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shiyiwenren

至尊木虫 (著名写手)

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[求助] 求助用MS模拟气体在分子筛中扩散系数时碰到的问题

之前做过用MS做GCMC，现在想做气体在分子筛中的扩散系数的MD模拟，用的是MS里的forcite模块中的NVT系综。具体就是用GCMC模拟吸附时得到的平衡态构象作为MD模拟的起始，选择forcite模块中的dynamic计算，在more里选择的是NVT系综，initial velocities为random，温度为298K，总的模拟时间为1000ps，输出的构象为100个。Thermostat选择的是Nose。在力场选择上与之前的GCMC一致，静电作用用Ewald描述，van der waals作用用atom based描述。按照上述设置好之后进行计算，计算完成后分析气体分子的MSD，取的是100-1000ps的数据，拟合出一条直线，扩散系数就是该直线斜率的1/6。在模拟中发现一些问题：
（1）模拟时对于周期性边界条件的设置是在哪儿的，我在forcite的设置对话框中没有找到这个，是不是周期性边界条件在MD模拟中是默认的？
（2）我模拟时用的起始构象如下图所示：

MD模拟后输出的构象为：

从图中可以看出很多气体分子跑到了盒子外边了，我问过我们组里用做MD模拟的（不是用MS做的），他说好像我这个是因为模拟时没有加周期性边界条件的原因。那么与第一个问题相同，在MS中是在哪儿设置的呢？
（3）在模拟过程中温度的变化曲线为：

从图中看在我模拟的1000ps的过程中温度波动一直都很大，这是因为我的Thermostat选择的问题，还是模拟的时间不够，还是因为模拟中没有加周期性边界条件的原因呢？
第一次尝试做MD，碰到了很多问题，希望有这方面经验的予以指导，不胜感激

[ Last edited by shiyiwenren on 2012-3-19 at 20:41 ]

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1楼 2012-03-19 09:42:56

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

零度不结冰

新虫 (小有名气)

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★ ★ ★
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-03-22 22:45:42

引用回帖:

15楼: Originally posted by shiyiwenren at 2012-03-22 10:10:37:
随便放进去是用什么模块做的？200ps的equilibrium又是怎么做的，我看很多文献里都提到这一步，但是一直不明白。以前一直是做MC的，对MD不懂，请指导一下，谢谢

谈不上指导，我是在学习做气体在分子筛的MD和GCMC模拟，一直没有什么进展，在小木虫和文献中看到过很多人讲过，其中ghcacj版主说过把水分子放进去可以用sorption的locate，低版本的没有，就要手动添加。。
前200ps左右的equilibrium用的是NVT系综，只需最后的构型，然后再接着进行NVE，保存full trajectory，最后分析也是用后面NVE的trajectory。
顺便问一下，做MC模拟，想学习算法、程序的话用什么软件学习比较好啊，感觉用Material studio做，什么都搞不明白……