动力学前还要用minimizer优化一下，简单的放在里面就行了。

12楼: Originally posted by shiyiwenren at 2012-03-22 09:02:03:
气体分子的放置方法是自己手动地一个个加入，还是用MS里sorption模块的fixed loading的方法放进去吗？我用GCMC模拟的那种方法为什么不可以呢，它也是把气体分子放到盒子里了，而且也没有说刻意将其放置在能量最低 ...

13楼: Originally posted by 零度不结冰 at 2012-03-22 09:10:37:
应该是随便放进去的吧，初始构型应该不需要那么准确，一般要进行200ps左右的equilibrium，使分子跑到平衡的位置，然后再进行NVE进行采集过程。至于中间如何通过nvt调节温度这个我也不明白怎么做，好像有人提到过 ...

15楼: Originally posted by shiyiwenren at 2012-03-22 10:10:37:
随便放进去是用什么模块做的？200ps的equilibrium又是怎么做的，我看很多文献里都提到这一步，但是一直不明白。以前一直是做MC的，对MD不懂，请指导一下，谢谢

16楼: Originally posted by 零度不结冰 at 2012-03-22 20:42:48:
谈不上指导，我是在学习做气体在分子筛的MD和GCMC模拟，一直没有什么进展，在小木虫和文献中看到过很多人讲过，其中ghcacj版主说过把水分子放进去可以用sorption的locate，低版本的没有，就要手动添加。。
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10楼: Originally posted by shiyiwenren at 2012-03-21 19:59:06
是否就是相当于先将一定数目的气体分子放到吸附剂中，根据一定的规则放在能量最低的位置，然后以此进行MD的模拟？...