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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 扩散系数模拟的结果比资料上的小一个数量级
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yaneehan2010

银虫 (正式写手)

[交流] 扩散系数模拟的结果比资料上的小一个数量级

如题：我用MS进行分子扩散系数模拟时，结果比在手册上查的小一个数量级，这是为啥呀？请各位给予解答呀、、
另外，想请教一下，最终出来MSD曲线，那个直线段的斜率数值单位是埃^2/ps，除以6之后，是不是要进行单位换算呀，手册上是cm^2/s。
先行谢过呀、、
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1楼 2012-07-10 22:42:13
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说好de

新虫 (小有名气)
引用回帖:
12楼: Originally posted by yaneehan2010 at 2015-03-18 15:29:49
不好意思，我这块工作只做了一点儿，就换了课题，很长时间不做了

那请问你当时查的手册还有吗？我一直在找，没有找到。有的话能不能分享一下，谢谢你。
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14楼2015-09-08 13:08:12
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水晶蚂蚁

金虫 (小有名气)
★ ★
yaneehan2010(金币+1): 谢谢参与
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-07-11 08:47:11
你的扩散系数模拟MSD 曲线是取得哪一段做为斜率？不同位置，数据不一样，单位换算肯定是要换算的，过程不麻烦。而且你的扩散系数与手册有差别也是正常的，你的计算设置也影响结果的，你做的是什么系综？
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2楼2012-07-11 08:33:58
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chaizhm

木虫 (著名写手)
★
yaneehan2010(金币+1): 谢谢参与
保证单位统一以后再计算
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3楼2012-07-11 08:47:36
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yaneehan2010

银虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 水晶蚂蚁 at 2012-07-11 08:33:58
你的扩散系数模拟MSD 曲线是取得哪一段做为斜率？不同位置，数据不一样，单位换算肯定是要换算的，过程不麻烦。而且你的扩散系数与手册有差别也是正常的，你的计算设置也影响结果的，你做的是什么系综？

感谢回复呢，我先用了NPT，后来是NVE各跑了100000，MSD曲线我是取了拖尾前的那段近似直线的部分计算斜率。另外还用matlab将数据拟合了一条，这个单位换算是10^(-4)对吧。
我模拟的是298K，1atm时的情况，我建晶胞以及以后的系综时，温度都写得是298K。密度我写的是其中一种分子在298K时的密度，这样设置有什么问题么？该怎么改呢？谢谢啦
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4楼2012-07-11 10:27:55
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