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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » material studio DPD模块 模拟结果的RDF分析
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jolly1987

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
lixiang_0807(金币+5): 谢谢啦 后边的讲解很详细 2011-11-08 14:47:40
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-11-12 09:24:39
引用回帖:
9楼: Originally posted by lixiang_0807 at 2011-11-04 14:33:41:
非常感谢你的热心帮助！
material studio 没有mesocite模块呀 只有MesoDyn模块，你说的是这个吗？
我做的是共聚高聚物和水的DPD模拟，主要是想看水的径向分布函数和共聚高聚物的晶区非晶区的结构特点，这些你说 ...

你的material studio的版本可能比较低，4.3以后的版本才有mesocite.
如果你要完成你的工作，估计单靠DPD够呛，它提供的分析太少了
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11楼2011-11-05 10:18:39
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jolly1987

金虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★
zh1987hs(金币+5): 谢谢 2011-11-05 23:35:38
引用回帖:
11楼: Originally posted by jolly1987 at 2011-11-05 10:18:39:
你的material studio的版本可能比较低，4.3以后的版本才有mesocite.
如果你要完成你的工作，估计单靠DPD够呛，它提供的分析太少了

MesoDyn是基于平均场密度泛函理论的计算方法,它的基本思想是非均相态体系的自由能F 是区域密度函数Q的函数。DPD是粗粒化模型，每一个粒子相应于多个原子组成的基团，珠子之间用弹簧简谐振子连接，体系的运动行为服从牛顿方程。所以要考虑粒子具体的运动，用DPD；考虑整体相行为变化，MesoDyn。
Mesocite用粗粒化力场的方式去预测介观体系，输出的结果有angle distribution, length distribution等Structural信息，还有mean square displacemeng等Dynamic信息，还有很多其他的，你可以自己找个软件看看。
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12楼2011-11-05 10:38:41
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tianlangxingaa

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-11-12 09:24:47
引用回帖:
3楼: Originally posted by lixiang_0807 at 2011-11-02 19:54:49:
非常感谢！！
你的意思是MS的DPD模块不能直接分析RDF，是吗？
如果是的话，我还想问一个问题。在DPD完成后，有一个.Dpd_out文件，它里边并不包含坐标信息，是不是这些要从.mtd文件里边获取呢？

再次感谢！！

I am not sure if you can get RDF file directly from MS. But I know that based on the coordinates, you can calculate RDF directly with relation as shown in this page:
http://en.wikipedia.org/wiki/Radial_distribution_function

Cheers
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13楼2011-11-11 18:54:23
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tianlangxingaa

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-11-12 09:25:02
引用回帖:
5楼: Originally posted by jolly1987 at 2011-11-03 09:32:37:
印象中你可以在MS的Mesocite模块里运行DPD，然后Analysis里可以分析radial distribution function。

Mesocite is the paralleled version of DPD. I made a test with Mesocite and it's much faster than serial version DPD.
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14楼2011-11-11 18:56:19
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tianlangxingaa

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-11-12 09:24:55
引用回帖:
6楼: Originally posted by lixiang_0807 at 2011-11-04 13:48:30:
可以说一下MesoDyn和 DPD的区别吗？我的计算已经用DPD算完了 能在DPD的基础上分析吗

谢啦

I don't think so.

Mesodyn is field-base simulation method. In this simulation, there is no information about real particle but the probability for pseudo-particle to be somewhere. While DPD is particle-based method and all velocities, coordinates are accurate. Origianlly two method are not compatible with other, but now there are hybrid method by combining filed-based and particle-based method together for future application.
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15楼2011-11-11 19:01:51
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tianlangxingaa

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
12楼: Originally posted by jolly1987 at 2011-11-05 10:38:41:
MesoDyn是基于平均场密度泛函理论的计算方法,它的基本思想是非均相态体系的自由能F 是区域密度函数Q的函数。DPD是粗粒化模型，每一个粒子相应于多个原子组成的基团，珠子之间用弹簧简谐振子连接，体系的运动行为 ...

Totally agree with you.

Cheers
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16楼2011-11-11 19:03:47
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gaochen4860

木虫 (小有名气)
MS中的DPD模块可以直接计算RDF、密度分布、扩散系数等
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17楼2015-01-16 15:15:45
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zhxixik

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
17楼: Originally posted by gaochen4860 at 2015-01-16 15:15:45
MS中的DPD模块可以直接计算RDF、密度分布、扩散系数等

你好，请问这个是怎么计算？在Analysis中没找到这个
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18楼2015-03-10 14:30:23
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小红鱼儿yu

新虫 (小有名气)
楼主，你这个问题是怎么解决的，能不能说一下，十分感谢
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19楼2018-07-24 21:44:19
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