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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » DL-Poly计算的扩散系数
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skfire

金虫 (初入文坛)

[求助] DL-Poly计算的扩散系数

想请教
以 DL-Poly 计算出来的扩散系数 diffusion coefficient
与实验结果比较相差很多的情况
各位都是以什么方法修正
让模拟结果可以与实验值符合
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1楼 2011-05-20 15:02:46
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skfire

金虫 (初入文坛)
感谢以上2位专家的指导
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4楼2011-05-20 16:56:02
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ghcacj

荣誉版主 (著名写手)

阿超

优秀版主

【答案】应助回帖

skfire(金币+2): 2011-05-20 16:53:47
那是你用的力场不合适吧。选择合适的力场或者对力场参数进行优化。
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2楼2011-05-20 15:44:59
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winterz

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
ghcacj(金币+3, 模拟EPI+1): 谢谢 2011-05-20 17:55:29
MD得到的扩散系数与实验值相差1-2个数量级都是正常的。
首先，MD所得的扩散系数叫self-diffusion coefficient，它与Fick diffusion coefficient有所不同。测量扩散系数的实验方法也有很多种，宏观实验方法如TEOM等得到的都是Fick diffusion coefficient，不能直接与MD结果比较。宏观扩散与微观扩散的比较我记得David Sholl在06年写过一篇account，很不错的，LZ可以找找。要想把MD的结果与实验直接比较，像QENS、PFG-NMR这样的方法得到的数据还是“可”比较的。
另外，由于扩散的模拟对体系初始构型很敏感，通常要进行ns级的长时间的模拟，对同一个体系往往要使用不同的初始构型独立模拟10遍以上，求取平均值及error bar。
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3楼2011-05-20 16:19:09
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longwei1221

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
83170楼: Originally posted by winterz at 2011-05-20 16:19:09
MD得到的扩散系数与实验值相差1-2个数量级都是正常的。
首先，MD所得的扩散系数叫self-diffusion coefficient，它与Fick diffusion coefficient有所不同。测量扩散系数的实验方法也有很多种，宏观实验方法如TEOM等 ...

请问DLPOLY计算扩散系数在输入文件里面需要用到哪里命令呀？是需要MSDTMP文件吧？可是这个文件是选择性输出的啊？我在那个output文件中仅仅找到了一个扩散系数和均方位移，可扩散系数为0，均方位移只有一个数据，无法进行扩散系数计算，请问你们是怎么做的呀？
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愿得一人心，白首不相离
6楼2012-11-20 20:57:04
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