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汕头大学海洋科学接受调剂
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linda6

木虫 (小有名气)


[交流] 【求助】分子动力学模拟求扩散系数,最后一步不明白,请求给位大侠。

各位虫友,我在模拟计算甲基萘在聚合物中的扩散系数,在最后一步discover里analysis之前,怎么把它同聚合物区分开来?谢谢哦!
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xjw040

金虫 (正式写手)


★ ★
ellsaking(金币+2):感谢详细回答~ 2010-12-21 19:09:00
linda6(金币+3): 2010-12-21 19:10:18
引用回帖:
Originally posted by linda6 at 2010-12-21 11:56:03:

就是因为甲基萘分子全选不了,所以后面的MSD也就做不出来了,支支招吧,谢谢了!呵呵

楼主,我刚选了一下,MATERIAL STUDIO可以的
方法如下:
1、选择甲基萘分子上的一个碳原子,右击选择Label,按ForcefieldType显示,力场为COMPASS,因而显示为c3a,
2、edit》atomSelection,出现对话框,SelectByProperty:forcefield,SelectionMode为创建新的选择,点击select,分子上的苯环上碳被选中,然后将SelectMode改为ADDING TO existing selection。点击select,甲基碳也被选中,最后再select就可以选择H了
3、edit》find edit》new,命名set。
11楼2010-12-21 18:58:35
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普通回帖

龙牙山

金虫 (初入文坛)


引用回帖:
Originally posted by linda6 at 2010-12-09 13:19:04:
各位虫友,我在模拟计算甲基萘在聚合物中的扩散系数,在最后一步discover里analysis之前,怎么把它同聚合物区分开来?谢谢哦!

路过看看,私下交流。。
2楼2010-12-18 00:13:06
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xisogr

木虫 (正式写手)



sunyang1988(金币+1):谢谢交流 2010-12-18 15:18:54
linda6(金币+2): 2010-12-19 00:04:18
选中所有的甲基萘,在edit,edit sets里面把它们设为一组,分析均方位移。
3楼2010-12-18 13:49:02
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linda6

木虫 (小有名气)


引用回帖:
Originally posted by xisogr at 2010-12-18 13:49:02:
选中所有的甲基萘,在edit,edit sets里面把它们设为一组,分析均方位移。

请问怎么才能选中所有的甲基萘呢?他们离得挺远的,又不在一起啊,谢谢了!
4楼2010-12-19 22:03:09
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xisogr

木虫 (正式写手)


★ ★
zzy870720z(金币+2):鼓励交流讨论 2010-12-20 10:19:22
linda6(金币+2): 2010-12-20 18:30:36
引用回帖:
Originally posted by linda6 at 2010-12-19 22:03:09:

请问怎么才能选中所有的甲基萘呢?他们离得挺远的,又不在一起啊,谢谢了!

厄,说个笨办法,甲基萘上C的电荷与聚合物的肯定不一样。在edit-atom selection里面按电荷选取甲基萘上不同电荷类型的C应该就行了。
5楼2010-12-20 10:16:08
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xjw040

金虫 (正式写手)



ym23(金币+1):谢谢提示 2010-12-28 09:30:48
引用回帖:
Originally posted by xisogr at 2010-12-20 10:16:08:

厄,说个笨办法,甲基萘上C的电荷与聚合物的肯定不一样。在edit-atom selection里面按电荷选取甲基萘上不同电荷类型的C应该就行了。

有没有选用Label来选择分子的?
6楼2010-12-20 15:16:33
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xisogr

木虫 (正式写手)


我是个新手,不是很了解,只用上述方法选过。
7楼2010-12-20 15:36:26
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linda6

木虫 (小有名气)


引用回帖:
Originally posted by xjw040 at 2010-12-20 15:16:33:



有没有选用Label来选择分子的?

之前我模拟像氧气 氮气这样的分子时,我是用的label来选择的分子,现在是甲基萘有C H 两种原子,就不好选了 哎 我也是刚学,不懂啊
8楼2010-12-20 18:33:31
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limaojlu

金虫 (正式写手)



zzy870720z(金币+1):鼓励交流 2010-12-21 09:30:29
linda6(金币+1): 2010-12-21 11:56:09
如果你可以将MSD做出来,拟合就行了。
9楼2010-12-21 09:06:29
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linda6

木虫 (小有名气)


引用回帖:
Originally posted by limaojlu at 2010-12-21 09:06:29:
如果你可以将MSD做出来,拟合就行了。

就是因为甲基萘分子全选不了,所以后面的MSD也就做不出来了,支支招吧,谢谢了!呵呵
10楼2010-12-21 11:56:03
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linda6

木虫 (小有名气)


引用回帖:
Originally posted by xjw040 at 2010-12-21 18:58:35:



楼主,我刚选了一下,MATERIAL STUDIO可以的
方法如下:
1、选择甲基萘分子上的一个碳原子,右击选择Label,按ForcefieldType显示,力场为COMPASS,因而显示为c3a,
2、edit》atomSelection,出现对话框, ...

