应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】分子动力学模拟求扩散系数，最后一步不明白，请求给位大侠。
221/1返回列表
查看: 4391  |  回复: 21
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

linda6

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】分子动力学模拟求扩散系数，最后一步不明白，请求给位大侠。

各位虫友，我在模拟计算甲基萘在聚合物中的扩散系数，在最后一步discover里analysis之前，怎么把它同聚合物区分开来？谢谢哦！
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

MS计算模拟

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2010-12-09 13:19:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

xjw040

金虫 (正式写手)
★ ★
ellsaking(金币+2):感谢详细回答~ 2010-12-21 19:09:00
linda6(金币+3): 2010-12-21 19:10:18
引用回帖:
Originally posted by linda6 at 2010-12-21 11:56:03:

就是因为甲基萘分子全选不了，所以后面的MSD也就做不出来了，支支招吧，谢谢了！呵呵

楼主，我刚选了一下，MATERIAL STUDIO可以的
方法如下：
1、选择甲基萘分子上的一个碳原子，右击选择Label，按ForcefieldType显示，力场为COMPASS，因而显示为c3a，
2、edit》atomSelection,出现对话框，SelectByProperty:forcefield,SelectionMode为创建新的选择，点击select，分子上的苯环上碳被选中，然后将SelectMode改为ADDING TO existing selection。点击select，甲基碳也被选中，最后再select就可以选择H了
3、edit》find edit》new，命名set。
赞一下(3人) 回复此楼
11楼2010-12-21 18:58:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

龙牙山

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by linda6 at 2010-12-09 13:19:04:
各位虫友，我在模拟计算甲基萘在聚合物中的扩散系数，在最后一步discover里analysis之前，怎么把它同聚合物区分开来？谢谢哦！

路过看看，私下交流。。
赞一下 回复此楼
2楼2010-12-18 00:13:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xisogr

木虫 (正式写手)
★
sunyang1988(金币+1):谢谢交流 2010-12-18 15:18:54
linda6(金币+2): 2010-12-19 00:04:18
选中所有的甲基萘，在edit，edit sets里面把它们设为一组，分析均方位移。
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2010-12-18 13:49:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

linda6

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by xisogr at 2010-12-18 13:49:02:
选中所有的甲基萘，在edit，edit sets里面把它们设为一组，分析均方位移。

请问怎么才能选中所有的甲基萘呢？他们离得挺远的，又不在一起啊，谢谢了！
赞一下 回复此楼
4楼2010-12-19 22:03:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xisogr

木虫 (正式写手)
★ ★
zzy870720z(金币+2):鼓励交流讨论 2010-12-20 10:19:22
linda6(金币+2): 2010-12-20 18:30:36
引用回帖:
Originally posted by linda6 at 2010-12-19 22:03:09:

请问怎么才能选中所有的甲基萘呢？他们离得挺远的，又不在一起啊，谢谢了！

厄，说个笨办法，甲基萘上C的电荷与聚合物的肯定不一样。在edit-atom selection里面按电荷选取甲基萘上不同电荷类型的C应该就行了。
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2010-12-20 10:16:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xjw040

金虫 (正式写手)
★
ym23(金币+1):谢谢提示 2010-12-28 09:30:48
引用回帖:
Originally posted by xisogr at 2010-12-20 10:16:08:

厄，说个笨办法，甲基萘上C的电荷与聚合物的肯定不一样。在edit-atom selection里面按电荷选取甲基萘上不同电荷类型的C应该就行了。

有没有选用Label来选择分子的？
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2010-12-20 15:16:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xisogr

木虫 (正式写手)
我是个新手，不是很了解，只用上述方法选过。
赞一下 回复此楼
7楼2010-12-20 15:36:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

linda6

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by xjw040 at 2010-12-20 15:16:33:



