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全原子力场与RDF的分析是否有关系？如何对原子基团或者分子进行RDF分析？
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吉布斯系统Monte Carlo模拟的新手，想问大侠们一个问题。选择全原子力场NERD进行的轻烃类气液相平衡的模拟，想对平衡的液相进行RDF分析，不知是分析分子（或者原子基团）之间的RDF还是原子之间的RDF？这与所选的力场是否有关系，选择全原子力场就必须对原子基团之间进行分析还是可以对单一原子分析？ 还有一个很头疼的问题，选择原子作为SETS比较容易，但是选择分子或者基团的话，通过find patterns 可以选择分子，但不能选择基团，而且 这种sets 在RDF 或者是PCF中不能分析啊, 如何选择原子基团或者是分子并进行RDF分析呢?   |
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5楼2011-06-29 16:07:20
yahoohoo
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2楼2011-06-29 01:32:28
 嗯，就是说用如果用NERD（全原子力场）是可以分析原子之间的RDF的，我想分析基团之间的RDF，但是不会选中原子基团作为SETS，使用的是MS4.0中Forcite/Anaysisi/Radial distribution function,用edit/select atoms还是edit/find patterns来选择基团? 具体怎么怎么选? 大侠能指点一下吗? 还想问大侠一个问题。下图是我分析原子之间的一个RDF，怎么调整都是很粗糙，我看文献上的都是很平滑的漂亮的曲线，由于毕业限制需要发文章，所以很急，能糊弄过去就行啊 ，希望您能提出宝贵意见.提这么多的问题，真是麻烦大侠了，大侠肯相助，我可以把所以的金币都赠送给你  不胜感激！    |
3楼2011-06-29 07:40:52
yahoohoo
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4楼2011-06-29 13:10:35