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lixiang_0807

金虫 (正式写手)

[求助] material studio DPD模块 模拟结果的RDF分析

material studio 的DPD模块模拟的结果可以用radial distribution function(RDF, 也叫pair correlation function)来分析吗?

我看MS的help文件里说只有amorphous,discover和Forcite才可以做RDF分析,但是好多文献里DPD模拟的都有RDF分析

求助大家,先谢谢了
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jolly1987

金虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★ ★
zh1987hs(金币+5): 谢谢 2011-11-05 23:35:38
引用回帖:
11楼: Originally posted by jolly1987 at 2011-11-05 10:18:39:
你的material studio的版本可能比较低,4.3以后的版本才有mesocite.
如果你要完成你的工作,估计单靠DPD够呛,它提供的分析太少了

MesoDyn是基于平均场密度泛函理论的计算方法,它的基本思想是非均相态体系的自由能F 是区域密度函数Q的函数。DPD是粗粒化模型,每一个粒子相应于多个原子组成的基团,珠子之间用弹簧简谐振子连接,体系的运动行为服从牛顿方程。所以要考虑粒子具体的运动,用DPD;考虑整体相行为变化,MesoDyn。
Mesocite用粗粒化力场的方式去预测介观体系,输出的结果有angle distribution, length distribution等Structural信息,还有mean square displacemeng等Dynamic信息,还有很多其他的,你可以自己找个软件看看。
12楼2011-11-05 10:38:41
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tianlangxingaa

铁杆木虫 (著名写手)

★ ★
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-11-03 09:39:17
You can write your own code to calculate RDF based on the coordinates from MS.
2楼2011-11-02 16:37:43
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lixiang_0807

金虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by tianlangxingaa at 2011-11-02 16:37:43:
You can write your own code to calculate RDF based on the coordinates from MS.

非常感谢!!
你的意思是MS的DPD模块不能直接分析RDF,是吗?
如果是的话,我还想问一个问题。在DPD完成后,有一个.Dpd_out文件,它里边并不包含坐标信息,是不是这些要从.mtd文件里边获取呢?

再次感谢!!
3楼2011-11-02 19:54:49
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jolly1987

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by tianlangxingaa at 2011-11-02 16:37:43:
You can write your own code to calculate RDF based on the coordinates from MS.

Very interesting! Could you tell us how to write the code? Thank you!
4楼2011-11-03 09:31:12
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