有没有选用Label来选择分子的？

之前我模拟像氧气 氮气这样的分子时，我是用的label来选择的分子，现在是甲基萘有C H 两种原子，就不好选了 哎 我也是刚学，不懂啊
赞一下 回复此楼
8楼2010-12-20 18:33:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

limaojlu

金虫 (正式写手)
★
zzy870720z(金币+1):鼓励交流 2010-12-21 09:30:29
linda6(金币+1): 2010-12-21 11:56:09
如果你可以将MSD做出来，拟合就行了。
赞一下(1人) 回复此楼
9楼2010-12-21 09:06:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

linda6

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by limaojlu at 2010-12-21 09:06:29:
如果你可以将MSD做出来，拟合就行了。

就是因为甲基萘分子全选不了，所以后面的MSD也就做不出来了，支支招吧，谢谢了！呵呵
赞一下 回复此楼
10楼2010-12-21 11:56:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

linda6

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by xjw040 at 2010-12-21 18:58:35:



楼主，我刚选了一下，MATERIAL STUDIO可以的
方法如下：
1、选择甲基萘分子上的一个碳原子，右击选择Label，按ForcefieldType显示，力场为COMPASS，因而显示为c3a，
2、edit》atomSelection,出现对话框， ...

谢谢你啊，我试一下，以后有问题还请多多帮忙，
赞一下 回复此楼
12楼2010-12-21 19:12:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fu19871111

金虫 (正式写手)
★
ellsaking(金币+1):谢谢回帖交流 2010-12-22 09:42:42
linda6(金币+1): 2010-12-22 17:27:04
引用回帖:
Originally posted by linda6 at 2010-12-21 11:56:03:

就是因为甲基萘分子全选不了，所以后面的MSD也就做不出来了，支支招吧，谢谢了！呵呵

只能用鼠标手动的选了，全部甲基萘选上直接分析MSD，不用set
我以前分析CO2的时候试了很多set都不行，最后就只能这样做了

[ Last edited by fu19871111 on 2010-12-22 at 08:29 ]
赞一下(1人) 回复此楼
13楼2010-12-22 08:27:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

alphawei

金虫 (小有名气)
★
ellsaking(金币+1):谢谢回帖交流~欢迎常来本版~ 2010-12-22 09:43:02
整個分子的運動是否能用特定位置的C或H表示？
例如整團分子可能受限於運動路?剑瑹o法整體移動，但是可能繞中心點轉動或振動，此一行為是否會影響MSD計算？
此外DISVOVER可以做成動畫，FORCITE是否作MD時也能如此呈現？或者追蹤分子軌跡？
赞一下(1人) 回复此楼
14楼2010-12-22 09:37:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fu19871111

金虫 (正式写手)
★
gzqdyouxia(金币+1):谢谢交流 2010-12-24 11:01:33
引用回帖:
Originally posted by xjw040 at 2010-12-21 18:58:35:



楼主，我刚选了一下，MATERIAL STUDIO可以的
方法如下：
1、选择甲基萘分子上的一个碳原子，右击选择Label，按ForcefieldType显示，力场为COMPASS，因而显示为c3a，
2、edit》atomSelection,出现对话框， ...

这样选的话跟选取整个原子来分析MSD是有区别的 ，我试过
赞一下(1人) 回复此楼
15楼2010-12-24 09:21:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xjw040

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by fu19871111 at 2010-12-24 09:21:17:

这样选的话跟选取整个原子来分析MSD是有区别的 ，我试过

"整个原子"是指哪些？
赞一下 回复此楼
16楼2010-12-24 12:43:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fu19871111

金虫 (正式写手)
★
sunyang1988(金币+1):谢谢交流 2010-12-25 09:31:20
引用回帖:
Originally posted by xjw040 at 2010-12-24 12:43:59:


"整个原子"是指哪些？

就是像CO2这样的原则就是两个氧和一个碳
赞一下(1人) 回复此楼
17楼2010-12-24 13:12:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xjw040

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by fu19871111 at 2010-12-24 13:12:47:

就是像CO2这样的原则就是两个氧和一个碳

”全部甲基萘选上直接分析MSD“不知如何直接分析啊？
赞一下 回复此楼
18楼2010-12-25 08:26:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fu19871111

金虫 (正式写手)
★
sunyang1988(金币+1):谢谢交流 2010-12-25 18:10:24
引用回帖:
Originally posted by xjw040 at 2010-12-25 08:26:33:


