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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】discovery studio进行libdock后的结果分析
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syfnet

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】discovery studio进行libdock后的结果分析已有2人参与

用libdock对一小分子库进行筛选，结果分析时提供了多个参数有absoluteenergy, relativeenergy, libdockscore，这几个参数选择哪个作为主要的参考。另外confnumber这个参数指的是什么意思？

我的一个分子可产生了70多种不同结合构象，有没有autodock的聚类分析呢？

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 11:27 ]
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1楼2009-10-20 17:10:18
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arthurii

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
聚类分析不清楚，每个参数是干嘛的你可以从HELP里面查一下
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2楼2009-10-20 18:34:56
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syfnet

新虫 (初入文坛)
help看过了没有这几个参数的说明
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3楼2009-10-21 08:20:12
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bcl_53

木虫 (小有名气)
★ ★
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yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 11-9 10:47
聚类分析的话可以试试cluster,在library analysis 里面试试
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笑一笑没有什么大不了的~！
4楼2009-11-09 10:44:20
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sungl07

金虫 (小有名气)
★
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应该是libdockscore吧！越高越好
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5楼2010-07-20 11:42:01
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雪狼乖乖

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
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lei0736(金币+5):谢谢 2010-07-20 13:00:02
聚类分析是以明式聚类为基础的 分为模糊聚类和经典聚类 前者是以随机变量为初始值 后者以数据中心为初始值 不清楚你的出发点是什么
聚类用的较多的是模糊聚类 又分几种 一般以FCM和减法聚类较多 但都有缺陷 主要是不稳定 一般要结合其他算法 如神经网络法 遗传算法 退火算法等 所以在对聚类不了解的情况下 不要随便用 随机变量迭代出的结果没有重现性 结果是非稳定的 我曾经对其优化过 但只能在非稳态下寻找最优值而已
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6楼2010-07-20 12:34:08
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