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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » material studio DPD模块 模拟结果的RDF分析
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lixiang_0807

金虫 (正式写手)

[求助] material studio DPD模块 模拟结果的RDF分析

material studio 的DPD模块模拟的结果可以用radial distribution function（RDF, 也叫pair correlation function）来分析吗？

我看MS的help文件里说只有amorphous，discover和Forcite才可以做RDF分析，但是好多文献里DPD模拟的都有RDF分析

求助大家，先谢谢了
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1楼 2011-11-01 22:43:11
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tianlangxingaa

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-11-03 09:39:17
You can write your own code to calculate RDF based on the coordinates from MS.
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2楼2011-11-02 16:37:43
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lixiang_0807

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by tianlangxingaa at 2011-11-02 16:37:43:
You can write your own code to calculate RDF based on the coordinates from MS.

非常感谢！！
你的意思是MS的DPD模块不能直接分析RDF，是吗？
如果是的话，我还想问一个问题。在DPD完成后，有一个.Dpd_out文件，它里边并不包含坐标信息，是不是这些要从.mtd文件里边获取呢？

再次感谢！！
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3楼2011-11-02 19:54:49
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jolly1987

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by tianlangxingaa at 2011-11-02 16:37:43:
You can write your own code to calculate RDF based on the coordinates from MS.

Very interesting! Could you tell us how to write the code? Thank you!
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4楼2011-11-03 09:31:12
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jolly1987

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-11-03 09:39:35
lixiang_0807(金币+20): 可以说一下MesoDyn和 DPD的区别吗？我的计算已经用DPD算完了 能在DPD的基础上分析吗 2011-11-04 10:53:16
印象中你可以在MS的Mesocite模块里运行DPD，然后Analysis里可以分析radial distribution function。
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5楼2011-11-03 09:32:37
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lixiang_0807

金虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by jolly1987 at 2011-11-03 09:32:37:
印象中你可以在MS的Mesocite模块里运行DPD，然后Analysis里可以分析radial distribution function。

可以说一下MesoDyn和 DPD的区别吗？我的计算已经用DPD算完了 能在DPD的基础上分析吗

谢啦
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6楼2011-11-04 13:48:30
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zyj8119

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
lixiang_0807(金币+5): 谢谢啦 2011-11-04 14:30:47
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-11-04 21:42:16
引用回帖:
1楼: Originally posted by lixiang_0807 at 2011-11-01 22:43:11:
material studio 的DPD模块模拟的结果可以用radial distribution function（RDF, 也叫pair correlation function）来分析吗？

我看MS的help文件里说只有amorphous，discover和Forcite才可以做RDF分析，但是好多 ...

DPD貌似不行吧，只有mesocite才行的，mesocite是使用介观力场去描述介观模拟的。。。。
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好好学习，天天向上。
7楼2011-11-04 13:58:41
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lixiang_0807

金虫 (正式写手)
我还想请问一下 是不是要用perl来编译脚本？
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8楼2011-11-04 14:27:19
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lixiang_0807

金虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by zyj8119 at 2011-11-04 13:58:41:
DPD貌似不行吧，只有mesocite才行的，mesocite是使用介观力场去描述介观模拟的。。。。

非常感谢你的热心帮助！
material studio 没有mesocite模块呀 只有MesoDyn模块，你说的是这个吗？
我做的是共聚高聚物和水的DPD模拟，主要是想看水的径向分布函数和共聚高聚物的晶区非晶区的结构特点，这些你说的那个模块（mesocite or mesodyn）都能实现吗？
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9楼2011-11-04 14:33:41
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zyj8119

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-11-04 21:42:08
引用回帖:
9楼: Originally posted by lixiang_0807 at 2011-11-04 14:33:41:
非常感谢你的热心帮助！
material studio 没有mesocite模块呀 只有MesoDyn模块，你说的是这个吗？
我做的是共聚高聚物和水的DPD模拟，主要是想看水的径向分布函数和共聚高聚物的晶区非晶区的结构特点，这些你说 ...

mesodyn不行，mesodyn是FLORY-HUGGINS的方法去预测介观体系，mesocite是用粗粒化力场的方式去预测介观体系。乐意计算RDF和MSD，预测扩散等等。。
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好好学习，天天向上。
10楼2011-11-04 20:30:45
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