”全部甲基萘选上直接分析MSD“不知如何直接分析啊？

就是用鼠标选啊  选上了不就是黄色的嘛   然后就分析MSD就可以
赞一下(1人) 回复此楼
19楼2010-12-25 17:55:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xjw040

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by fu19871111 at 2010-12-25 17:55:05:

就是用鼠标选啊  选上了不就是黄色的嘛   然后就分析MSD就可以

哦，这个还没试过。
回复此楼
20楼2010-12-27 15:39:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)
扩散系数怎么算呢？分子模拟中怎么提供这个信息？
赞一下 回复此楼
21楼2010-12-27 18:24:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

linda6

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by cenwanglai at 2010-12-27 18:24:03:
扩散系数怎么算呢？分子模拟中怎么提供这个信息？

扩散系数在discover里面的analysis中 ，构建好分子，优化完了用Amorphous Cell 构建晶胞，在discover里进行能量最小化和分子动力学来进行结构优化，再在analysis里分析一下
赞一下 回复此楼
22楼2010-12-27 21:58:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 linda6 的主题更新
221/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 学科评审组评审是指会评吗？ +3 瞬息宇宙 2026-08-31 3/150 2026-09-01 14:26 by Wei_ren
[基金申请] 面上函评意见出来了，像什么等级？ 20+4 Tsingking1 2026-08-27 15/750 2026-09-01 12:23 by icm639
[基金申请] 为什么资助数各大高校都创新高，自己申请怎么就这么难 +13 Kittylucky 2026-08-27 14/700 2026-09-01 11:06 by feng6531
[论文投稿] 小白求助 投论文要求的highlights应该如何写 5+3 l1963982152 2026-08-29 4/200 2026-09-01 09:04 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 国社科又开始会评了，不知道这次命运如何 +7 雨打竹帘 2026-08-30 11/550 2026-08-31 23:16 by hittle2008
[基金申请] 基金未中，这种答复是模板吗？ +6 zhaosm1982 2026-08-27 7/350 2026-08-31 21:18 by qdxxmc
[基金申请] 基金不中，共勉 +12 eulota 2026-08-26 12/600 2026-08-31 08:42 by ZJTJZ
[考博] 找导师 +6 yuanjiabao 2026-08-29 7/350 2026-08-30 14:40 by 生科新手
[基金申请] 我就是申请一个面上项目而已，这评审意见是按照杰青的条件评的吧？ +6 gouxfjh 2026-08-28 11/550 2026-08-30 07:57 by gouxfjh
[基金申请] 国自然面上复盘~欢迎讨论 (金币+15) +15 晴天加油 2026-08-26 16/800 2026-08-29 18:28 by symmetry
[基金申请] 2026年叶企孙基金 +4 bud_bud 2026-08-27 7/350 2026-08-29 07:23 by foolishmani
[基金申请] 系统查不到 +11 董八千 2026-08-26 11/550 2026-08-28 18:06 by Leogzhya
[基金申请] 为什么 国际(地区)合作与交流项目 没有放榜？ 10+3 majunge000 2026-08-26 11/550 2026-08-27 08:42 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 我不理解！ +15 Edward_pc 2026-08-26 23/1150 2026-08-26 20:34 by zzuzxg
[基金申请] 出来了 +9 trojank 2026-08-26 9/450 2026-08-26 14:25 by 宝贝虫子
[基金申请] 为什么国自然不能直接公布 +4 bjdxyxy 2026-08-26 4/200 2026-08-26 13:12 by qingmu1201
[基金申请] 系统进不去 +4 yanglien 2026-08-26 5/250 2026-08-26 11:10 by wenfengw83
[基金申请] 项目信息和经费信息在系统里都可以看到了 +6 wittyboy 2026-08-26 14/700 2026-08-26 10:55 by wittyboy
[基金申请] 今天务委会开完了，明天出结果吗 +19 angus9576 2026-08-25 23/1150 2026-08-26 10:03 by zp519
[基金申请] 牛来！米来！面来！ +8 beefly 2026-08-26 8/400 2026-08-26 08:37 by xuzhipiao
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