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skfire

金虫 (初入文坛)

[求助] DL-Poly计算的扩散系数

想请教
以 DL-Poly 计算出来的扩散系数 diffusion coefficient
与实验结果比较相差很多的情况
各位都是以什么方法修正
让模拟结果可以与实验值符合
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ghcacj

荣誉版主 (著名写手)

阿超

优秀版主

【答案】应助回帖

skfire(金币+2): 2011-05-20 16:53:47
那是你用的力场不合适吧。选择合适的力场或者对力场参数进行优化。
2楼2011-05-20 15:44:59
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winterz

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
ghcacj(金币+3, 模拟EPI+1): 谢谢 2011-05-20 17:55:29
MD得到的扩散系数与实验值相差1-2个数量级都是正常的。
首先,MD所得的扩散系数叫self-diffusion coefficient,它与Fick diffusion coefficient有所不同。测量扩散系数的实验方法也有很多种,宏观实验方法如TEOM等得到的都是Fick diffusion coefficient,不能直接与MD结果比较。宏观扩散与微观扩散的比较我记得David Sholl在06年写过一篇account,很不错的,LZ可以找找。要想把MD的结果与实验直接比较,像QENS、PFG-NMR这样的方法得到的数据还是“可”比较的。
另外,由于扩散的模拟对体系初始构型很敏感,通常要进行ns级的长时间的模拟,对同一个体系往往要使用不同的初始构型独立模拟10遍以上,求取平均值及error bar。
3楼2011-05-20 16:19:09
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skfire

金虫 (初入文坛)

感谢以上2位专家的指导
4楼2011-05-20 16:56:02
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xk6891

至尊木虫 (著名写手)

学习了
人生自古多险阻,勤者自得天酬助。试问否泰何所依,枯藤老枝待新抽。临渊踌躇终迈步,振翅鹏起云霄冲。似是前程甚堪忧,他日振臂揽苍穹。
5楼2011-10-24 20:34:43
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longwei1221

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
83170楼: Originally posted by winterz at 2011-05-20 16:19:09
MD得到的扩散系数与实验值相差1-2个数量级都是正常的。
首先,MD所得的扩散系数叫self-diffusion coefficient,它与Fick diffusion coefficient有所不同。测量扩散系数的实验方法也有很多种,宏观实验方法如TEOM等 ...

请问DLPOLY计算扩散系数在输入文件里面需要用到哪里命令呀?是需要MSDTMP文件吧?可是这个文件是选择性输出的啊?我在那个output文件中仅仅找到了一个扩散系数和均方位移,可扩散系数为0,均方位移只有一个数据,无法进行扩散系数计算,请问你们是怎么做的呀?
愿得一人心,白首不相离
6楼2012-11-20 20:57:04
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

老和山猥琐派九段

优秀版主

★ ★ ★
月只蓝: 金币+3, 鼓励交流! 2014-04-08 18:52:09
引用回帖:
3楼: Originally posted by winterz at 2011-05-20 16:19:09
MD得到的扩散系数与实验值相差1-2个数量级都是正常的。
首先,MD所得的扩散系数叫self-diffusion coefficient,它与Fick diffusion coefficient有所不同。测量扩散系数的实验方法也有很多种,宏观实验方法如TEOM等 ...

David Sholl的account看过了,他写的是单一和双组份在规则孔道内的扩散系数计算模拟。

对于单一和混合气体组分(没有吸附剂存在的体相扩散),不同扩散系数物理意义是什么?计算方法有什么差异?请看我最近发的几个求助帖:

http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=7232351&pid=1#pid1
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=7230279&pid=1#pid1
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=7224468&pid=1#pid1
7楼2014-04-08 08:29:05
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