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红精灵

新虫 (初入文坛)

[求助] 全原子力场与RDF的分析是否有关系？如何对原子基团或者分子进行RDF分析？

吉布斯系统Monte Carlo模拟的新手，想问大侠们一个问题。选择全原子力场NERD进行的轻烃类气液相平衡的模拟，想对平衡的液相进行RDF分析，不知是分析分子（或者原子基团）之间的RDF还是原子之间的RDF？这与所选的力场是否有关系，选择全原子力场就必须对原子基团之间进行分析还是可以对单一原子分析？
还有一个很头疼的问题，选择原子作为SETS比较容易，但是选择分子或者基团的话，通过find patterns 可以选择分子，但不能选择基团，而且 这种sets 在RDF 或者是PCF中不能分析啊, 如何选择原子基团或者是分子并进行RDF分析呢?
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飞刀
1楼 2011-06-28 22:25:26
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yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

红精灵(金币+6): 给出关键建议 2011-06-29 07:04:44
引用回帖:
Originally posted by 红精灵 at 2011-06-28 22:25:26:
吉布斯系统Monte Carlo模拟的新手，想问大侠们一个问题。选择全原子力场NERD进行的轻烃类气液相平衡的模拟，想对平衡的液相进行RDF分析，不知是分析分子（或者原子基团）之间的RDF还是原子之间的RDF？这与所选的力 ...

分析分子还是原子基团的RDF完全取决于你需要得到什么样的信息。与所用的力场是有关系的，不过合理的力场应该能重现实验结果。
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2楼2011-06-29 01:32:28
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红精灵

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by yahoohoo at 2011-06-29 01:32:28:
分析分子还是原子基团的RDF完全取决于你需要得到什么样的信息。与所用的力场是有关系的，不过合理的力场应该能重现实验结果。


嗯，就是说用如果用NERD（全原子力场）是可以分析原子之间的RDF的，我想分析基团之间的RDF，但是不会选中原子基团作为SETS，使用的是MS4.0中Forcite/Anaysisi/Radial distribution function,用edit/select atoms还是edit/find patterns来选择基团? 具体怎么怎么选? 大侠能指点一下吗?
还想问大侠一个问题。下图是我分析原子之间的一个RDF，怎么调整都是很粗糙，我看文献上的都是很平滑的漂亮的曲线，由于毕业限制需要发文章，所以很急，能糊弄过去就行啊，希望您能提出宝贵意见.
提这么多的问题，真是麻烦大侠了，大侠肯相助，我可以把所以的金币都赠送给你
不胜感激！
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飞刀
3楼2011-06-29 07:40:52
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yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-06-29 18:55:46
引用回帖:
Originally posted by 红精灵 at 2011-06-29 07:40:52:

嗯，就是说用如果用NERD（全原子力场）是可以分析原子之间的RDF的，我想分析基团之间的RDF，但是不会选中原子基团作为SETS，使用的是MS4.0中Forcite/Anaysisi/Radial distribution function,用edit/se ...

我没用过MS，不知道该选择哪个，不过你倒是可以看看MS的使用说明啊。

你所计算的RDF看上去是有些粗糙，你模拟的时间是否够长呢，或者说样本有多少？
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4楼2011-06-29 13:10:35
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红精灵

新虫 (初入文坛)
哦，你说的我都考虑过呢，样本已经是512个分子了，时间总步是1000 000步了，就是以上图的结果了。
谢谢你了
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飞刀
5楼2011-06-29 16:07:20
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yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-06-30 10:03:35
引用回帖:
Originally posted by 红精灵 at 2011-06-29 16:07:20:
哦，你说的我都考虑过呢，样本已经是512个分子了，时间总步是1000 000步了，就是以上图的结果了。
谢谢你了

也就是说你计算RDF时统计了512个分子？

时间步长1M，那么独立的样本数是多少？也就是每个多少步你抽取一个样本呢？
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6楼2011-06-29 20:43:41
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yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-06-30 10:03:43
引用回帖:
Originally posted by 红精灵 at 2011-06-29 16:07:20:
哦，你说的我都考虑过呢，样本已经是512个分子了，时间总步是1000 000步了，就是以上图的结果了。
谢谢你了

你可以考虑使用更小的距离间隔统计RDF，这样你的图中就有更多的数据点。

检查你模拟的体系是否已经平衡了，如果是，那可以增大统计样本的数目以提高统计精度。
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7楼2011-06-29 20:53:29
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红精灵

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by yahoohoo at 2011-06-29 20:53:29:
你可以考虑使用更小的距离间隔统计RDF，这样你的图中就有更多的数据点。

检查你模拟的体系是否已经平衡了，如果是，那可以增大统计样本的数目以提高统计精度。

我是先对体系跑的NPT动力学，再进行的RDF分析，上图是动力学里的设置，下图是在RDF分析时的数据，你说的样本是上图中的frame output every:5000？这个更小的间距是在这里设定的吗？
还有上次说错了，不是跑了1000 000步 仅是10000步，体系的分子数是512
请赐教
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飞刀
8楼2011-06-29 21:47:18
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yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-06-30 10:03:53
引用回帖:
Originally posted by 红精灵 at 2011-06-29 21:47:18:
我是先对体系跑的NPT动力学，再进行的RDF分析，上图是动力学里的设置，下图是在RDF分析时的数据，你说的样本是上图中的frame output every:5000？这个更小的间距是在这里设定的吗？
还有上次说错了，不是跑了 ...

没用过MS模拟，你自己应该清楚各项对应什么，不然计算出的东西没有任何意义。

就字面意思，第二个图中的interval对应距离的增量，可以设置小点。你可以增加模拟的步长再统计RDF看看。
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9楼2011-06-30 02:57:11
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红精灵

新虫 (初入文坛)
★
御剑江湖(金币+1): 鼓励 2011-06-30 10:04:10
引用回帖:
Originally posted by yahoohoo at 2011-06-30 02:57:11:
没用过MS模拟，你自己应该清楚各项对应什么，不然计算出的东西没有任何意义。

就字面意思，第二个图中的interval对应距离的增量，可以设置小点。你可以增加模拟的步长再统计RDF看看。

嗯，总之谢谢大侠，我再增加以下模拟步长试试吧，第二图中的interva对应的量只是对已经输出的图进行的调整，不会增加动力学步骤，之前发的三个图就是已经用第二图中的cutoff 和 interval 调整过的几乎是最好看一些的结果了
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飞刀
10楼2011-06-30 07:27:54
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