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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 扩散系数模拟的结果比资料上的小一个数量级
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yaneehan2010

银虫 (正式写手)

[交流] 扩散系数模拟的结果比资料上的小一个数量级

如题：我用MS进行分子扩散系数模拟时，结果比在手册上查的小一个数量级，这是为啥呀？请各位给予解答呀、、
另外，想请教一下，最终出来MSD曲线，那个直线段的斜率数值单位是埃^2/ps，除以6之后，是不是要进行单位换算呀，手册上是cm^2/s。
先行谢过呀、、
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1楼 2012-07-10 22:42:13
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yaneehan2010

银虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 水晶蚂蚁 at 2012-07-11 15:59:09
单位换算关系是对的，你的set up 设置中T和B 是如何设置的，运算了100000步么？那么你步长是多少，运算时间除以步长再乘以1000是步数，而且你跑完动力学，你选取的近似直线部分是多长时间内，建议中间段不同时间多 ...

哪里的set up？
我的time step:1.0fs,Dynamics time:100ps,number of steps:100000.
我是直接把那段时间的都算了、、
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7楼2012-07-11 17:22:48
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水晶蚂蚁

金虫 (小有名气)
★ ★
yaneehan2010(金币+1): 谢谢参与
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-07-11 08:47:11
你的扩散系数模拟MSD 曲线是取得哪一段做为斜率？不同位置，数据不一样，单位换算肯定是要换算的，过程不麻烦。而且你的扩散系数与手册有差别也是正常的，你的计算设置也影响结果的，你做的是什么系综？
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2楼2012-07-11 08:33:58
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chaizhm

木虫 (著名写手)
★
yaneehan2010(金币+1): 谢谢参与
保证单位统一以后再计算
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3楼2012-07-11 08:47:36
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yaneehan2010

银虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 水晶蚂蚁 at 2012-07-11 08:33:58
你的扩散系数模拟MSD 曲线是取得哪一段做为斜率？不同位置，数据不一样，单位换算肯定是要换算的，过程不麻烦。而且你的扩散系数与手册有差别也是正常的，你的计算设置也影响结果的，你做的是什么系综？

感谢回复呢，我先用了NPT，后来是NVE各跑了100000，MSD曲线我是取了拖尾前的那段近似直线的部分计算斜率。另外还用matlab将数据拟合了一条，这个单位换算是10^(-4)对吧。
我模拟的是298K，1atm时的情况，我建晶胞以及以后的系综时，温度都写得是298K。密度我写的是其中一种分子在298K时的密度，这样设置有什么问题么？该怎么改呢？谢谢啦
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4楼2012-07-11 10:27:55
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