谢谢你啊,我试一下,以后有问题还请多多帮忙,
12楼2010-12-21 19:12:37
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fu19871111

金虫 (正式写手)



ellsaking(金币+1):谢谢回帖交流 2010-12-22 09:42:42
linda6(金币+1): 2010-12-22 17:27:04
引用回帖:
Originally posted by linda6 at 2010-12-21 11:56:03:

就是因为甲基萘分子全选不了,所以后面的MSD也就做不出来了,支支招吧,谢谢了!呵呵

只能用鼠标手动的选了,全部甲基萘选上直接分析MSD,不用set
我以前分析CO2的时候试了很多set都不行,最后就只能这样做了

[ Last edited by fu19871111 on 2010-12-22 at 08:29 ]
13楼2010-12-22 08:27:54
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alphawei

金虫 (小有名气)



ellsaking(金币+1):谢谢回帖交流~欢迎常来本版~ 2010-12-22 09:43:02
整個分子的運動是否能用特定位置的C或H表示?
例如整團分子可能受限於運動路?剑瑹o法整體移動,但是可能繞中心點轉動或振動,此一行為是否會影響MSD計算?
此外DISVOVER可以做成動畫,FORCITE是否作MD時也能如此呈現?或者追蹤分子軌跡?
14楼2010-12-22 09:37:52
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fu19871111

金虫 (正式写手)



gzqdyouxia(金币+1):谢谢交流 2010-12-24 11:01:33
引用回帖:
Originally posted by xjw040 at 2010-12-21 18:58:35:



楼主,我刚选了一下,MATERIAL STUDIO可以的
方法如下:
1、选择甲基萘分子上的一个碳原子,右击选择Label,按ForcefieldType显示,力场为COMPASS,因而显示为c3a,
2、edit》atomSelection,出现对话框, ...

这样选的话跟选取整个原子来分析MSD是有区别的 ,我试过
15楼2010-12-24 09:21:17
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xjw040

金虫 (正式写手)


引用回帖:
Originally posted by fu19871111 at 2010-12-24 09:21:17:

这样选的话跟选取整个原子来分析MSD是有区别的 ,我试过

"整个原子"是指哪些?
16楼2010-12-24 12:43:59
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fu19871111

金虫 (正式写手)



sunyang1988(金币+1):谢谢交流 2010-12-25 09:31:20
引用回帖:
Originally posted by xjw040 at 2010-12-24 12:43:59:


"整个原子"是指哪些?

就是像CO2这样的原则就是两个氧和一个碳
17楼2010-12-24 13:12:47
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xjw040

金虫 (正式写手)


引用回帖:
Originally posted by fu19871111 at 2010-12-24 13:12:47:

就是像CO2这样的原则就是两个氧和一个碳

”全部甲基萘选上直接分析MSD“不知如何直接分析啊?
18楼2010-12-25 08:26:33
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fu19871111

金虫 (正式写手)



sunyang1988(金币+1):谢谢交流 2010-12-25 18:10:24
引用回帖:
Originally posted by xjw040 at 2010-12-25 08:26:33:


”全部甲基萘选上直接分析MSD“不知如何直接分析啊?

就是用鼠标选啊  选上了不就是黄色的嘛   然后就分析MSD就可以
19楼2010-12-25 17:55:05
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xjw040

金虫 (正式写手)


引用回帖:
Originally posted by fu19871111 at 2010-12-25 17:55:05:

就是用鼠标选啊  选上了不就是黄色的嘛   然后就分析MSD就可以

哦,这个还没试过。
20楼2010-12-27 15:39:06
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扩散系数怎么算呢?分子模拟中怎么提供这个信息?
21楼2010-12-27 18:24:03
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linda6

木虫 (小有名气)


引用回帖:
Originally posted by cenwanglai at 2010-12-27 18:24:03:
扩散系数怎么算呢?分子模拟中怎么提供这个信息?

扩散系数在discover里面的analysis中 ,构建好分子,优化完了用Amorphous Cell 构建晶胞,在discover里进行能量最小化和分子动力学来进行结构优化,再在analysis里分析一下
22楼2010-12-27 21:58:07
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