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yaneehan2010

银虫 (正式写手)


[交流] 扩散系数模拟的结果比资料上的小一个数量级

如题:我用MS进行分子扩散系数模拟时,结果比在手册上查的小一个数量级,这是为啥呀?请各位给予解答呀、、
另外,想请教一下,最终出来MSD曲线,那个直线段的斜率数值单位是埃^2/ps,除以6之后,是不是要进行单位换算呀,手册上是cm^2/s。
先行谢过呀、、
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yaneehan2010(金币+1): 谢谢参与
保证单位统一以后再计算
3楼2012-07-11 08:47:36
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水晶蚂蚁

金虫 (小有名气)


★ ★
yaneehan2010(金币+1): 谢谢参与
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-07-11 08:47:11
你的扩散系数模拟MSD 曲线是取得哪一段做为斜率?不同位置,数据不一样,单位换算肯定是要换算的,过程不麻烦。而且你的扩散系数与手册有差别也是正常的,你的计算设置也影响结果的,你做的是什么系综?
2楼2012-07-11 08:33:58
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yaneehan2010

银虫 (正式写手)


引用回帖:
2楼: Originally posted by 水晶蚂蚁 at 2012-07-11 08:33:58
你的扩散系数模拟MSD 曲线是取得哪一段做为斜率?不同位置,数据不一样,单位换算肯定是要换算的,过程不麻烦。而且你的扩散系数与手册有差别也是正常的,你的计算设置也影响结果的,你做的是什么系综?

感谢回复呢,我先用了NPT,后来是NVE各跑了100000,MSD曲线我是取了拖尾前的那段近似直线的部分计算斜率。另外还用matlab将数据拟合了一条,这个单位换算是10^(-4)对吧。
我模拟的是298K,1atm时的情况,我建晶胞以及以后的系综时,温度都写得是298K。密度我写的是其中一种分子在298K时的密度,这样设置有什么问题么?该怎么改呢?谢谢啦
4楼2012-07-11 10:27:55
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yaneehan2010

银虫 (正式写手)


引用回帖:
3楼: Originally posted by chaizhm at 2012-07-11 08:47:36
保证单位统一以后再计算

谢谢您的回复,我单位换算了呀,10^(-4)对吧?
5楼2012-07-11 10:28:37
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