| 查看: 5269 | 回复: 20 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
shiyiwenren至尊木虫 (著名写手)
|
[求助]
求助用MS模拟气体在分子筛中扩散系数时碰到的问题
|
|
|
之前做过用MS做GCMC，现在想做气体在分子筛中的扩散系数的MD模拟，用的是MS里的forcite模块中的NVT系综。具体就是用GCMC模拟吸附时得到的平衡态构象作为MD模拟的起始，选择forcite模块中的dynamic计算，在more里选择的是NVT系综，initial velocities为random，温度为298K，总的模拟时间为1000ps，输出的构象为100个。Thermostat选择的是Nose。在力场选择上与之前的GCMC一致，静电作用用Ewald描述，van der waals作用用atom based描述。按照上述设置好之后进行计算，计算完成后分析气体分子的MSD，取的是100-1000ps的数据，拟合出一条直线，扩散系数就是该直线斜率的1/6。在模拟中发现一些问题： （1）模拟时对于周期性边界条件的设置是在哪儿的，我在forcite的设置对话框中没有找到这个，是不是周期性边界条件在MD模拟中是默认的？ （2）我模拟时用的起始构象如下图所示：  MD模拟后输出的构象为：  从图中可以看出很多气体分子跑到了盒子外边了，我问过我们组里用做MD模拟的（不是用MS做的），他说好像我这个是因为模拟时没有加周期性边界条件的原因。那么与第一个问题相同，在MS中是在哪儿设置的呢？ （3）在模拟过程中温度的变化曲线为：  从图中看在我模拟的1000ps的过程中温度波动一直都很大，这是因为我的Thermostat选择的问题，还是模拟的时间不够，还是因为模拟中没有加周期性边界条件的原因呢？ 第一次尝试做MD，碰到了很多问题，希望有这方面经验的予以指导，不胜感激 [ Last edited by shiyiwenren on 2012-3-19 at 20:41 ] |
回复此楼» 猜你喜欢
266求调剂
已经有3人回复
-
324求调剂
已经有9人回复
-
招收生物学/细胞生物学调剂
已经有4人回复
-
一志愿武汉理工，总分321，英一数二，求老师收留。
已经有5人回复
-
284求调剂
已经有12人回复
-
348求调剂
已经有3人回复
-
329求调剂
已经有7人回复
-
求调剂，一志愿 南京航空航天大学大学 ，080500材料科学与工程学硕
已经有4人回复
-
考研调剂
已经有9人回复
-
304材料求调剂
已经有4人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
shiyiwenren
至尊木虫 (著名写手)
- 模拟EPI: 2
- 应助: 4 (幼儿园)
- 金币: 11811.9
- 散金: 29
- 红花: 17
- 帖子: 2450
- 在线: 1187.2小时
- 虫号: 886290
- 注册: 2009-10-28
- 专业: 分离过程
14楼2012-03-22 10:10:13
shiyiwenren
至尊木虫 (著名写手)
- 模拟EPI: 2
- 应助: 4 (幼儿园)
- 金币: 11811.9
- 散金: 29
- 红花: 17
- 帖子: 2450
- 在线: 1187.2小时
- 虫号: 886290
- 注册: 2009-10-28
- 专业: 分离过程
2楼2012-03-20 14:03:31
smx07131301
银虫 (小有名气)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 1083.2
- 帖子: 112
- 在线: 101.4小时
- 虫号: 1133744
- 注册: 2010-10-28
- 性别: MM
- 专业: 碳素材料与超硬材料
3楼2012-03-21 08:29:44
shiyiwenren
至尊木虫 (著名写手)
- 模拟EPI: 2
- 应助: 4 (幼儿园)
- 金币: 11811.9
- 散金: 29
- 红花: 17
- 帖子: 2450
- 在线: 1187.2小时
- 虫号: 886290
- 注册: 2009-10-28
- 专业: 分离过程
4楼2012-03-21 09:35:26
