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discover模拟扩散行为 已有1人参与
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在用discover模拟物质的扩散行为时，有没有人知道扩散位移是怎样得到的？ 我说的不是均方位移（MSD），而是指随着时间的变化，分子相对于原点的扩散位移。希望懂的人指点一二。  扩散位移图.gif |
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lsloneil
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【答案】应助回帖
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感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+5, 感谢指导！ 2014-07-08 16:11:41
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+5, 感谢指导！ 2014-07-08 16:11:41
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对于各向同性系统，并且处于平衡态，粒子相对于t=0起始点的平均位移为0.因为这时粒子的运动就是个随机游走，随机游走的平均位移为0,但MSD随时间成正比。 如果你的系统不处于平衡态，或者各向不同性，则情况很复杂。 说白了，这个问题就是求解系统的Fokker-Planck Equation，得到粒子在时间t处于x的概率P(x,t)，然后算平均值就可以。对于各向同性下的自由扩散，P(x,t)是个中心在原点的高斯分布，所以平均位移为0,但MSD（方差）随时间成正比。 |
3楼2014-07-02 10:26:35
4楼2014-07-02 21:17:56
lsloneil
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【答案】应助回帖
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懒羊羊Q: 金币+10, ★★★★★最佳答案, 谢谢您，讲得非常清楚！ 2014-07-03 08:32:06
月只蓝: 金币+5, 感谢指导！ 2014-07-08 16:11:49
懒羊羊Q: 金币+10, ★★★★★最佳答案, 谢谢您，讲得非常清楚！ 2014-07-03 08:32:06
月只蓝: 金币+5, 感谢指导！ 2014-07-08 16:11:49
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我前面讲的可能有点问题，我的大致意思是在各向同性的平衡态中的自由扩散，如果粒子在t＝0时坐标为x0,t＝t1时坐标为x1,那么x1的平均值是等于x0的，但是(x1-x0)^2（也就是MSD）的平均值是与时间成正比的。 如果你的体系在某个方向上是非isotropic的，那么x1的平均值可能不等于x0的，但是(x1-x0)^2还是会随时间增加的，直到粒子碰到了confinement（比如盒子的墙壁）为止。 所以你把MSD开方对时间作图发现随时间增加是正常的。而你贴的图片里的锯齿形图形，大致的趋势也是随时间逐步增加的。至于你得到的MSD开方后的曲线不是锯齿形的，是因为MSD是多条轨迹的平均，而你图片中只给出了一条轨迹，对多条轨迹求平均后锯齿形的噪音就会消除不少。 |
5楼2014-07-03 07:31:02